motor 30's questions

我有一个大文本文件，想要将第 7 列（BETA）中的值除以第 8 列（SE），并在表的末尾创建一个包含结果的新列（第 11 列）。问题是第 7 列中的某些值超过了零并且是负数。

SNP         CHR BP         A1 AX A1_FREQ BETA        SE         P          OBS_CT
rs10875231  1   100000012  T  G  0.405   -0.0456807  0.02260471 0.04335677 4400
rs6678176   1   100000827  C  T  0.383   0.02553138  0.02287662 0.2645817  4400
rs78590530  1   100000948  A  G  0.016   0.171376    0.08757958 0.05035017 4400
rs149636485 1   100001060  A  G  0.004   -0.03363731 0.1819208  0.8529224  4400
rs116216467 1   100001233  C  T  0.043   -0.06690947 0.05683414 0.238941   4400

我正在尝试根据从低到高开始的字符（第 2 列）和位置（第 3 列）对遗传文件进行排序。我的表在大文件中是这样的

SNP CHR BP  A1  A2  effect_allele_frequency BETA    standard_error  P
rs10875231  1   100000012   T   G   0.405   -0.0456807  0.02260471  0.04335677
rs6678176   1   100000827   C   T   0.383   0.02553138  0.02287662  0.2645817
rs78590530  1   100000948   A   G   0.016   0.171376    0.08757958  0.05035017
rs149636485 1   100001060   A   G   0.004   -0.03363731 0.1819208   0.8529224

我想以一种方式订购 CHR（从 1 到 22），该位置也从低到高无视其他列并分别为每个 chr 开始。我试过这个排序命令

sort -t $'\t' -nk3 myfile.tsv | sort -t $'\t' -nk2  > test.txt

它在 chr（第 2 列）而不是位置（第 3 列）中给出顺序。似乎第 1 列会干扰：

SNP CHR BP  A1  A2  effect_allele_frequency BETA    standard_error  P
rs1000033   1   226580387   G   T   0.416   0.02958699  0.02295015  0.1971771
rs1000050   1   162736463   T   C   0.378   0.06136397  0.02293639  0.007468015
rs1000070   1   222359612   C   T   0.381   0.02563547  0.02294139  0.2638107
rs1000073   1   157255396   G   A   0.387   -0.01470793 0.02273634  0.517414
rs1000085   1   66857915    C   G   0.024   -0.03536382 0.07555889  0.6394446
rs1000127   1   63432716    C   T   0.157   0.003052272 0.03045933  0.919875

如何仅按第 2 列然后第 3 列排序？

我有一个巨大的文件，其中包含许多列和行中的数值。第 6 列之后的列中的值都是数字加上缺少NA (0或1或)。2NA

我想以这种方式更改第 7 列及以后所有列中的值： 0to A A、1to A B、2toB B和NAto 0 0。这样，第 7 列的标题将是两次。我可以这样做awk吗？我的输入文件是这样的，但在此之后有很多列。我的输出文件应该是制表符分隔的。

id1 id2 parental    maternal    sex phenotype   A_101   A_102   A_103   
20907153    20907153    0   0   -9  -9  1   0   0   0   0   0   
31405729    31405729    0   0   -9  -9  0   0   0   0   0   0   
31450731    31450731    0   0   -9  -9  0   0   0   2   0   0   
41940308    41940308    0   0   -9  -9  0   0   0   NA  0   0   
52428081    52428081    0   0   -9  -9  0   0   0   0   0   0   
41943104    41943104    0   0   -9  -9  0   0   0   0   0   0