GNU sed新手来了...
我有几个 FASTA 文件（50K），标题格式为
CYTC2889-12|Homo sapiens
我想用下划线得到
CYTC2889-12|Homo_sapiens
并将结果写入文件。
我在 macOS 上运行
我试过了
sed -i.bak 's/\s/_/g' file.fas
但这给了
>CYTC2889-12|Homo _apien_
这很接近，但不正确
有什么想法吗？
我是新手GNU sed（在 macOS 上运行）并希望缩短一些文件头（~50 K 头，78.3 Mb）。
我正在尝试通过指定带有-i标志的备份扩展名来修改 FASTA 文件。
到目前为止我有
sed -i.bak 's/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas
这应该创建一个名为file.fas.bak.
但是，我收到了错误
sed: 1: "s/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/": \1 not defined in the RE
注意sed -re 's/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas正确打印到屏幕。
在这种情况下如何打印到备份文件有什么想法吗？