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Whitehot
Asked: 2025-02-24 21:09:01 +0800 CST

将多个文件作为单个选项传递

  • 772

我正在尝试构建一个包装器来多次执行一个工具，然后连接一些结果。我想将两组文件传递给我的包装器脚本，然后对每对文件运行该工具。我希望它的行为如下：

multitool.sh -a a*.txt -b b*.txt（扩展通配符以匹配所有可用文件）

然后在里面，我对、、、等运行multitool.sh该工具，其中 a 和 b文件的数量可变。a1.txt b1.txta2.txt b1.txta1.txt b2.txta2.txt b2.txt

我按照本教程解释了选项处理的基础知识，并且我能够使用它getops来处理-h，但不能处理其他任何事情。

这就是我现在的情况：

#!/bin/bash


while getopts ":hpg:" option; do
    case $option in 
        h) # display help
            echo "-h to print this help and exit, -p is peak files, -g is bedgraph files."
            exit;;
        p) # get list of peak files to process
            l_peaks=$OPTARG;;
        g) # get list of bedgraph files to process
            l_bgraphs=$OPTARG;;
        \?) # Invalid option
            echo "Error! Invalid option!"
            echo "-h to print this help and exit, -p is peak files, -g is bedgraph files."
            exit;;
    esac
done

echo "$l_peaks"
echo "$l_bgraphs"

我正在与一个不太懂计算机的团队合作，所以如果我可以将包装器保持为简单的一行执行，那就最好了。

我怎样才能将这些文件列表作为一个选项传递？

shell-script

4 个回答

  1. Best Answer

    不，不要将多个文件名压缩成一个字符串。首先，因为 shell 不支持这个 (*)，而且一般来说，文件名可以是任何字符串。没有一个字符或字符序列可以用作文件名中无效的分隔符。除了 NUL 字节，但无论如何您都不能将其作为命令行参数传递。

    （* 可能的例外是 zsh。）

    因此，只需用您获得的文件名作为参数填充两个数组即可。从那里，循环遍历列表也很简单。

    但是，getopts当它看到非选项参数时会停止，所以我们必须手动查找一些分隔符字符串。（同样，这必然是文件名，但至少它需要匹配完整的文件名，否则事情就会变得混乱。让我们选择::，如果你有这样的文件名，一定要将其作为传递./::。）

    #!/bin/bash

while getopts "xy" option; do
    # silly placeholder
    echo "option $option"
done
shift $(( OPTIND - 1 ))

list=a
lista=()
listb=()
while [ "$1" ]; do
    case $1 in 
        ::) list=b;;
        *) if [ "$list" = a ]; then lista+=("$1")
           else                     listb+=("$1")
           fi;;
    esac
    shift
done

printf "files in list a:\n"
printf " <%s>\n" "${lista[@]}"
printf "\n"
printf "files in list b:\n"
printf " <%s>\n" "${listb[@]}"
printf "\n"
printf "combinations:\n"
for b in "${listb[@]}"; do
    for a in "${lista[@]}"; do
        printf "<%s> <%s>\n" "$a" "$b"
    done
done

    运行结果如下：

    $ bash lists.sh -x a* :: b*
option x
files in list a:
 <a1.txt>
 <a2.txt>
 <a3.txt>

files in list b:
 <b1.txt>
 <b2.txt>

combinations:
<a1.txt> <b1.txt>
<a2.txt> <b1.txt>
<a3.txt> <b1.txt>
<a1.txt> <b2.txt>
<a2.txt> <b2.txt>
<a3.txt> <b2.txt>

    根据需要调整 getopts 循环，但记得保留 shift 命令以清除已处理的 getopts 选项。

    也就是说，我上面假设您想​​将第一个 A 与所有 B 结合起来，将第二个 A 与所有 B 结合起来，等等。

    相反，如果您希望第一个 A 与第一个 B 配对，第二个 A 与第二个 B 配对，等等，那么最后一个循环将需要类似于：

    i=0
# stop when either list ends
while [ "${lista[i]}" ] && [ "${listb[i]}" ]; do
    printf "<%s> <%s>\n" "${lista[i]}" "${listb[i]}"
    i=$((i + 1))
done

    不过，正如 @terdon 在评论中指出的那样，GNU parallel可以直接做到这一点。

    就像这样：

    $ parallel echo {1} {2} ::: a*.txt ::: b*.txt
a1.txt b1.txt
a1.txt b2.txt
a2.txt b1.txt
a2.txt b2.txt
a3.txt b1.txt
a3.txt b2.txt

# or

$ parallel echo {1} {2} ::: a*.txt :::+ b*.txt
a1.txt b1.txt
a2.txt b2.txt

    它通过 shell 传递给定的命令，因此特殊字符需要一些额外的引号。当然，您需要小心使用分隔符，因为额外的引号+相当有意义。

    • 9

  2. 如果您愿意复制 的方法，find并引用两个通配符 glob 模式，则可以使用脚本适当地扩展值。在此配置中，引用的模式随后由 shell（因此由getopts）处理，每个模式仅作为一个参数。

    下面是一个示例，我几乎不加改变地采用了您现有的代码，但为了方便起见，对其进行了缩减。您的代码布局更好，但有趣的部分是对-a和-b参数的处理：

    #!/bin/bash
#
# Multiple arguments: multitool -hp -a 'a*.txt' -b 'b*.txt'
#
########################################################################
#
while getopts ':hpg:a:b:' option
do
    case "$option" in
        a) a_list=($OPTARG) ;;    # Expand the (quoted) argument to the a_list array
        b) b_list=($OPTARG) ;;    # Expand the (quoted) argument to the b_list array
        h) echo "HELP!" >&2; exit 1 ;;
        p) l_peaks="$OPTARG" ;;
        g) l_bgraphs="$OPTARG" ;;
        \?) echo "ERROR!" >&2; exit 1 ;;
    esac
done
shift $(( OPTIND - 1 ))

