我正在尝试遍历给定文件夹中的目录，并且我想跳过特定的目录名称。我已经编写了这个 bash 脚本来执行此操作，但这给了我错误。请告诉我哪里出错了：
for f in *
do
if [ -d "$f" ]; then
if [ -d "TEST"];then
echo "skip TEST directory"
continue
fi
echo "$f"
fi
done
我想跳过 TEST 目录。
我有一个目录，其中有多个子目录。我正在一个一个地循环子目录。然后我使用 cd 更改目录。如果在该子目录中，我有一个扩展名为 .partial 的文件，请保存文件名。然后我需要打印子目录名和部分文件名。我写了这样的东西
for f in *
do
if [ -d "$f" ]; then
cd "$f"
a=$(find ./ -name "*.partial")
if [ -e "$a" ];then
echo -e "$f" "\t" "$a"
fi
cd ..
fi
done
问题find在于它递归地.partial在其他子目录中查找文件扩展名，这是我不想要的。如何将其限制为仅当前目录？
#chr fivep threep strand sample1 sample2 sample3 sample4 name1 name2
chrI 9442 9492 + 0 0 0 0 na na
chrI 12584 12631 + 0 0 0 0 na na
chrI 12584 12679 + 16 16 15 22 na na
chrI 12584 12727 + 0 0 0 0 na na
chrI 12632 12679 + 13 12 16 9 na na
我有一个上述格式的文件。我想要输出这样我得到 4 个单独的文件作为输出名称，它们基本上是列 sample1 ， sample2 等。
例如，这就是我想要做的：
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$5,$4}' > sample1.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$6,$4}' > sample2.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$7,$4}' > sample3.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$8,$4}' > sample4.txt
我可以为几列执行此操作，但我有一个包含许多列的大文件。如何以循环方式执行此操作，这样我就不必单独键入每个 awk 语句
我有一个制表符分隔的文件，如下所示：
gene v1 v2 v3 v4
g1 NA NA NA NA
g2 NA NA 2 3
g3 NA NA NA NA
g4 1 2 3 2
每行中的字段数是固定且相同的。我想从上面的文件中删除那些行，其中从第 2 列到最后一行的每一行的所有字段都是 NA。然后输出应如下所示：
gene v1 v2 v3 v4
g2 NA NA 2 3
g4 1 2 3 2
我有一个 shell 脚本，它可以做一些事情，比如将值存储在变量中。例如，这里是我的脚本：
for i in ../../*.bam
do
fn=$(basename $i)
fn=${fn%_Aligned.sortedByCoord.out.bam}
bamToBed -i $i | awk -v OFS="\t" '{if($6 ~ /+/){print $1,$2+67,$2+67+1,$4,$5,$6}else{print $1,$3-67-1,$3-67,$4,$5,$6}}' | awk -v OFS="\t" '$3 > 0' > ${fn}_pos.bed
sortBed -g $genome -i ${fn}_pos.bed > ${fn}_n_pos.bed
mv ${fn}_n_pos.bed ${fn}_pos.bed
perl counter.pl ${fn}_pos.bed | sortBed -g $genome -i stdin | intersectBed -g $genome -sorted -a <(cat $genome | awk -v OFS="\t" '{print $1,"0",$2}') -b stdin -wa -wb | cut -f 4-7 > ${fn}.bedGraph
bedGraphToBigWig ${fn}.bedGraph $genome ${fn}.bw
a=`samtools view $i | wc -l`
intersectBed -g $genome -sorted -c -a <(cat test.bed | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2-50,$2+400,$4,$5,$6}') -b ${fn}_pos.bed | cut -f 4,7 | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}'> ${fn}_IP_count.txt
cat ${fn}_IP_count.txt | awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$a}' > final.txt
done
正如您在我声明变量的代码中看到的这一行a。这存储了一个数字。然后我创建了一个 2 列文本文件，制表符分隔${fn}_IP_count.txt
我想在这个文件中添加第三列，其中第三列是存储在变量中的值a到每一行。例如，2 列文件如下所示：
gene1 200
gene2 23
gene3 45
gene4 10
假设存储在变量 a 中的值为 245676，那么我希望将输出存储在第三列中，如下所示
gene1 200 245676
gene2 23 245676
gene3 45 245676
gene4 10 245676
我使用 awk 进行了尝试，但没有得到正确的答案。任何帮助，将不胜感激。
我有一个这样的文件，它是制表符分隔的：
name v1 v2 v3 v4
g1 4.5 2.3 2.1 0.2
g2 10 3 5 2.3
g3 7 2.5 2.8 3.9
只是在我有 5 列和 4 行（包括标题）的虚拟文件上方向您展示。我想过滤掉这些行，如果特定行中的每一列的值> = 2，则保留该行，否则将其删除。输出应如下所示：
name v1 v2 v3 v4
g2 10 3 5 2.3
g3 7 2.5 2.8 3.9
我怎样才能使用 awk 做到这一点？
我有一个像这样的文本文件
REP1.bam ./CONTROL/CONTROL.bam
这是一个制表符分隔的文件。我想在制表符/空格上拆分行并将各个列存储为单独的数组元素。
