问题[syntax](unix)

我有一个 CSV 文件（带有时间戳数据），我有一个脚本，可以将一年中的每个月分成一个单独的文件。该脚本将花费该月并将数据平均为单个值。部分代码如下；所有其他月份将与一月份的第一个月份相同。该代码将根据第 9 列（月份编号为 1-12）将长达一年的文件分成月份，并将打印所有 17 个字段。下一个代码行是查看第 13 列并平均文件中的所有数据（忽略所有丢失的数据，指定为 -999）并将列平均值打印到新的 $i.monthlyavg 文件。

awk -F ',' '$9= 1 {print $0}' $i > Jan.tmp
awk 'NR > 1 { for i = 13) if ($i != -999) {sum[i] += $i; num[i]++}
END { for (i = 13) print i, sum[i], num[i], sum[i]/num[i] }' Jan.tmp > $i.monthlyavg

我收到以下错误消息.....

awk: cmd. line:1: NR > 1 { for i = 13) if (01-073-1003-SO2-1998.dat.out != -999) {sum[i] += 01-073-1003-SO2-1998.dat.out; num[i]++}
awk: cmd. line:1:              ^ syntax error
awk: cmd. line:1: NR > 1 { for i = 13) if (01-073-1003-SO2-1998.dat.out != -999) {sum[i] += 01-073-1003-SO2-1998.dat.out; num[i]++}
awk: cmd. line:1:                    ^ syntax error
awk: cmd. line:1: NR > 1 { for i = 13) if (01-073-1003-SO2-1998.dat.out != -999) {sum[i] += 01-073-1003-SO2-1998.dat.out; num[i]++}
awk: cmd. line:1:                                                  ^ syntax error
awk: cmd. line:1: NR > 1 { for i = 13) if (01-073-1003-SO2-1998.dat.out != -999) {sum[i] += 01-073-1003-SO2-1998.dat.out; num[i]++}
awk: cmd. line:1:                                                              ^ syntax error
awk: cmd. line:1: NR > 1 { for i = 13) if (01-073-1003-SO2-1998.dat.out != -999) {sum[i] += 01-073-1003-SO2-1998.dat.out; num[i]++}
awk: cmd. line:1:                                                                                                   ^ syntax error

和

 END { for (i = 13) print i, sum[i], num[i], sum[i]/num[i] }
awk: cmd. line:2:       ^ syntax error
awk: cmd. line:2:       END { for (i = 13) print i, sum[i], num[i], sum[i]/num[i] }
awk: cmd. line:2:                        ^ syntax error
awk: cmd. line:2:       END { for (i = 13) print i, sum[i], num[i], sum[i]/num[i] }
awk: cmd. line:2:                                                                  ^ unexpected newline or end of string

问题是什么？

在开发 React 应用程序时，我需要使用一些环境变量。这样做的方法是使用以下语法：

REACT_APP_NOT_SECRET_CODE=abcdef npm start

见参考

我的第一个问题是：它是如何工作的？我不知道这个linux的东西，幕后发生了什么？

我的第二个问题是：如何提高可扩展性？说我有看起来像这样的文件

MY_VAR_1=123
MY_VAR_2=23332
MY_VAR_3=3232

如何将其注入 npm 进程？我试过了

cat .env | npm start 

但它不起作用

我想在我理解了 linux 语法之后，我可以更好地使用文件而不是内联数据。

谢谢

我在第 7 行得到错误。有任何想法吗？我检查了空格，没有。

#!/bin/bash
if test $# -eq 0
then
    echo "No arguments"
elif test $# -eq 1
    echo "$1"
elif test $# -eq 2
    echo "$1 $2"
else
    echo "More than 2 arguments"
fi

我一直在尝试使用 Unix 程序remind，到目前为止我很享受这种灵活性。我已经设置了这个命令来警告我任何即将到来的提醒：

~$ remind -z -k'notify-send "Reminder"  "%s"' .reminders/reminders.rem

它可以工作，但由于某种原因，它不尊重remind' 提前几天开始警告的功能（尽管它会持续几分钟），例如，像这样的提醒不会为-k标志中列出的命令提供输出：

REM September 28 +5 AT 20:11 +1 Get some foo bar %b

此时，上述示例只会notify-send在 9 月 28 日 20:11 前一分钟触发（并且由于某种原因不会在其他任何日子触发）。我想notify-send提前 5 天触发（在本例中），然后每天触发。我如何实现这一目标？（不同的语法也可以，但其他人也没有达到我想要的）

