我正在尝试使用数据文件的先前版本中的行数来规范化数据文件。阅读完这些 问题后,我认为这可行:
awk -v num=$(wc -l my_first_file.bed) '{print $1, $2, $3, $4/num}' my_other_file.bed
但它会引发这个错误:
awk: cmd. line:1: my_first_file.bed
awk: cmd. line:1: ^ syntax error
使用反斜杠保护.
不会改变任何内容,使用反引号代替 也不会改变任何内容$()
。
我如何将 的输出用作wc -l
变量awk
?这一切都将在 snakemake 管道内发生,因此在灵活性方面我受到一定限制。
内容my_other_file.bed
:
chrUn_KI270548v1 0 50 0.00000
chrUn_KI270548v1 50 192 1.00000
chrUn_KI270548v1 192 497 0.00000
chrUn_KI270548v1 497 639 1.00000
chrUn_KI270548v1 639 723 0.00000
chrUn_KI270548v1 723 860 1.00000
chrUn_KI270548v1 860 865 2.00000
chrUn_KI270548v1 865 879 1.00000
chrUn_KI270548v1 879 991 2.00000
chrUn_KI270548v1 991 1002 3.00000
chrUn_KI270548v1 1002 1021 2.00000
chrUn_KI270548v1 1021 1093 1.00000
chrUn_KI270548v1 1093 1133 2.00000
chrUn_KI270548v1 1133 1222 1.00000
chrUn_KI270548v1 1222 1235 2.00000
chrUn_KI270548v1 1235 1364 1.00000
chrUn_KI270590v1 0 16 4.00000
chrUn_KI270590v1 16 46 5.00000
chrUn_KI270590v1 46 48 6.00000
chrUn_KI270590v1 48 95 7.00000
chrUn_KI270590v1 95 117 8.00000
chrUn_KI270590v1 117 130 9.00000
chrUn_KI270590v1 130 136 8.00000
chrUn_KI270590v1 136 138 7.00000
chrUn_KI270590v1 138 139 6.00000