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Asked: 2023-05-11 08:15:08 +0800 CST

按两个数字列排序

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我正在尝试根据从低到高开始的字符（第 2 列）和位置（第 3 列）对遗传文件进行排序。我的表在大文件中是这样的

SNP CHR BP  A1  A2  effect_allele_frequency BETA    standard_error  P
rs10875231  1   100000012   T   G   0.405   -0.0456807  0.02260471  0.04335677
rs6678176   1   100000827   C   T   0.383   0.02553138  0.02287662  0.2645817
rs78590530  1   100000948   A   G   0.016   0.171376    0.08757958  0.05035017
rs149636485 1   100001060   A   G   0.004   -0.03363731 0.1819208   0.8529224

我想以一种方式订购 CHR（从 1 到 22），该位置也从低到高无视其他列并分别为每个 chr 开始。我试过这个排序命令

sort -t $'\t' -nk3 myfile.tsv | sort -t $'\t' -nk2  > test.txt

它在 chr（第 2 列）而不是位置（第 3 列）中给出顺序。似乎第 1 列会干扰：

SNP CHR BP  A1  A2  effect_allele_frequency BETA    standard_error  P
rs1000033   1   226580387   G   T   0.416   0.02958699  0.02295015  0.1971771
rs1000050   1   162736463   T   C   0.378   0.06136397  0.02293639  0.007468015
rs1000070   1   222359612   C   T   0.381   0.02563547  0.02294139  0.2638107
rs1000073   1   157255396   G   A   0.387   -0.01470793 0.02273634  0.517414
rs1000085   1   66857915    C   G   0.024   -0.03536382 0.07555889  0.6394446
rs1000127   1   63432716    C   T   0.157   0.003052272 0.03045933  0.919875

如何仅按第 2 列然后第 3 列排序？

sort

1 个回答

  1. Best Answer

    您需要在一次sort调用中按排序顺序指定所有键，并且需要提供结束字段：

    sort -n -k2,2 -k3,3

    sort -n -k3表示通过比较以字段 3 开头的数字字符形成的数字（跳过空格后）进行排序。sort -n -k2按第二个和后续字段的内容（直到非数字字符）管道到单独的排序。但这并不能解释你的输出......

    详见规范中的说明和-n说明。-ksort

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