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Gigiux
Asked: 2021-11-16 04:13:41 +0800 CST

Grep 没有用空格检索字符串

  • 772

我在一个文件中有一系列标题，其名称如下：

grep ">scaffold_3" DM_v6.1_unanchoredScaffolds.fasta 
>scaffold_3
>scaffold_303
>scaffold_31
>scaffold_34
>scaffold_36
>scaffold_37
>scaffold_39
>scaffold_33
>scaffold_300

我只想选择第一个，所以我尝试了：

$ grep ">scaffold_3 " file.fasta 
$
$ grep ">scaffold_3[[:blank:]]" file.fasta 
$
$ grep ">scaffold_3\t" file.fasta 
$
$ grep ">scaffold_3\ " file.fasta 
$
$ grep ">scaffold_3 " file.fasta 
$
$ grep ">scaffold_3[[:space:]]" file.fasta 
$
$ grep ">scaffold_3$" file.fasta 
>scaffold_3

鉴于名称后面的字符可能是空格、制表符、换行符（也可能来自 Windows）并且[[:space:]]不起作用，我如何才能获得确切的名称而不是同义词？

谢谢

grep whitespace

2 个回答

  1. 如果我没看错，您只想在文件的第一个条目中获得结果。

    您可以 grep 以获取该字符串的完全匹配

    grep -w ">scaffold_3" file.fasta
    • 1
  2. Best Answer

    如果您知道文本后没有空格，那就grep ">scaffold_3$"对了。

    或者更确切地说使用单引号，因为$在双引号中是特殊的，如果你也想锁定行首，那么添加^或使用grep -x. 所以grep '^>scaffold_3$'或grep -x '>scaffold_3'

    （-x是--line-regexp：强制 PATTERN 只匹配整行）

    如果您可以在行尾有空格并且想要忽略任何空格，那么

    grep -e '>scaffold_3[[:space:]]*$'

    将匹配字符串和行尾之间任意数量的可选空格。（并且无论它从哪里开始，都会接受匹配。）

    请注意，如果文件可以具有 Windows 样式的 CRLF 行结尾，则不>scaffold_3$会这样做，末尾的 CR 将与模式不匹配。

    • 1

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