我做了这样的事情
while read -r line; do arr=(${line{///}); echo ${arr[1]}; done < test.txt
这给了我 .CONTROLCONTROL.bam 并且不保留斜线。
我怎样才能解决这个问题。
我有一个包含 200 多列的文件。例如，我在这里使用列数较少的文件（9）。下面是输入文件（几行）
chr10 181243 225933 1 1 1 10 0 36
chr10 181500 225933 1 1 1 106 0 35
chr10 226069 255828 1 1 1 57 0 37
chr10 243946 255828 1 1 1 4 0 27
chr10 255989 267134 1 1 1 87 0 32
chr10 255989 282777 1 1 1 61 0 34
chr10 267297 282777 1 1 1 61 0 37
chr10 282856 283524 1 1 1 92 0 35
chr10 282856 285377 1 1 1 1 0 15
chr10 283618 285377 1 1 1 72 0 33
我想重新排列文件，使我的最后一列（这里是第 9 列）是输出文件中的第 4 列，然后打印其他所有内容。所以我正在寻找的输出是
chr10 181243 225933 36 1 1 1 10 0
chr10 181500 225933 35 1 1 1 106 0
chr10 226069 255828 37 1 1 1 57 0
chr10 243946 255828 27 1 1 1 4 0
chr10 255989 267134 32 1 1 1 87 0
chr10 255989 282777 34 1 1 1 61 0
chr10 267297 282777 37 1 1 1 61 0
chr10 282856 283524 35 1 1 1 92 0
chr10 282856 285377 15 1 1 1 1 0
chr10 283618 285377 33 1 1 1 72 0
在列数较少的文件上，我可以使用类似的方法来实现上述输出：
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9,$4,$5,$6,$7,$8}'
如果现在我有一个包含大量列的文件，如何将文件的最后一列作为第 4 列并按原样打印？
我有一个这样的文件
x + chrX 15362 15364 + 100(3) *(0) *(0) *(0) 100(5) *(0) 100(1)
y + chrX 153626 153626 + 100(80) 98.56(79) 100(40) 100(47) 100(88) 4(23)
我想捕获括号内的值并打印它们，以便输出看起来像这样
x + chrX 15362 15364 + 3 0 0 0 5 0 1
y + chrX 153626 153626 + 80 79 40 47 88 23
我想在 sed 中这样做。
我试过这样的东西，但它不起作用
sed -r 's/^.*\((\d+)\)/\1/g'
另外，我怎样才能去掉括号内的所有内容，包括括号，以便我也得到以下输出
x + chrX 15362 15364 + 100 * * * 100 * 100
y + chrX 153626 153626 + 100 98.56 100 100 100 4
我有一个文件，它是几个管道命令的输出。像这样的东西
command1 input.txt| command2 | command3 | input file
该文件以制表符分隔
命令 3 之后，我的输入文件如下所示
chr6 116732135 116741866 116732135 116732368 116741505 116741866 + 0.79 0.51 0.97 0.77 0.48 0.97 0.02 0.37 'chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.A.withRI','chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.B.up_chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.B.dn' (0,0):10,(1,0):147,(1,1):1 0:148 (0,0):36,(1,0):161,(1,1):3 0:163,1:1 chr6 + 116732136,116732136 116741866,116741866 gene_id "ENSG00000196911.10"; transcript_id "ENST00000368564.6"; gene_type "protein_coding"; gene_name "KPNA5"; transcript_type "protein_coding"; transcript_name "KPNA5-202"; level 2; protein_id "ENSP00000357552.1"; transcript_support_level "1"; tag "basic"; tag "appris_principal_1"; tag "CCDS"; ccdsid "CCDS5111.1"; havana_gene "OTTHUMG00000015448.4"; havana_transcript "OTTHUMT00000041967.2";
chr6 116732135 116741866 116732135 116732368 116741505 116741866 + 0.79 0.51 0.97 0.77 0.48 0.97 0.02 0.37 'chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.A.withRI','chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.B.up_chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.B.dn' (0,0):10,(1,0):147,(1,1):1 0:148 (0,0):36,(1,0):161,(1,1):3 0:163,1:1 chr6 + 116732136,116732136 116741866,116741866 gene_id "ENSG00000196911.10"; transcript_id "ENST00000356348.6"; gene_type "protein_coding"; gene_name "KPNA5"; transcript_type "protein_coding"; transcript_name "KPNA5-201"; level 2; protein_id "ENSP00000348704.1"; transcript_support_level "1"; tag "basic"; tag "appris_principal_1"; tag "CCDS"; ccdsid "CCDS5111.1"; havana_gene "OTTHUMG00000015448.4"; havana_transcript "OTTHUMT00000041969.2";