我有一个脚本，其目的是：

• 对于文件列表，获取每个文件的特定编号（具体来说，这是测序数据）并将这些存储到 array1
• 使用array1，找到最小的数是array1
• 根据 array1 中最小的数字，将它除以 array1 中的所有数字，得到 array2。

我的脚本如下所示：

#!/usr/bin/bash



USAGE() { echo "Usage: bash $0 [-b <in-bam-files-dir>] [-o <out-dir>] [-c <chromlen>]" 1>&2; exit 1; }

if (($# == 0))
then
    USAGE
fi



while getopts ":b:o:c:h" opt
do
    case $opt in
        b ) BAMFILES=$OPTARG
        ;;
        o ) OUTDIR=$OPTARG
        ;;
        c ) CHROMLEN=$OPTARG
        ;;
        h ) USAGE
        ;;
        \? ) echo "Invalid option: -$OPTARG exiting" >&2
        exit
        ;;
        : ) echo "Option -$OPTARG requires an argument" >&2
        exit
        ;;
    esac
done



if [ ! -d ${OUTDIR} ]
then
    mkdir ${OUTDIR}
fi

if [ ! -d ${OUTDIR}/temp ]
then
    mkdir ${OUTDIR}/temp
fi

if [ -d ${BAMFILES} ]
then
    echo -e "\nProcessing BAM files from following directory: ${BAMFILES} \n "
fi



module purge
module load samtools
module load bedtools
module load ucsctools
echo -e "Modules are loaded\n"



FIRSTBAM=$(ls $BAMFILES/*bam | head -1)
MIN=$(samtools view -c -F 260 ${FIRSTBAM} )
echo -e "Minimum number of reads is currently set to $MIN from $FIRSTBAM (first bam in directory)\n"



declare -A BAMREADS
echo "BAMREADS array is initialized"

for i in $(ls $BAMFILES/*bam)
do
    echo "Counting reads in $i "
    BAMREADS[$i]=$(samtools view -c -F 260 $i)
done



for i in ${BAMREADS[@]}
do
    if [[ $i -lt $MIN ]]
    then
        MIN=$i
    fi
done

echo -e "Minimum number of reads that will be used for scaling is $MIN \n"



declare -A BAMFRACS
echo -e "BAMFRACS array is initialized"

for i in ${!BAMREADS[@]}
do
    BAMFRACS[$i]=$(awk -v var1=${MIN} -v var2=${BAMREADS[$i]} 'BEGIN { x= var1 / var2; printf "%.8f", x }')
done



for i in $(ls $BAMFILES/*bam)
do

    SAMPLE=`basename $i`
    SAMPLE=${SAMPLE%.bam}
    echo $SAMPLE

    if [[ ${BAMREADS[$i]} -eq $MIN ]]
    then

        echo "Sample $i does not need scaling"

        command="cp $i ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.scaled.bam;
        genomeCoverageBed -bg -split -ibam ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.scaled.bam > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.bedgraph;
        sed -e 's/^/chr/g;s/MT/M/g' ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.bedgraph > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.modified.bedgraph;
        sort -k1,1 -k2,2n ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.modified.bedgraph > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.sorted.bedgraph;
        bedGraphToBigWig ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.sorted.bedgraph $CHROMLEN ${OUTDIR}/${SAMPLE}.bw"
        #rm ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.*

    else

        command="samtools view -s ${BAMFRACS[$i]} -b $i > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.scaled.bam;
        genomeCoverageBed -bg -split -ibam ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.scaled.bam > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.bedgraph;
        sed -e 's/^/chr/g;s/MT/M/g' ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.bedgraph > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.modified.bedgraph;
        sort -k1,1 -k2,2n ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.modified.bedgraph > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.sorted.bedgraph;
        bedGraphToBigWig ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.sorted.bedgraph $CHROMLEN ${OUTDIR}/${SAMPLE}.bw"
        #rm ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.*

    fi

    echo $command | qsub -V -cwd -o $OUTDIR -e $OUTDIR -l tmem=10G -l h_vmem=10G -l h_rt=3600 -N bigwig_${SAMPLE}

 done

 echo "Task completed: conversion jobs submitted to cluster"

