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主页 / user-63144

Greg Dougherty's questions

Martin Hope
Greg Dougherty
Asked: 2024-07-16 08:45:01 +0800 CST

如何比较两个 Docker 镜像?

  • 5

我有两个 Docker 镜像,每个镜像都有很多层。我想将第一个镜像中的所有文件与第二个镜像中的所有文件进行比较,看看有什么变化。

我尝试使用

docker image save <image no> > MyImage.tar

但当我解压它时,我得到了 100 多个目录,每个目录都包含

VERSION json layer.tar

所以这没用

docker
  • 1 个回答
  • 10 Views
Martin Hope
Greg Dougherty
Asked: 2023-11-10 01:55:42 +0800 CST

如何使用 YUM / dnf 安装 liblzma-dev

  • 5

构建 Docker 镜像。尝试构建 samtools。我安装的:

FROM rockylinux:8
RUN dnf -y update && dnf -y upgrade && dnf -y --allowerasing install wget libcurl curl git vim cmake gcc gcc-c++ zip unzip zlib zlib-devel tbb tbb-devel tar bzip2 bzip2-devel ncurses-devel

所以我有 YUM 和 dnf,但没有 apt-get。当我尝试构建 samtools 时出现此错误

configure: error: liblzma development files not found

The CRAM format may use LZMA2 compression, which is implemented in HTSlib
by using compression routines from liblzma <http://tukaani.org/xz/>.

Building HTSlib requires liblzma development files to be installed on the
build machine; you may need to ensure a package such as liblzma-dev (on Debian
or Ubuntu Linux), xz-devel (on RPM-based Linux distributions or Cygwin), or
xz (via Homebrew on macOS) is installed; or build XZ Utils from source.

Either configure with --disable-lzma (which will make some CRAM files
produced elsewhere unreadable) or resolve this error to build HTSlib.
configure: error: ./configure failed for htslib-1.13

我找到了这个,但它需要 apt-get。

我尝试了什么以及它是如何失败的:

[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install liblzma-devel
Last metadata expiration check: 0:48:17 ago on Wed Oct  4 00:25:57 2023.
No match for argument: liblzma-devel
Error: Unable to find a match: liblzma-devel
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install liblzma*
Last metadata expiration check: 0:48:23 ago on Wed Oct  4 00:25:57 2023.
Package xz-libs-5.2.4-4.el8_6.aarch64 is already installed.
Dependencies resolved.
Nothing to do.
Complete!
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install xz-libs seems
Last metadata expiration check: 0:50:48 ago on Wed Oct  4 00:25:57 2023.
Package xz-libs-5.2.4-4.el8_6.aarch64 is already installed.
No match for argument: seems
Error: Unable to find a match: seems
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install xz-libs
Last metadata expiration check: 0:50:54 ago on Wed Oct  4 00:25:57 2023.
Package xz-libs-5.2.4-4.el8_6.aarch64 is already installed.
Dependencies resolved.
Nothing to do.
Complete!
[root@29b6e2a8aef2 samtools-1.13]# dnf -y install xz-libs*
Last metadata expiration check: 0:51:02 ago on Wed Oct  4 00:25:57 2023.
Package xz-libs-5.2.4-4.el8_6.aarch64 is already installed.
Dependencies resolved.
Nothing to do.
Complete!
docker
  • 1 个回答
  • 25 Views
Martin Hope
Greg Dougherty
Asked: 2021-09-28 12:17:05 +0800 CST

-bash:: /bin/bash: 错误的解释器:不允许操作

  • 1

我最近将采用openjdk-13 替换为采用openjdk-16。我有一个按名称使用该工具的脚本文件,因此我将其从 13 更改为 16。它的新内容:

#!/bin/bash
if [ -z ${JAVA_OPTS+x} ]
then
  # Set some defaults
  JAVA_OPTS=""
fi
/Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-16.jdk/Contents/Home/bin/java $JAVA_OPTS -jar $CROMWELL_HOME/womtool.jar "$@"

me $  which bash
/bin/bash
me $  ll /usr/local/cromwell
total 16
drwxr-xr-x   6 root  wheel   192B Sep 27 12:43 ./
drwxr-xr-x  23 root  wheel   736B Nov 10  2020 ../
-rwxr-xr-x@  1 root  wheel   210B Sep 27 12:42 cromwell*
lrwxr-xr-x   1 root  wheel    39B Jul 14 15:14 cromwell.jar
-rwxr-xr-x@  1 root  wheel   208B Sep 27 12:41 womtool*
lrwxr-xr-x   1 root  wheel    38B Jul 14 15:14 womtool.jar
m082166@me $ $CROMWELL_HOME/womtool validate MyWDL.wdl
-bash: /usr/local/cromwell/womtool: /bin/bash: bad interpreter: Operation not permitted
me $  /Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-16.jdk/Contents/Home/bin/java $JAVA_OPTS -jar $CROMWELL_HOME/womtool.jar validate MyWDL.wdl
Success!

当运行脚本的内容完全没问题时,为什么 bash 拒绝让我运行脚本?在我更新脚本文件以指向正确的工具后,这实际上就坏了

bash shell-script
  • 1 个回答
  • 993 Views
Martin Hope
Greg Dougherty
Asked: 2021-09-04 07:57:40 +0800 CST

如何查找两个不同的名称[重复]

  • 1
这个问题在这里已经有了答案:
如何使用 find 命令搜索多个扩展名 5 个回答
去年关闭。

我们的代码会生成大量文件,其名称包括 stdout、stdout.qsub、stderr、stderr.foo 等。

我想要做

find <dir> -name (stdout|stderr) -exec ...

并且只找到 stdout 和 stderr 文件,没有 stdout.qsub 等。

所以我不能做'-name“std *”'。在这种情况下,我可以执行 '-name "std[eo][ru][rt]"',它可以工作,因为该搜索不会找到任何 stdeut 文件。

有没有比 '-name "std[eo][ru][rt]"' 更简洁的方法吗?

bash find
  • 1 个回答
  • 72 Views
Martin Hope
Greg Dougherty
Asked: 2019-04-03 09:25:06 +0800 CST

如何在没有 sudo 的情况下更改核心转储位置

  • 0

CentOS 6.10 版(最终版)

GNU gdb (GDB) 红帽企业 Linux (7.2-92.el6)

我的程序崩溃了,并生成了一个核心转储。不幸的是,它试图将它转储到我的主目录中,而我的主目录并没有足够的空间来容纳它:

BFD:警告:core.30906 被截断:预期核心文件大小 >= 155732344832,找到:29430394880。

我需要进行一些设置,以便当我启动我的程序时,任何核心转储都会转到我指定的位置,那里有可用空间。我看过这里,但答案似乎需要 sudo,并适用于所有帐户。我需要一些无需 root 访问即可工作且仅适用于我的帐户的东西。

linux not-root-user
  • 1 个回答
  • 1213 Views

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