# Checking values
#
echo "l_peaks=$l_peaks, l_bgraphs=$l_bgraphs"
echo "a_list=(${a_list[@]})"
echo "b_list=(${b_list[@]})"
echo

for ((i=0; i<="${#a_list[@]}"; i++))
do
    printf '%d\t%s\t%s\n' "$i" "${a_list[$i]}" "${b_list[$i]}"
done

    例子

    ls
aapple  abanana  acherry  bone  bthree  btwo

./multitool -p -a 'a*' -b 'b*'
l_peaks=, l_bgraphs=
a_list=(aapple abanana acherry)
b_list=(bone bthree btwo)

0       aapple  bone
1       abanana bthree
2       acherry btwo
    • 4

  3. 命令处理需要多个参数的选项的常见方法之一是多次调用这些选项，如下所示：

    cmd -vvi file1 -i file2 -ifile3 -o out1 -ifile4

    （以上显示了将参数作为单独参数或在同一参数中提供的示例）

    要将其应用于 glob，如果使用zsh，您可以执行以下操作：

    cmd -vv file*(nP[-i]) -o out1

    其中P[prefix]glob 限定符在每个生成的文件之前插入一个额外的-i参数，以便最终运行cmd -vv -i file1 -i file2 ... -o out。

    （还请注意n限定符，以确保文件按数字顺序排序，因此file10位于之后file9而不是之间file1，就像file2默认词典顺序一样）。

    或者：

    cmd -vv file*(ne:REPLY[1,0]=-i:) -o out1

    或者：

    files=(file*(n)); cmd -vv -i$^files -o out1

    或者，histsubstpattern启用该选项：

    cmd -vv file*(n:s/#/-i) -o out1

    在每个文件名前面添加-i（在同一个参数中），这样它最终会运行cmd -vv -ifile1 -ifile2 ... -o out1。

    在 bash（或 bash 从中复制了该语法的 ksh93）中，您可以执行以下操作：

    files=(file*); cmd -vv "${files[@]/#/-i}" -o out

    但请注意，bash 没有与 zsh 的n限定符等效的限定符，因此将在和file10之间排序，并且除非您打开该选项，否则如果没有匹配的文件，它将使用文字作为参数进行调用。file1file2failglobcmd-ifile*

    在cmd脚本本身中，您可以执行以下操作：

    inputs=()
while getopts i: option; do
  case $option in
    (i) inputs+=( "$OPTARG" );;
    # rest of option parsing
  esac
done
echo "I got ${#inputs[@]} input files"
    • 3

  4. 我们知道文件列表将是一个偶数，因为它们应该相互配对。利用这一点，我们可以对所有给定的文件名进行循环，并在迭代它们时对它们进行计数。一旦我们到达中间点，我们就可以开始将列表中的第一个名称与循环中的当前名称配对，然后shift（删除第一个列表项）并重复。

    这是可行的，因为for循环总是迭代静态列表。因此，我们通过循环“保存”名称列表，并且可以在不干扰循环本身的情况下修改循环内的位置参数列表。

    #!/bin/sh

n=$(( $# / 2 ))

for name do
        if [ "$n" -le 0 ]; then
                # The pair is "$1" (from the 1st set of files)
                # and "$name" (from the 2nd set of files).
                printf 'a-file = "%s"\tb-file = "%s"\n' "$1" "$name"
                shift
        fi

        n=$(( n - 1 ))
done

    请注意，所有这些都不需要bashshell；我们可以使用更简单的shshell 来运行它。

    测试：

    $ ls
a1.txt   a2.txt  a4.txt  a6.txt  a8.txt  b1.txt   b2.txt  b4.txt  b6.txt  b8.txt  script
a10.txt  a3.txt  a5.txt  a7.txt  a9.txt  b10.txt  b3.txt  b5.txt  b7.txt  b9.txt

    $ sh script a* b*
a-file = "a1.txt"       b-file = "b1.txt"
a-file = "a10.txt"      b-file = "b10.txt"
a-file = "a2.txt"       b-file = "b2.txt"
a-file = "a3.txt"       b-file = "b3.txt"
a-file = "a4.txt"       b-file = "b4.txt"
a-file = "a5.txt"       b-file = "b5.txt"
a-file = "a6.txt"       b-file = "b6.txt"
a-file = "a7.txt"       b-file = "b7.txt"
a-file = "a8.txt"       b-file = "b8.txt"
a-file = "a9.txt"       b-file = "b9.txt"

    如果需要进行选项解析，请在配对文件名的代码之前执行此操作：

    #!/bin/sh

myself=$0

usage () {
        cat <<-USAGE_MESSAGE
        USAGE:
            $myself -h
            $myself -- {File set A} {File set B}

            -h          Display usage info
            File set A  Filenames for file set A
            File set B  Filenames for file set B
        USAGE_MESSAGE
}

while getopts h opt; do
        case $opt in
                h)
                        usage
                        exit
                        ;;
                *)
                        printf '%s: Error in option parsing\n' "$myself" >&2
                        exit 1
        esac
done
shift "$(( OPTIND - 1 ))"

if [ "$#" -eq 0 ]; then
        usage >&2
        exit 1
fi

n=$(( $# / 2 ))

for name do
        if [ "$n" -le 0 ]; then
                printf 'a-file = "%s"\tb-file = "%s"\n' "$1" "$name"
                shift
        fi

        n=$(( n - 1 ))
done
    • 0

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