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R-MASHup's questions

Martin Hope
R-MASHup
Asked: 2019-12-01 05:33:41 +0800 CST
  • -1

我可能在这里做一些愚蠢的事情（awk 的新手）......

我有一个包含多个列的 BigFile，我想通过名称列表（NamesList）过滤行。这些名称包含在文件的第 4 列中。

尝试使用 while 循环

while read -r line; do 
cat BigFile.txt | awk '{if ($4=="$line") print $0;}' >> Output.txt
done < NamesList.txt

将过滤后的行打印到 Output.txt。这给了我一个空白文件:(

我究竟做错了什么？有没有更好的方法来解决这个问题？

linux bash
Martin Hope
R-MASHup
Asked: 2019-07-11 22:42:34 +0800 CST
  • 0

我有一个文件（bigfile.txt），其中一列看起来像这样

NW_017095471.1  Gnomon  mRNA    108321  109565  .   +   .   ID=rna34;Parent=gene27;Dbxref=GeneID:108565285,Genbank:XM_017925071.1;Name=XM_017925071.1;gbkey=mRNA;gene=LOC108565285;model_evidence=Supporting evidence includes similarity to: 7 Proteins%2C and 100%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 30 samples with support for all annotated introns;product=transmembrane protein 126A;transcript_id=XM_017925071.1
ID=gene27;Dbxref=GeneID:108565285;Name=LOC108565285;gbkey=Gene;gene=LOC108565285;gene_biotype=protein_coding
ID=gene28;Dbxref=GeneID:108569527;Name=LOC108569527;gbkey=Gene;gene=LOC108569527;gene_biotype=protein_coding
ID=gene78;Dbxref=GeneID:108562956;Name=LOC108562956;gbkey=Gene;gene=LOC108562956;gene_biotype=protein_coding

我有一个单独的列表：

gene27
gene28

我想获取每一行并 grep ID 字段，然后返回“Name =”后面的“LOC#”。

gene=$line
`grep $gene";" bigfile.txt | sed -e 's/Name=

返回

LOC108565285
LOC108569527

我该如何去提取这部分？

awk sed