在命令 3 之后，我使用 awk 命令拆分最后一列使用;
This is the command
command1 input.txt| command2 | command3 | awk -F "\t" -v OFS="\t" '{split($NF,a,";"); $NF=""; print $0,a[1],a[4]}'
我想拆分从 command3 获得的文件的最后一个字段，然后打印除最后一个字段之外的所有字段，然后打印拆分字段 a[1] 和 a[4]，但这会在第 1-25 列和第 1-25 列之间添加一个选项卡一个[1]，一个[4]。我怎样才能避免这种情况？
谢谢
这是输出
chr6 116732135 116741866 116732135 116732368 116741505 116741866 + 0.79 0.51 0.97 0.77 0.48 0.97 0.02 0.37 'chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.A.withRI','chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.B.up_chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.B.dn' (0,0):10,(1,0):147,(1,1):1 0:148 (0,0):36,(1,0):161,(1,1):3 0:163,1:1 chr6 + 116732136,116732136 116741866,116741866 gene_id "ENSG00000196911.10" gene_name "KPNA5"
chr6 116732135 116741866 116732135 116732368 116741505 116741866 + 0.79 0.51 0.97 0.77 0.48 0.97 0.02 0.37 'chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.A.withRI','chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.B.up_chr6:116732136-116732368:+@chr6:116741506-116741866:+.B.dn' (0,0):10,(1,0):147,(1,1):1 0:148 (0,0):36,(1,0):161,(1,1):3 0:163,1:1 chr6 + 116732136,116732136 116741866,116741866 gene_id "ENSG00000196911.10" gene_name "KPNA5"
我有 2 个输入文件。输入 file1 看起来像这样
Equus caballus
Monodelphis domestica
Saccharomyces cerevisiae S288c
Input2 看起来像这样（显示前 10 行）
>CM000377.2/60448635-60448529 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTATTCTTATCAGTTTAAAACTAGTGGTGAAATGAGATGTAGACAGTAACATTTGAATTACAACATCA
>CM000377.2/105043590-105043453 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATTGCTTCTTGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTATAGTATCTGTTCTCATCAATTTAAAAATGGCAATATAAATAGACCCATAGTAGATCCAGATAATGGTGTTATCAGAAAAGGACTTTAAGTAATTTAATATGTTCA
>CM000377.2/137942042-137941941 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCAGACTTTTGGCTAAGATCAAGCGTAGTATCTGTTCTTATCAGTAATTAACTTCAGAAAAGTTAACTCATCTTCAGCAAGGCAGTAATCCCCT
>CM000377.2/97988860-97989002 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTTGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGGAATCAATGAATTTCTGGTTATGGAGGCTAAAATGATATCTAATCTTGACTTAATCTAGGTCTCTTCAGTATTTGTCACCCTTTACTACATTCTCTGCTGATGCACT
>CM000377.2/77415658-77415776 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ACTGCTTCTTCGCCTTTTGGCTAAAATCAAGTATAGTATCTGTTCTTACCAGTTTAAGTACTTTTTGTGCTTCTCATGGCTATAAGCCATAATTGCTGTTATAACGGTAAGGATTTTTC
>CM000377.2/172045138-172045024 Equus caballus chromosome 1, whole genome shotgun sequence. ATTGCTTCTTGGCCTTTCAGCTAAGATCAAGTGTTGTATCTGTTCGTATCAGTTTAAATCATTCTGCACCAAAGATATGTCTCTTCTTCTCCATTTATTAATTTGTTCACTTATT
