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sunnykevin's questions

Martin Hope
sunnykevin
Asked: 2022-07-07 03:02:23 +0800 CST
  • 1

我是bash脚本的初学者，有人可以帮我吗？

  • 在目录 ( pamlfiles/) 中，我有文件列表 ( *.fa) 
    OG0018053.fa
OG0018054.fa
OG0018055.fa
  • 文件如下所示： 
    head -n 2 ../pamlfiles/*
==> ../pamlfiles/OG0018053.fa <==
>C.rhe
ATGAGG------------GTCCTCCTGCTTCTCGGATTGGTGGCTTTTGGCCTGGCTGAC

==> ../pamlfiles/OG0018054.fa <==
>L.fab
atg---------------------acggacgagatatctctggcgtgtggcatgtcagga

==> ../pamlfiles/OG0018055.fa <==
>A.ven
ATGAACACTGCCACTCCCACCGAGTTTGACTTCTCTTTCTTGGAAGAGGGCTTCTCCGCC
  • 我使用以下脚本 ( forloop.sh) 处理它们： 
    #!/bin/bash
for file in ../pamlfiles/*.fa
do
    filename=$(basename -- "$file")
    gene_name="${filename%%.*}"
    cp codeml_0_opt1_templ.ctl codeml_0.ctl
    sed -i -e "s/GENE/$gene_name/g" codeml_0.ctl
    codeml codeml_0.ctl
done

但是，当我执行时forloop.sh，我得到了错误

Sequence file ../pamlfiles/OG0018055 not found!

codem1_0_opt1_templ.ctl看起来像这样：

head codeml_0_opt1_templ.ctl 
seqfile = ../pamlfiles/GENE
outfile = results/GENE_M0.txt
treefile = OG0018055.fa.m.fa.mt.py.nex.treefile
 
noisy = 9
verbose = 0 

runmode = 0
seqtype = 1  
CodonFreq = 2

我哪里错了？

bash shell-script
Martin Hope
sunnykevin
Asked: 2022-07-01 20:40:47 +0800 CST
  • 3

我在一个目录中有 4000 个具有唯一文件名的文本文件。

是否有任何Linux 命令可以仅连接 1-100 个文件。

cat 1.txt ... 100.txt > 1.100.txt
cat 101.txt ... 200.txt > 2.200.txt
.......
.......
cat 3901.txt ... 4000.txt > 40.4000.txt

请提出建议。

linux cat