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Priya's questions

Martin Hope
Priya
Asked: 2019-06-28 03:25:51 +0800 CST
  • 0

我想获得来自同一基因家族的转录本相关系数的中值。

输入文件：

Trancript_id    Correaltion coefficient R   Gene_name   Transcript_name
ENST00000588750 0.29000968  APOC1   APOC1-202
ENST00000592535 0.066122367 APOC1   APOC1-208
ENST00000592885 0.021134868 APOC1   APOC1-209
ENST00000589078 -0.026632376    APOC1   APOC1-204
ENST00000507983 0.027572878 APOC1P1 APOC1P1-201
ENST00000575148 0.022259741 APOC1P1 APOC1P1-204
ENST00000574565 0.162023776 APOC1P1 APOC1P1-203
ENST00000590360 -0.040690609    APOC2   APOC2-203
ENST00000585786 0.120824189 APOC2   APOC2-202
ENST00000343267 -0.022932868    APOD    APOD-201
ENST00000458447 -0.013565352    APOD    APOD-204
ENST00000463719 0.114022335 APOD    APOD-205
ENST00000252486 0.006889061 APOE    APOE-201
ENST00000446996 0.005700132 APOE    APOE-204
ENST00000434152 0.220318481 APOE    APOE-203

输出文件：

Trancript_id    Gene_name   r   median r
ENST00000588750 APOC1   0.29000968  0.043628618
ENST00000592535 APOC1   0.066122367 
ENST00000592885 APOC1   0.021134868 
ENST00000589078 APOC1   -0.026632376    
ENST00000507983 APOC1P1 0.027572878 0.027572878
ENST00000575148 APOC1P1 0.022259741 
ENST00000574565 APOC1P1 0.162023776 
ENST00000590360 APOC2   -0.040690609    0.04006679
ENST00000585786 APOC2   0.120824189 
ENST00000343267 APOD    -0.022932868    -0.013565352
ENST00000458447 APOD    -0.013565352    
ENST00000463719 APOD    0.114022335 
ENST00000252486 APOE    0.006889061 0.006889061
ENST00000446996 APOE    0.005700132 
ENST00000434152 APOE    0.220318481
shell-script
Martin Hope
Priya
Asked: 2019-05-14 08:26:24 +0800 CST
  • 2

示例：文件名：ENSG00000000003

ENSG00000000003 43120.829491094
ENSG00000000005 39604.4956791524
ENSG00000000419 7645.05624570546
ENSG00000000457 2157.49855156382
ENSG00000000460 3317.98417717746
ENSG00000000938 6327.40515535397

预期产出；理想情况下，文件名前面有一个制表符：

    ENSG00000000003
ENSG00000000003 43120.829491094
ENSG00000000005 39604.4956791524
ENSG00000000419 7645.05624570546
ENSG00000000457 2157.49855156382
ENSG00000000460 3317.98417717746
ENSG00000000938 6327.40515535397

我想为我的 45000 个文件循环执行此操作

shell-script text-processing
Martin Hope
Priya
Asked: 2019-05-11 16:06:00 +0800 CST
  • 1

我想根据第二列按降序对输入文件进行排序。我为此使用了以下命令：

sort -k2,2nr input.txt > output.txt

但是，在运行命令后，我得到了这个输出：

ENSG00000273451 2.46335345019054e-05
ENSG00000181374 1.05269640687115e-05
ENSG00000182150 1.01285751909085e-05
ENSG00000283697 1
ENSG00000283463 0.932309672567822
ENSG00000157916 0.845034568173369
ENSG00000268983 0.835243646448564
ENSG00000227251 0.834326032498057
ENSG00000140157 0.833074569385573
ENSG00000134882 0.832993129338477

预期的输出应该是

ENSG00000283697 1
ENSG00000283463 0.932309673
ENSG00000157916 0.845034568
ENSG00000268983 0.835243646
ENSG00000227251 0.834326032
ENSG00000140157 0.833074569
ENSG00000134882 0.832993129
ENSG00000273451 2.46E-05
ENSG00000181374 1.05E-05
ENSG00000182150 1.01E-05
sort numeric-data
Martin Hope
Priya
Asked: 2018-11-30 15:19:23 +0800 CST
  • 2

我有一个包含 22000 个基因的相关矩阵，为了进行某些分析，我需要将矩阵的每一行拆分到一个新文件中。这意味着我需要创建 22000 个单独的文件。

我不想使用拆分命令（因为我想将输出文件作为 gene_name.txt）例如输入文件

                IGHD2-15    IGHD3-22    IGHD3-16    IGHD3-10    
       IGHD2-15 1   0.696084    0.799736    0.818788    
       IGHD3-22 0.696084    1   0.691419    0.67505 
       IGHD3-16 0.799736    0.691419    1   0.810656    
       IGHD3-10 0.818788    0.67505 0.810656    1
awk text-processing