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Charlie W
Asked: 2020-02-06 18:29:32 +0800 CST

复制床文件的列以生成另一个床文件

  • 772

我有一个床文件基因组_cov.bed 指定基因组上每个位置的基因组覆盖率。列是；脚手架，位置，覆盖范围。

scaffold_1      1       0
scaffold_1      2       0
scaffold_1      3       32
scaffold_1      4       34
scaffold_1      5       34
scaffold_1      6       39
scaffold_1      7       39
scaffold_1      8       53
scaffold_1      9       58
scaffold_1      10      60

我想制作另一个复制第二列的床文件。

当我使用 cut -f 时，我无法复制列，当我使用 awk 命令时：

awk '{print $1,$2,$2,$3}' genome_cov.bed > genome_cov2.bed

它不会产生一个床文件，最终看起来像这样：

scaffold_1 1 1 0
scaffold_1 2 2 0
scaffold_1 3 3 32
scaffold_1 4 4 34
scaffold_1 5 5 34
scaffold_1 6 6 39
scaffold_1 7 7 39
scaffold_1 8 8 53
scaffold_1 9 9 58
scaffold_1 10 10 60
awk cut

1 个回答

  1. Best Answer

    您可以将输出字段分隔符设置为制表符：

    awk '{print $1,$2,$2,$3}' OFS='\t' genome_cov.bed

    或用于printf明确指定格式

    awk '{printf "%s\t%s\t%s\t%s\n",$1,$2,$2,$3}' genome_cov.bed
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