Josh's questions

我正在尝试使用 for 循环修改 json 文件以遍历示例名称列表并使用 sed 修复这些示例名称。现在输入文件的一个子集是；

      "WA82671",
        "WA8267-technical-replicate-1":"AGCGTTGAT+CACATGTCC",
        "WA8267-technical-replicate-2":"TCATGGTCAAT+TGCAGTGAGC"
    "WA82671":{ "/scratch/jjz86252/ipyrad/3RAD_processed/WA8267_R1_1.fq.gz",
                "/scratch/jjz86252/ipyrad/3RAD_processed/WA8267_R2_1.fq.gz"
        "name":"WA82671",

我希望它是；

      "WA8267",
        "WA8267-technical-replicate-1":"AGCGTTGAT+CACATGTCC",
        "WA8267-technical-replicate-2":"TCATGGTCAAT+TGCAGTGAGC"
    "WA8267":{"/scratch/jjz86252/ipyrad/3RAD_processed/WA8267_R1_1.fq.gz", 
              "/scratch/jjz86252/ipyrad/3RAD_processed/WA8267_R2_1.fq.gz"
        "name":"WA8267",

我尝试了以下命令；对于 $(cat 样本名) 中的 i；做 sed -er 's/$i\1/$i/g' 名字；done 但是，此命令无法进行任何更改。它只是为 i 的每个值打印整个文件。

我正在尝试使用比较两个文件，awk并且我想将两个文件中的数据打印为输出。我比较的文件如下。

文件1：

gene             feature id            fc         
a                gene                 MSTRG.1.1           
b                gene                 MSTRG.1.2   
c                gene                 MSTRG.2.1 
d                gene                 MSTRG.3.1   

文件2：

MSTRG.1.1       ALLMI        
MSTRG.3.1       COTJA   
MSTRG.4.1       SORCY 

我一直在使用以下命令：

$ awk -F '\t' 'BEGIN{OFS=FS} NR==FNR {a[$1]=$1; next} $3 in a {print $1}' File2 File1

我希望输出为：

a ALLMI
c COTJA
d SORCY,

但是，目前我只得到以下输出：

a    
c    
d

这两个文件都是制表符分隔的，所以我不确定为什么我的命令不起作用？

我需要根据特定字符串开始一个新行，并将这些字符串之间的行添加到同一行。

输入：

Gator_locus100 

AGTCGTGTAGATGATAGTCGATGATGGATGANNNNGTACGT
GCTCAGTCGTGCTCGTCGATCGATCGTCAGCTCGATCGATCGATCGATCGACTCGATCG
GCTCGATCGATCGATC

Gator_locus101

ATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGAT
GCAGTCGATCGATACGATCGATACGACTACGA
TCGATCGATCGCATCGATCGATCGACTC

Gator_locus102
NNNNNNNNNGCTCAGTCGATCGATCGCATCGATCGACTACGTACGATCGATCAGCATCAG
GCTCAGTCGTGCTCGTCGATCGATCGTCAGCTCGATCGATCGATCGATCGACTCGATCG
GACTCAGATCGATGACTACGATCAGATCGATAACGATCAGTACGACTACGATCAGCATCAGAT
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTACGACATCGATCAGACTCAGACGT

输出：

Gator_locus100  AGTCGTGTAGATGATAGTCGATGATGGATGANNNNGTACGTGCTCAGTC....

Gator_locus101 ATCGATCGATCGATCGATCGCGATGCAGTCGATCGATACGATCGATACG....

Gator_locus102 NNNNNNNNNGCTCAGTCGATCGATCGCATCGATCGACTACGTACGATC .....

这个怎么做？

我有一个包含 4 列和 7,000 行的大文件。我需要删除第二列的开头与第四列的开头相同的行。

输入：

Gator_locus75   AATTCCATGTACG   Gator_locus23   CTAGAGGAAGT
Gator_locus18   AATTCCATTATGG   Gator_locus14   AATTCAAAAAAT
Gator_locus13   CTAGAACCCACC    Gator_locus72   CTAGAATGTATG
Gator_locus16   AATTCATCCTCT    Gator_locus15   CTAGATTGCCAA
Gator_locus24   CTAGAGCTGCTG    Gator_locus12   AATTCAGTCCAC

输出：

Gator_locus75   AATTCCATGTACG   Gator_locus23   CTAGAGGAAGT
Gator_locus16   AATTCATCCTCT    Gator_locus15   CTAGATTGCCAA
Gator_locus24   CTAGAGCTGCTG    Gator_locus12   AATTCAGTCCAC

我需要删除第二列的字符串以“AATT”开头的行和同一行第四列中的字符串以“AATT”开头的行。当第二列中的字符串以“CTAG”开头并且第四列中的字符串以“CTAG”开头时，我还需要做同样的事情。