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Alex's questions

Martin Hope
Alex
Asked: 2018-12-14 13:40:12 +0800 CST
  • 4

我想只删除“>”符号后的数字和“_”，例如：

>1_CR-B_CR56_t
MTKIIKFVYFMTIFISPNHHCPVYNCTHPKQPWCKLVRLQLLFHGSLIGLCDCI
>2_R-B_R46_t
MVEVTKLVNVMLIFLTLSPLVYDCQAYECELPFKPDCLMVEYSPQFVALRCGCV
>3000_N-N274_M
MVEVTKLVNVMLIFLTLFVYTDSDCQAYACELPFKPDCLMVEYAPQFFRLACGCV

预期成绩：

>CR-B_CR56_t
MTKIIKFVYFMTIFISPNHHCPVYNCTHPKQPWCKLVRLQLLFHGSLIGLCDCI
>R-B_R46_t
MVEVTKLVNVMLIFLTLSPLVYDCQAYECELPFKPDCLMVEYSPQFVALRCGCV
>N-N274_M
MVEVTKLVNVMLIFLTLFVYTDSDCQAYACELPFKPDCLMVEYAPQFFRLACGCV

我用过sed "s/>[0-9][_]//g"，但它也删除了“>”。

awk sed
Martin Hope
Alex
Asked: 2018-12-13 12:03:01 +0800 CST
  • 1

我有这个数据选项卡分隔：

ed00011   89    0.12   NA            NA                      No
ed0002s   28    0.11  c3(3.1e-1)     NA                      No
ed0001    22    0.37   NA            186_CR_NCR8_Ot(1.5e-6)  No
ed0002a   596   0.89  c301(9.5e-2)   17_CY7_Ot(0.03)         Yes

我想根据“（...）”拆分第 4 列和第 5 列。如果不存在，则只有 NA。例如：

ed00011   89   0.12  NA    NA       NA             NA          No
ed0002s   28   0.11  c3   3.1e-1    NA             NA          No
ed0001    22   0.37  NA    NA      186_CR_NCR8_Ot  1.5e-6      No
ed0002a   596  0.89 c301  9.5e-2   17_CY7_Ot       0.03        Yes

我尝试使用此处建议的命令：splitting a column using awk 但是，当我没有“(...)”时，我的列将被弄乱。有什么建议么？

text-processing columns
Martin Hope
Alex
Asked: 2018-10-19 06:40:49 +0800 CST
  • 0

我有一个带有制表符分隔符的文件：

Chr1    mak   gene    120221  120946  .       +       .       ID=spa-h0003.02;Name=spa-h0003.02
Chr1    mak   mRNA    120221  120946  .       +       .       ID=spa-cap_Chr1_00M;Parent=spa-h0003.02;Name=spa-cap_Chr1_00M
Chr1    mak   exon    120221  120946  .       +       .       Parent=spa-cap_Chr1_00M
Chr1    mak   gene    18546165        18546939        .       +       .       ID=spa-h0004.02;Name=spa-h0004.02
Chr1    mak   mRNA    18546165        18546939        .       +       .       ID=spa-cap_Chr1_18;Parent=spa-h0004.02;Name=spa-cap_Chr1_18
Chr1    mak   exon    18546165        18546504        .       +       .       Parent=spa-cap_Chr1_18
Chr1    mak   exon    18546791        18546939        .       +       .       Parent=spa-cap_Chr1_18

只有当第三列有“基因”时，我才想替换不同的字符串。但是第 9 列的字符串应该根据第二个文件中的信息来替换，比如这个文件（带有标签）：

spa-h0003.02  spa-cap_Chr1_00M
spa-h0004.02  spa-cap_Chr1_18

我不知道该怎么做。我在想类似的东西（XX应该是第二个文件中的信息？）：

cat file | awk '$3 == "gene" && $9 == "spa-" {$9 = "XX"} {print}'

但是我如何使用第二个文件中的信息呢？也许：

while read n k; do sed -i 's/$n/$k/g' file1; done < fileA
awk sed
Martin Hope
Alex
Asked: 2018-02-09 15:03:50 +0800 CST
  • 0

我需要删除“|”之前的所有数字 象征。我对上一个问题尝试了一些建议（删除每行“/”之前的所有内容）但对我不起作用。例如：

113|gm1.1_g
115|gm1.3_g
350400|fgenesh1_kg.28251_#_1_#_remain_c2214

然后我想拥有：

gm1.1_g
gm1.3_g
fgenesh1_kg.28251_#_1_#_remain_c2214

谢谢

sed delete