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Carlos Fernandes's questions

Martin Hope
Carlos Fernandes
Asked: 2025-03-31 00:28:14 +0800 CST
  • 4

我有兴趣使用脚本分析 50 个不同的数据集，并将 50 个分析的输出分别保存在 50 个不同的相应目录中。为了避免手动执行此操作，如何以自动化方式（即以“批处理模式”执行此操作）完成？

要运行该脚本，需要使用一组可执行文件，所有这些文件都位于名为“Programmes”的目录中，并且还需要一个输入参数文件。每个数据集实际上由两个文件组成（infile.ped 和 infile.map）。通过我之前问过的一个问题（如何将循环命令每次迭代的输出保存到另一个新文件夹？），我了解到，如果我想对给定的单个数据集运行 50 次重复运行，一种解决方案是：

for dir in dir{01..50}; do
  mkdir -p "$dir" &&
    ln -sf ../{script.sh,infile.{ped,map},INPUT_PARAMETERS_FILE,PROGRAMMES} "$dir" &&
    (cd "$dir" && exec bash ./script.sh infile)
done

我的问题是，这样的循环如何适应这种情况，即目标不是自动分析单个数据集，而是自动分析例如 50 个不同的数据集 (infile_1.ped 和 infile_1.map; infile_2.ped 和 infile_2.map; ...; infile_50.ped 和 infile_50.map)。

bash
Martin Hope
Carlos Fernandes
Asked: 2025-02-15 20:49:19 +0800 CST
  • 7

我是 Unix 新手，所以如果这个问题的解决方案太简单，我深表歉意。我感兴趣的是多次运行脚本（因为过程/算法不会在每次重复时产生完全相同的答案；目标是获得重复运行的平均值、置信区间等），为此我尝试使用循环（在此示例中为 50 次重复）：

for i in {1..50}; do bash script.sh infile.txt; done

但就像这样，显然，每次新迭代的输出都会覆盖前一次迭代的输出。我想知道如何将每次迭代的输出（一系列文件和文件夹）保存在不同的新文件夹中，即本例中总共 50 个文件夹。我正在尝试在 Mac 上的终端中执行此操作。

更新：抱歉，我忘了说，为了成功运行，脚本需要读取输入参数文件并使用/调用一堆可执行文件，这些可执行文件都位于名为的文件夹中PROGRAMMES。因此，在脚本正常运行时，这两个文件以及脚本和 infile 都位于同一个文件夹中。更具体地说，脚本的初始部分包含以下参数（这里是脚本的链接：https://github.com/esrud/GONE/blob/master/MacOSX/script_GONE.sh）：

### Set arguments

### Take input parameters from file INPUT_PARAMETERS_FILE

source INPUT_PARAMETERS_FILE

### EXECUTABLES FILES NEEDED IN DIRECTORY PROGRAMMES:

### MANAGE_CHROMOSOMES2
### LD_SNP_REAL3
### SUMM_REP_CHROM3
### GONE (needs gcc/7.2.0)
### GONEaverages
### GONEparallel.sh

非常感谢您的任何建议/帮助。

卡洛斯

bash