我有一个床文件基因组_cov.bed 指定基因组上每个位置的基因组覆盖率。列是;脚手架,位置,覆盖范围。
scaffold_1 1 0
scaffold_1 2 0
scaffold_1 3 32
scaffold_1 4 34
scaffold_1 5 34
scaffold_1 6 39
scaffold_1 7 39
scaffold_1 8 53
scaffold_1 9 58
scaffold_1 10 60
我想制作另一个复制第二列的床文件。
当我使用 cut -f 时,我无法复制列,当我使用 awk 命令时:
awk '{print $1,$2,$2,$3}' genome_cov.bed > genome_cov2.bed
它不会产生一个床文件,最终看起来像这样:
scaffold_1 1 1 0
scaffold_1 2 2 0
scaffold_1 3 3 32
scaffold_1 4 4 34
scaffold_1 5 5 34
scaffold_1 6 6 39
scaffold_1 7 7 39
scaffold_1 8 8 53
scaffold_1 9 9 58
scaffold_1 10 10 60