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compbiostats
Asked: 2022-09-22 05:19:40 +0800 CST

sed 使用 -i 标志就地修改

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我是新手GNU sed（在 macOS 上运行）并希望缩短一些文件头（~50 K 头，78.3 Mb）。

我正在尝试通过指定带有-i标志的备份扩展名来修改 FASTA 文件。

到目前为止我有

sed -i.bak 's/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas

这应该创建一个名为file.fas.bak.

但是，我收到了错误

sed: 1: "s/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/": \1 not defined in the RE

注意sed -re 's/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas正确打印到屏幕。

在这种情况下如何打印到备份文件有什么想法吗？

sed bioinformatics

1 个回答

  1. Best Answer

    您还必须指定该-r选项，以启用扩展正则表达式语法的解释（但请注意，-E它比它更可移植-r并且很快将取代它），因此您应该使用

    sed -E -i.bak 's/^([^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas

    或者，求助于基本的正则表达式：

    sed -i.bak 's/^\([^|]\{1,\}\).[^|]\{1,\}\(.*\)/\1\2/' file.fas

    更新

    在回复@terdon 的问题时，您确认这些文件是 FASTA 文件。在这种情况下，您可以通过仅考虑标题行（以 开头的行>）来提高效率，正如@terdon 所建议的那样：

    sed -E -i.bak 's/^(>[^|]+).[^|]+(.*)/\1\2/' file.fas
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