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Kumar
Asked: 2019-12-28 07:21:26 +0800 CST

从多个目录复制文件并在每个文件的前缀中添加数字？

  • 772

我需要从多个目录中复制一个特定的命名文件，并且需要在文件前缀中按顺序添加数字。例如，我有以下目录，gene1, gene2, gene3 ..... gene100每个目录都有一个文件，即protein.fasta. 我需要protein.fasta从每个目录中复制所有文件并粘贴到另一个目录中，即输出。我尝试了以下脚本，但该脚本不符合我的目的，它只复制和粘贴一个文件，其余文件没有被复制和重命名，最终出现错误。请帮助我做同样的事情。

a=1
for i in **/protein.fasta
do
cp "$i" "$a"_"$i" output/
a=`expr $a + 1`
done

下面给出了详细的示例和预期的输出，目录

gene1, gene2, gene3....gene100

要从每个文件中提取的文件是protein.fasta

output目录中的预期输出

1_protein.fasta
2_protein.fasta
3_protein.fasta
.
.
100_protein.fasta

先感谢您。

shell-script file-copy

2 个回答

  1. Best Answer

    您应该能够遍历目录并从当前目录名称中删除gene前缀以用作目标文件名的前缀：

    for d in gene*; do 
  echo cp "$d/protein.fasta" "output/${d#gene}_protein.fasta"
done

    echo一旦您对它正在做正确的事情感到满意，请删除它。

    • 4

  2. 我想也许你想用来basename从文件名中删除目录？

    i=1
for f in **/test.file; do
  cp "${f}" "out/${i}_$(basename $f)"
  (( i += 1 ))
done
    • 1

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