我有以下格式的文件:文件名为 file.txt
chr - seq1 NZ_JAHWGH010000010.1 0 60562 green_a4
chr - seq3 NZ_JAHWGH010000012.1 0 466573 green_a4
chr - seq5 NZ_JAHWGH010000013.1 0 125526 green_a4
chr - seq6 NZ_JAHWGH010000014.1 0 717625 green_a4
chr - seq7 NZ_JAHWGH010000015.1 0 209757 green_a4
chr - seq8 NZ_JAHWGH010000016.1 0 55318 green_a4
chr - seq9 NZ_JAHWGH010000017.1 0 467034 green_a4
chr - seq50 NZ_CAJGBF010000017.1 0 83173 green_a4
chr - seq51 NZ_CAJGBF010000018.1 0 76510 green_a4
chr - seq52 NZ_CAJGBF010000019.1 0 67820 green_a4
chr - seq54 NZ_CAJGBF010000021.1 0 61770 green_a4
chr - seq55 NZ_CAJGBF010000022.1 0 56876 green_a4
chr - seq56 NZ_CAJGBF010000023.1 0 50411 green_a4
chr - seq57 NZ_CAJGBF010000024.1 0 49535 green_a4
如果第四列中的名称以 NZ_JAHWGH 开头,我想将第三行的名称更改为 seq1,如果名称以 NZ_CAJGBF 开头,则更改为 seq2。我想从同一个文件中得到这样的输出:
chr - seq1 NZ_JAHWGH010000010.1 0 60562 green_a4
chr - seq1 NZ_JAHWGH010000012.1 0 466573 green_a4
chr - seq1 NZ_JAHWGH010000013.1 0 125526 green_a4
chr - seq1 NZ_JAHWGH010000014.1 0 717625 green_a4
chr - seq1 NZ_JAHWGH010000015.1 0 209757 green_a4
chr - seq1 NZ_JAHWGH010000016.1 0 55318 green_a4
chr - seq1 NZ_JAHWGH010000017.1 0 467034 green_a4
chr - seq2 NZ_CAJGBF010000017.1 0 83173 green_a4
chr - seq2 NZ_CAJGBF010000018.1 0 76510 green_a4
chr - seq2 NZ_CAJGBF010000019.1 0 67820 green_a4
chr - seq2 NZ_CAJGBF010000021.1 0 61770 green_a4
chr - seq2 NZ_CAJGBF010000022.1 0 56876 green_a4
chr - seq2 NZ_CAJGBF010000023.1 0 50411 green_a4
chr - seq2 NZ_CAJGBF010000024.1 0 49535 green_a4
我尝试了这两个命令,但它们没有用:
awk 'BEGIN{FS=OFS=" "}($4 == /^NZ_JAHWGH/){$3==seq1}1' file.txt
awk 'BEGIN{FS=OFS=" "} {if ($4 ~ /^NZ_JAHWGH/) $3=seq1}1' file.txt
您首先
awk
尝试:失败是因为
$3==seq1
测试是否$3
正好等于变量seq1
的值。你想要的不是=
这样==
你设置值,而不是测试它,并"seq1"
指示这是一个字符串而不是一个变量。接下来,要检查正则表达式,您需要
~ /regex/
,而不是== /regex/
。由于同样的原因,您的第二次尝试失败了,您需要"seq1"
有一个字符串,但不能使用==
这种方式。此外,由于 和FS
默认OFS
为空格,因此BEGIN
不需要您的块。将所有这些放在一起,这个命令(与您尝试的想法相同)应该按预期工作:怎么样
sed
?