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Molly_K
Asked: 2022-02-05 06:48:16 +0800 CST

Here-document 有两个变量

  • 772

尝试使用 here-document 的两个变量来生成 bash 脚本列表。我遇到了无法将两个变量正确放入脚本的问题，并且输出文件（只有一个文件）的文件名为cut_cat.sh，基本上代码被解释为 cat 作为文本，而不是函数。我该如何改进呢？

这是在 bash shell 环境中。操作系统是红帽 Linux。

输入文件R2_adaptor包含Sample_ID:CGATATTCG（前半部分是样本 ID，后半部分是要移除的序列）。它们由 分隔:。

    for n in cat ${FA_PATH}/R2_adaptor;
  do first=$(echo $n | cut -d ":" -f 1) 
  second=$(echo $n | cut -d ":" -f 2) 
  cat <<- EOF > ${SCRIPTS}/cut_${first}.sh
    #!/bin/bash
    
    FA_PATH="/home/xxx/test_files"
    
    cutadapt -a TTCCTCCT -A echo ${second} --cores=14 \
    -o ${FA_PATH}/${first}_R1_trim.fastq.gz \
    -p ${FA_PATH}/${first}_R2_trim.fastq.gz \
    ${FA_PATH}/${first}_R1_001.fastq.gz ${FA_PATH}/${first}_R2_001.fastq.gz 
    
    
    EOF
    done

这是 ${FA_PATH}/R2_adaptor文件的示例

Sample2:AGAAGTTT
Sample3:TTGGATAT
Sample4:GTAGTATT
Sample5:ATATATAT
Sample6:AACTTGGC
Sample7:GATGGTGA
Sample8:GTCCCTAT
variable for

1 个回答

  1. Best Answer

    其中很多都是猜测，因为您根本没有告诉我们任何细节，但我认为这${FA_PATH}/R2_adaptor会扩展为文件名，我认为您要做的是迭代文件的内容。这意味着您可能正在寻找的是for n in $(cat ${FA_PATH}/R2_adaptor).

    但是，尽管如果每行只有一个字符串，这在这里会起作用，但最好while习惯于对这样的事情使用循环。

    我再次猜测您的输入文件有两个由 分隔的字符串:，例如：

    ACTTGCTATAGCGAT:CGATATTCGGCGATAT

    如果是这样，您可以这样做：

    #!/bin/bash

FA_PATH="/home/xxx/test_files"
SCRIPTS="/path/to/scripts"

while IFS=: read -r first second rest_if_any_ignored; do
  cat <<- EOF > "${SCRIPTS}"/cut_"${first}".sh
#!/bin/bash

cutadapt -a TTCCTCCT -A '${second}' --cores=14 \
 -o '${FA_PATH}/${first}_R1_trim.fastq.gz' \
 -p '${FA_PATH}/${first}_R2_trim.fastq.gz' \
 '${FA_PATH}/${first}_R1_001.fastq.gz' 
 '${FA_PATH}/${first}_R2_001.fastq.gz' 
EOF
done < "${FA_PATH}"/R2_adaptor

    请注意，我还删除了echofrom，-A echo $second因为echo那里只是一个字符串，并且-A期望删除一个适配器序列。

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