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Felipe Evaristo's questions

Martin Hope
Felipe Evaristo
Asked: 2024-06-13 00:35:28 +0800 CST
  • 5

我尝试使用tar以递归方式压缩.lammpstrj目录树中所有带有扩展名的文件，从路径存储在变量中的目录开始home。home包含包含我的命令的脚本和 57 个子目录，每个子目录包含一对名为和tar的子子目录。每个或目录包含一个文件。我用来完成此任务的循环是：Soft_PushoffEquilibrium_NVTSoft_PushoffEquilibrium_NVT.lammpstrj

for index in $(seq 1 57)
do
    cd $home/$index/Soft_Pushoff/
    file=`find ./ -mindepth 1 -maxdepth 1 -name "*.lammpstrj" -print`
    tar cvf - ./$file | gzip -9 - > $file.tar.gz
    cd $home/$index/Equilibration_NVT/
    file=`find ./ -mindepth 1 -maxdepth 1 -name "*.lammpstrj" -print`
    tar cvf - ./$file | gzip -9 - > $file.tar.gz
done

当它扫描 的 57 个子目录之一时home，此部分代码通常会打印：

././equilibration_nvt.lammpstrj
././soft_pushoff.lammpstrj

到终端。然而，在 3 个不同的实例中，这段代码打印出来的内容如下：

././equilibration_nvt.lammpstrj
././soft_pushoff.lammpstrj
./
./time.txt
./soft_pushoff.restart.10000
./equilibration_nvt.lmp
./.tar.gz
tar: ./.tar.gz: file changed as we read it
./equilibration_nvt_pitzer.sh
./eps.txt
././soft_pushoff.lammpstrj
././equilibration_nvt.lammpstrj

我使用的命令不tar应该对“标记”的文件进行操作tar，所以我很困惑为什么它们会与警告消息一起列出tar: ./.tar.gz: file changed as we read it？此外，这些文件实际上并没有像tar对文件进行操作那样发生变化.lammpstrj。如何解释此警告消息？最重要的是，我能否相信.lammpstrj.tar.gz我的命令写入的文件都tar没有损坏，尤其是与此警告消息相关的文件？

如果这相关的话，我的脚本正在远程服务器上运行。.lammpstrj我尝试压缩的文件大小高达 15.2 Gb。我的脚本在此远程服务器上运行大约需要 2.5 天。

tar
Martin Hope
Felipe Evaristo
Asked: 2024-05-25 02:52:03 +0800 CST
  • 5

我有一个文件多次包含相同的模式。我试图sed仅在该模式第二次出现时执行一系列操作。该文件如下所示：

pattern
line 1
line 2
line 3
...
pattern
line 4
line 5
line 6
...
pattern
line 7
line 8
line 9

我想要的输出是line 4.我目前有：

sed -n '/pattern/{n;p;q;}' file

印刷line 1。我如何修改我的命令来获取line 4？我正在使用 macOS 版本的sed.

sed
Martin Hope
Felipe Evaristo
Asked: 2023-12-03 08:27:50 +0800 CST
  • 8

我有一个如下所示的文件：

# Time-averaged data for fix avetimeall
# TimeStep Number-of-rows
# Row c_gyrationchunkall
1000 3
1 2.09024e-14
2 4.88628
3 5.69321
2000 3
1 2.10518e-14
2 8.33702
3 8.83162
3000 3
1 1.96656e-14
2 12.1396
3 11.5835
...

在我的文件中，前三行始终是标题。在标题之后，我的文件列出了相同大小的数据块，每个数据块都以标签子标题开头。我想重新组织文件中的数据，以便将每个块中的数据发送到以该块标签的相关部分开始的行中，然后列出该块的相关数据值，所有数据都用空格分隔开。作为示例，我想将上面的示例转换为：

# Time-averaged data for fix avetimeall
# TimeStep c_gyrationchunkall
1000 2.09024e-14 4.88628 5.69321
2000 2.10518e-14 8.33702 8.83162
3000 1.96656e-14 12.1396 11.5835
...

我如何在 Bash 中执行此操作？我有一些 Bash 经验，但恐怕不足以快速处理这个问题......

bash