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Molly_K's questions

Martin Hope
Molly_K
Asked: 2022-02-05 06:48:16 +0800 CST
  • 1

尝试使用 here-document 的两个变量来生成 bash 脚本列表。我遇到了无法将两个变量正确放入脚本的问题，并且输出文件（只有一个文件）的文件名为cut_cat.sh，基本上代码被解释为 cat 作为文本，而不是函数。我该如何改进呢？

这是在 bash shell 环境中。操作系统是红帽 Linux。

输入文件R2_adaptor包含Sample_ID:CGATATTCG（前半部分是样本 ID，后半部分是要移除的序列）。它们由 分隔:。

    for n in cat ${FA_PATH}/R2_adaptor;
  do first=$(echo $n | cut -d ":" -f 1) 
  second=$(echo $n | cut -d ":" -f 2) 
  cat <<- EOF > ${SCRIPTS}/cut_${first}.sh
    #!/bin/bash
    
    FA_PATH="/home/xxx/test_files"
    
    cutadapt -a TTCCTCCT -A echo ${second} --cores=14 \
    -o ${FA_PATH}/${first}_R1_trim.fastq.gz \
    -p ${FA_PATH}/${first}_R2_trim.fastq.gz \
    ${FA_PATH}/${first}_R1_001.fastq.gz ${FA_PATH}/${first}_R2_001.fastq.gz 
    
    
    EOF
    done

这是 ${FA_PATH}/R2_adaptor文件的示例

Sample2:AGAAGTTT
Sample3:TTGGATAT
Sample4:GTAGTATT
Sample5:ATATATAT
Sample6:AACTTGGC
Sample7:GATGGTGA
Sample8:GTCCCTAT
variable for
Martin Hope
Molly_K
Asked: 2019-05-01 08:44:34 +0800 CST
  • 0

奇怪的 ”？” 被添加到文件名输出中。

SCRIPTS="/path_to_script/"
SUMMER=`cat /path_to_file/summer.txt`

for i in ${SUMMER};
  do cat <<- EOF > $SCRIPTS/20190430_$(echo ${i})_step4.r
#content omit
EOF
   done

预期输出将是

20190430_spring1_step4.r
20190430_spring2_step4.r
20190430_summer1_step4.r
20190430_summer2_step4.r

但是除了最后一行之外，我在每个变量之后都得到了问号${SUMMER}。

20190430_spring1?_step4.r
20190430_spring2?_step4.r
20190430_summer1?_step4.r
20190430_summer2_step4.r

问题是什么？ ${SUMMER}是一个只有一列的txt文件

echo cat
Martin Hope
Molly_K
Asked: 2019-03-27 13:19:47 +0800 CST
  • 0

我正在使用 EOF 生成运行 Rscripts 的 bash 脚本。basename在我用来指定输出文件名的 Rscript中。

当我EOF用来生成 bash 脚本列表时，我无法开始basename工作。错误消息如下所示。我仍然能够生成 bash 脚本，但是${AF}在它出现的两个地方都变成了空白。很奇怪！

我已经测试了 bash 脚本并且它正在工作，所以我知道问题出在EOF和之间basename。

我该如何basename使用EOF？或者有什么替代方法吗？谢谢你。

for letter in {A..Z}
      do cat <<- EOF > batch_${letter}.sh
    #!/bin/bash
    module load R/3.5.1
    R_func="/home/dir/R_func"
    TREAT="/home/dir/POP"
    BASE="/home/dir/base"
    OUTPUT="/home/dir/tmp"

    for AF in ${BASE}/${letter}*.txt_step3; do
    Rscript ${R_func}P_tools.R \
    --ptool ${R_func}/P_tools_linux \
    --group ${AF} \
    --treat ${TREAT}/pop_exclude24dup \
    --out ${OUTPUT}/OUT_$(basename ${AF%%_txt_step3})_noregress \
    --binary-target F; done

    EOF
       done

这是错误信息

基本名称：缺少操作数 尝试使用“基本名称 --help”获取更多信息。

bash scripting
Martin Hope
Molly_K
Asked: 2019-03-23 17:49:17 +0800 CST
  • 2

尝试将匹配文件名模式“_base.txt”的文件内容大写；然后将结果输出到另一个文件夹，其中原始文件名加上最后的“_cap.txt”。

我计划通过 3,000 个文件来做到这一点。所以我目前正在对几个文件进行测试。

首先，我能够将内容大写。但是所有输出结果都没有被重定向。

BASE="/home/dir/input/"
find "$BASE" -type f -iname "*.txt" -exec awk '{print toupper($0)}' {} +

然后我添加了以下内容，这使我可以输出到以“_cap.txt”结尾的新文件名

BASE="/home/dir/input/"
find "$BASE" -type f -iname "*_pv_bind_basefile.txt" -exec awk '{print toupper($0) >> (FILENAME "_cap.txt")}' {} +

当我尝试输出到特定文件夹时出现问题

BASE="/home/dir/input/"
OUT_FOLDER="/home/dir/output/"
find "$BASE" -type f -iname "*_pv_bind_basefile.txt" -exec awk '{print toupper($0) >> ($OUT_FOLDER FILENAME "_cap.txt")}' {} +

我收到以下错误消息

awk：非法字段$()，名称“OUT_FOLDER”输入记录号1，文件/home/dir/input/TAB1.a1.001.txt源行号1

我尝试了几次迭代来输出文件并在几个小时后悲惨地失败了......这一定是我忽略或不知道如何做的一些简单的事情。任何建议将不胜感激。谢谢你。

bash awk
Martin Hope
Molly_K
Asked: 2018-12-05 07:32:35 +0800 CST
  • 1

我想编写一个循环来生成 22 个 R 脚本，其中的内容在 echo 中生成。这个循环到底是哪里出了问题，怎么也拿不到对应内容的22个文件呢？

我测试了echo "i want that file" > file.r

它工作正常。然后我测试了，它被视为两个独立的过程。首先它回显文本，然后生成 22 个空文件。

for i in `seq 1 22`; do
    echo "a <- read.delim('file${i}.txt', header=T, check.names=FALSE);
        library('splitstackshape');
        loc1 <- cSplit(a, 'V1', ':');
        rm(a);
        out <- cbind.data.frame(loc1$V1_1, loc1$V1_2);
        write.table(out, 'out_file${i}.txt', sep='\t', row.names=F, quote=F)"; 
> build_file${i}.r; done

然后我试了这个..还是不行..

    for i in `seq 1 22`; do
    echo "a <- read.delim("file${i}.txt", header=T, check.names=FALSE);
    library("splitstackshape");
    loc1 <- cSplit(a, "V1", ":");
    rm(a);
    out <- cbind.data.frame(loc1$V1_1, loc1$V1_2);
    write.table(out, "out_file${i}.txt", sep="\t", row.names=F, quote=F)";
    cat > loc_chr${i}.r; done
echo cat