Whitehot's questions

我正在尝试构建一个包装器来多次执行一个工具，然后连接一些结果。我想将两组文件传递给我的包装器脚本，然后对每对文件运行该工具。我希望它的行为如下：

multitool.sh -a a*.txt -b b*.txt（扩展通配符以匹配所有可用文件）

然后在里面，我对、、、等运行multitool.sh该工具，其中 a 和 b文件的数量可变。a1.txt b1.txta2.txt b1.txta1.txt b2.txta2.txt b2.txt

我按照本教程解释了选项处理的基础知识，并且我能够使用它getops来处理-h，但不能处理其他任何事情。

这就是我现在的情况：

#!/bin/bash


while getopts ":hpg:" option; do
    case $option in 
        h) # display help
            echo "-h to print this help and exit, -p is peak files, -g is bedgraph files."
            exit;;
        p) # get list of peak files to process
            l_peaks=$OPTARG;;
        g) # get list of bedgraph files to process
            l_bgraphs=$OPTARG;;
        \?) # Invalid option
            echo "Error! Invalid option!"
            echo "-h to print this help and exit, -p is peak files, -g is bedgraph files."
            exit;;
    esac
done

echo "$l_peaks"
echo "$l_bgraphs"

我正在与一个不太懂计算机的团队合作，所以如果我可以将包装器保持为简单的一行执行，那就最好了。

我怎样才能将这些文件列表作为一个选项传递？

我正在尝试使用数据文件的先前版本中的行数来规范化数据文件。阅读完这些 问题后，我认为这可行：

awk -v num=$(wc -l my_first_file.bed) '{print $1, $2, $3, $4/num}' my_other_file.bed

但它会引发这个错误：

awk: cmd. line:1: my_first_file.bed
awk: cmd. line:1:              ^ syntax error

使用反斜杠保护.不会改变任何内容，使用反引号代替 也不会改变任何内容$()。

我如何将 的输出用作wc -l变量awk？这一切都将在 snakemake 管道内发生，因此在灵活性方面我受到一定限制。

内容my_other_file.bed：

chrUn_KI270548v1    0   50  0.00000
chrUn_KI270548v1    50  192 1.00000
chrUn_KI270548v1    192 497 0.00000
chrUn_KI270548v1    497 639 1.00000
chrUn_KI270548v1    639 723 0.00000
chrUn_KI270548v1    723 860 1.00000
chrUn_KI270548v1    860 865 2.00000
chrUn_KI270548v1    865 879 1.00000
chrUn_KI270548v1    879 991 2.00000
chrUn_KI270548v1    991 1002    3.00000
chrUn_KI270548v1    1002    1021    2.00000
chrUn_KI270548v1    1021    1093    1.00000
chrUn_KI270548v1    1093    1133    2.00000
chrUn_KI270548v1    1133    1222    1.00000
chrUn_KI270548v1    1222    1235    2.00000
chrUn_KI270548v1    1235    1364    1.00000
chrUn_KI270590v1    0   16  4.00000
chrUn_KI270590v1    16  46  5.00000
chrUn_KI270590v1    46  48  6.00000
chrUn_KI270590v1    48  95  7.00000
chrUn_KI270590v1    95  117 8.00000
chrUn_KI270590v1    117 130 9.00000
chrUn_KI270590v1    130 136 8.00000
chrUn_KI270590v1    136 138 7.00000
chrUn_KI270590v1    138 139 6.00000

我在具有特定命名系统的文件夹中有大量文件。它看起来有点像这样：

my_file_A_a.txt
my_file_A_d.txt
my_file_A_f.txt
my_file_A_t.txt
my_file_B_r.txt
my_file_B_x.txt
my_file_C_f.txt
my_file_D_f.txt
my_file_D_g.txt
my_file_E_r.txt

我想要一个命令行或一系列命令（可以使用临时文件，我有写权限），它们会返回如下内容：

A: 4
B: 2
C: 1
D: 2
E: 1

可以用很多ls -1 *A* | wc -l命令来完成，但是需要很长时间，因为要计算几百个“组”。

此外，每个组名都是唯一的。有一个A群，一个B群，但没有AB群。