>CM000378.2/50070490-50070688 Equus caballus chromosome 2, whole genome shotgun sequence. ATTGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTAATTGATTATCTCAAGTTAAGGAGAACTCACTACATCCCAAAGTCTCATTCTTTGTCTGAGTCTTGACACACATACTTCTTTCTGTGAGTATGTCCCTATTGCCTGCAATTGGCAATCTAAACATTCAGTGAAAATCTTCATTAGCTTTGAATGAACCATGT
>CM000378.2/21366877-21367061 Equus caballus chromosome 2, whole genome shotgun sequence. AAAGCGTCTCAGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTAGCTAGTCTATAACCTGATTGATATGTCCATTTTACCCCAATATCATACCATTATGATTACTGTGGCTTTATATAGCAAATCTTGAACTCAGGTAGTATAAATCCTCTAACTCTGTTCTTTGTCAAAATGGTCTTGGCTATT
>CM000378.2/56987690-56987788 Equus caballus chromosome 2, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGAACGTCGGCGCCCTCGTGAGGAGGCACAGCCTCTCGTTCCCTGCTCCTACACTCCTT
>CM000378.2/18244103-18244249 Equus caballus chromosome 2, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTGAGATCAAGTGTAGAGCTTTGAATAGTATAATAATATTATTTTGATAGTAATAACAATAAACAATCGCTAGCATTAATGAGAGCTTAGTGTATGCCAGTCACCATGCTAAGTGCTCTAGATGCTT
>CM000370.1/74459482-74459563 Monodelphis domestica chromosome 3, whole genome shotgun sequence. ATCACTTCTCTGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCAATAGATGCAGAAAGAGCTTTTGACAAAATACAACACCCATT
>CM000370.1/105243828-105243703 Monodelphis domestica chromosome 3, whole genome shotgun sequence. ATTGTTTCTTGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGAAATATTGTTAAATAATTACTTGTAAGATCTCGGAGAAACTAGAGAAGGTATTTATTGTACCTGGGAGTTTCCCATTCCTGGAACTCTCT
>CM000370.1/143474511-143474342 Monodelphis domestica chromosome 3, whole genome shotgun sequence. ATTGCTTCTCAACCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTATATCCCAATGATGTTTGGGATACTTAGTATTTGGGCAGCTAGAACTCCTCTTCCTGAGTTAAAATCCAGCCAATCACTAGCTGTGTGGCCTTGGGTAAGTCACTTAACCCAGTTTGCCTCAGTTGTCT
>CM000371.1/104846407-104846597 Monodelphis domestica chromosome 4, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATTTTTGAAGCAGGGAGTCGGAATAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTATTGCAGTACTTCCAGGAACGGTGCACCTCCC
>CM000371.1/104773987-104774177 Monodelphis domestica chromosome 4, whole genome shotgun sequence. ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATTTTTGAAACAGGGAGTCGGAATAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTATTGCAGTACTTCCAGGAACGGTGCACTTCCC
>BK006936.2/681858-681747 TPA: Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. ATCTCTTTGCCTTTTGGCTTAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTTTCAGTGTAACAACTGAAATGACCTCAATGAGGCTCATTACCTTTTAATTTGTTACAATACACATTTT
我想从输入文件 2 中查找与输入文件 1 匹配的行，并对它们进行计数以获得输入文件 1 中的行在输入文件 2 中出现的总次数
输出示例
Equus caballus 10
Monodelphis domestica 5
Saccharomyces cerevisiae S288c 1
等等。
我用它从 input2 文件中提取匹配的行在 file1
grep -Fwf input1 input2
如何计算 input1 中的每一行在 input2 中出现的次数？
我有一个以下格式的文件，它是制表符分隔的
a k testis adult male 8 week rRNA
b k testis adult male 8 week rRNA
c k testis adult male 8 week rRNA
我想在每一行上做一些操作，所以我使用了一个 while 循环。我想在选项卡上分割每一行，然后存储让我们说第 6 列8 week在一个变量中。我正在使用此代码，但我无法得到我想要的
while read -r line; do tmp=(${line///}); col6=${tmp[5]}; echo "$col6"; done < file.txt
这给了我8而不是8 week。8 周在 8 和周之间有一个空格，因此我想在选项卡上拆分行。