我有一个fasta文件，即test.fasta、pas.fasta、cel.fasta，如下图
test.fasta
>tile
ATGTC
>259
TGAT
pas.fasta
>ta
ATGCT
cel.fasta
>787
TGTAG
>yog
TGTAT
>In
NNTAG
我需要打印文件名和fasta序列的总数，如下所示，
test,2
pas,1
cel,3
我使用了以下命令，但未能达到我的目的
grep ">" test.fasta | wc -l && ls test.fasta
请帮我做同样的事情。
提前致谢。
我需要从多个目录中复制一个特定的命名文件，并且需要在文件前缀中按顺序添加数字。例如，我有以下目录，gene1, gene2, gene3 ..... gene100每个目录都有一个文件，即protein.fasta. 我需要protein.fasta从每个目录中复制所有文件并粘贴到另一个目录中，即输出。我尝试了以下脚本，但该脚本不符合我的目的，它只复制和粘贴一个文件，其余文件没有被复制和重命名，最终出现错误。请帮助我做同样的事情。
a=1
for i in **/protein.fasta
do
cp "$i" "$a"_"$i" output/
a=`expr $a + 1`
done
下面给出了详细的示例和预期的输出，目录
gene1, gene2, gene3....gene100
要从每个文件中提取的文件是protein.fasta
output目录中的预期输出
1_protein.fasta
2_protein.fasta
3_protein.fasta
.
.
100_protein.fasta
先感谢您。
我需要按照给定关键字文件中指定的顺序从 excel 文件 (.xls) 中提取包含行的关键字。例如，我有一个 excel 文件，即基因组.xls，如下所示，
NC_0208.1 18918 94692 amyl4_A0A0H 1 54 194
NC_0208.1 18839 86123 prot4_A0A0 1 79 137
NC_0208.4 29761 74985 lip10_H8FLU5 2 393 48
NC_0208.2 29687 67745 lysin6_A0A0Q5 5 38 49
我有一个关键字文件，即 id.txt，如下所示，
prot
lip
cellulase
lysin
amyl
预期的输出是
NC_0208.1 18839 86123 prot4_A0A0 1 79 137
NC_0208.4 29761 74985 lip10_H8FLU5 2 393 48
NC_0208.2 29687 67745 lysin6_A0A0Q5 5 38 49
NC_0208.1 18918 94692 amyl4_A0A0H 1 54 194
除此之外，如果基因组文件中没有关键字，则应在输出文件中将整行保留为空。为了做到这一点，我使用了 grep 命令如下，
grep 'prot\|lip\|cellulase\|lysin\|amyl' genome.xls > result.xls
上面提到的命令是提取包含整行的关键字，但是顺序已经改变。此外，它不会为丢失的关键词留下空行。因此，请帮助我做同样的事情。提前致谢。
我有如下所示的 file1 和 file2，
文件 1
(org8:0.00000001,org9:0.00000068,((org28:0.00137458,(org30:0.00146077,org4:0.00127170):0.00066024):0.00262422,(org14:0.00384582,(((org29:0.00000521,org7:0.00000413):0.00404562,((org11:0.00004385,org27:0.00003977):0.00296931,(org17:0.00323249,(org23:0.00302643,(reference:0.00024091,(org10:0.00007366,org22:0.00008615):0.00008038):0.00192129):0.00071853):0.00090006):0.00095495):0.00061577,(((org12:0.00505023,(org21:0.00538687,(org19:0.00236994,(org26:0.00178219,(org15:0.00000069,org20:0.00000207):0.00153483):0.00106831):0.00077035):0.00125496):0.00125293,(org18:0.00483293,(org25:0.00029401,org6:0.00028799):0.00425966):0.00069740):0.00031934,(org24:0.00458946,((org3:0.00008816,(org1:0.00000001,org2:0.00000001):0.00006484):0.00392960,(org5:0.00372961,(org13:0.00000103,org16:0.00000068):0.00160455):0.00269241):0.00063488):0.00035619):0.00040885):0.00115518):0.02417304):0.00340600);
文件2
org1=xap119
org2=xap121
org3=xap859
org4=Xca
org5=Xcm
org6=Xcb
org7=Xcg
org8=Xcf
org9=Xpp
org10=Xcc
org11=Xcac
org12=Pc
org13=Xcat
org14=Xam
org15=Xamar
org16=Xcal
org17=Xac
org18=Xcavi
org19=Xcave
org20=Xcavce
org21=Xak
org22=Xcad
org23=Xacaj
org24=Xab
org25=Xcaa
org26=Xcava
org27=Xcmang
org28=Xcana
org29=XDAR33341
org30=Xae
我需要根据 file2 中定义的匹配词替换 file1 中的词。
预期结果如下所示，
(Xcf:0.00000001,Xpp:0.00000068,((Xcc:0.00137458,(Xae:0.00146077,Xca:0.00127170):0.00066024):0.00262422,(Xam:0.00384582,(((XDAR33341:0.00000521,Xcg:0.00000413):0.00404562,((Xcac:0.00004385,Xcmang:0.00003977):0.00296931,(Xac:0.00323249,(Xacaj:0.00302643,(reference:0.00024091,(Xcc:0.00007366,Xcad:0.00008615):0.00008038):0.00192129):0.00071853):0.00090006):0.00095495):0.00061577,(((Pc:0.00505023,(Xak:0.00538687,(Xcave:0.00236994,(Xcava:0.00178219,(Xamar:0.00000069,Xcavce:0.00000207):0.00153483):0.00106831):0.00077035):0.00125496):0.00125293,(Xcavi:0.00483293,(Xcaa:0.00029401,Xcb:0.00028799):0.00425966):0.00069740):0.00031934,(Xab:0.00458946,((xap859:0.00008816,(xap119:0.00000001,xap121:0.00000001):0.00006484):0.00392960,(Xcm:0.00372961,(Xcat:0.00000103,Xcal:0.00000068):0.00160455):0.00269241):0.00063488):0.00035619):0.00040885):0.00115518):0.02417304):0.00340600);
我试过了gedit replace，但在这里不适用。请帮我做同样的事情。
先感谢您。