我有两个问题：

• 据我了解，bash 不太擅长算术运算：即进行涉及浮点数的任何类型的运算（加法、除法等）。但是，鉴于 var1 和 var2 在我的脚本中始终是整数（请参阅 $MIN 和所有 array1 值），我们是否同意这不是问题？即我的操作结果是浮点数，但它使用整数，所以这不是问题，对吗？

• 在 StackExchange 中不是很清楚，因为这里没有突出显示语法，但我注意到我脚本的 var2=${BAMREADS[$i]} 部分不太正确。我在我的终端中使用 nano，而不是像其他变量（如 ${MIN}）一样将所有的 ${BAMREADS[$i]} 都设为红色，而只有脚本的 ${BAMREADS[$i] 部分是以红色出现，即结尾]}不是红色。该脚本的行为似乎与我预期的一样，一切似乎都在工作。所以我不太明白为什么它不是全部都是红色的。

这就是我的脚本在 nano 中的样子（请注意 awk 命令中 ${BAMREADS[$i]} 中的 ]} 以及稍后在第二个 $command 中的 ]} 不是红色的，因为它应该是红色的）：

但是，如果您将此代码粘贴到https://www.shellcheck.net/中，就脚本的这一部分的突出显示而言，您不会遇到任何问题。那么 nano 和 shellcheck 怎么没有告诉我同样的事情呢？我已经使用了这个脚本，它似乎对我有用，但我担心这个突出显示的问题..

谢谢

我今天遇到了一个 Bash 脚本，其中包含带有双冒号::的函数名称，例如，file::write()和file::read()。我以前从未在 Bash 脚本中看到过这种语法，当我调用该脚本时，它运行得很好（令我惊讶）。

在我的系统（和在线）上搜索 Bash 的手册页后，我在文档中找不到任何支持此函数名称语法的内容。例如，该部分Shell Defined Functions将 shell 函数的语法定义为

function name [()] compound-command [redirection]

然后（在手册的其他地方）令牌name被定义为

name   A word consisting only of alphanumeric characters and
       underscores, and beginning with an alphabetic character
       or an underscore.  Also referred to as an identifier.

没有提到函数名称的双冒号语法。

到目前为止，我发现的对这种双冒号语法的唯一其他参考是在这个Shell 样式指南（参见小节Naming Conventions > Function Names）中，它建议对“包”中的函数名称使用双冒号语法——例如，mypackage::myfunction().

函数名称的这种双冒号语法是 Bash shell 的合法特性，还是可能是未记录的特性？如果它是合法的，那么它在 Bash 手册中的哪里记录？我看了又看，但在手册中找不到任何关于它的内容。我发现最接近的是::在PATH环境变量中使用将当前工作目录添加到搜索路径。

例子

#!/bin/bash
function abc::def() {
    echo "${FUNCNAME[0]}"
}
abc::def

我在三个不同的 Linux 发行版上测试了这个脚本，并且在所有三个上，脚本都打印abc::def到标准输出。

这个问题想了好久，一直不知道怎么查

这是：

x=`command -v r2g`

与此相同：

x="$(command -v r2g)"

还是和这个一样：

x=$(command -v r2g)

...如果是后者，我应该这样做来解决它吗？

x="`command -v r2g`"

在 O'reilly 的“Learning the Bash Shell”（第三版）中，它写在第 7 页：

lp -d lp1 -h myfile有两个选项和一个参数。

怎么来的？

我认为我认为有两个选项，每个选项都有一个参数：

-d lp1
-h myfile

笔记

lp打印文件（具体来说，通过打印机，而不是在终端上）。

我将 TCP 服务器设置为 localhost 127.0.0.1，但没有看到输出127.0.0.1的主机部分lsof，而是看到了一个星号。

运行后lsof -i...

my_process 66666 root 5u IPv4 0xffff...c0 0t0 TCP *:5001 (LISTEN)

这个星号是什么意思？我的套接字是否绑定到本地主机，它没有地址或其他东西吗？

grep我在阅读手册时遇到了一个问题-e，
它说：

-e pattern, --regexp=pattern
         Specify a pattern used during the search of the input: an input
         line is selected if it matches any of the specified patterns.
         This option is most useful when multiple -e options are used to
         specify multiple patterns, or when a pattern begins with a dash
         (`-').

我很困惑，e简称是什么？谷歌搜索不到答案。
此外，很容易理解

“当使用多个 -e 选项指定多个模式时，此选项最有用”

但是，这是什么意思？

“或者当模式以破折号 (`-') 开头时。”

你能举个例子吗？