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user3138373
Asked: 2019-12-14 12:34:44 +0800 CST

提取列名并使用它来输出文件名

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#chr    fivep   threep  strand  sample1 sample2 sample3 sample4 name1   name2
chrI    9442    9492    +   0   0   0   0   na  na
chrI    12584   12631   +   0   0   0   0   na  na
chrI    12584   12679   +   16  16  15  22  na  na
chrI    12584   12727   +   0   0   0   0   na  na
chrI    12632   12679   +   13  12  16  9   na  na

我有一个上述格式的文件。我想要输出这样我得到 4 个单独的文件作为输出名称，它们基本上是列 sample1 ， sample2 等。

例如，这就是我想要做的：

awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$5,$4}' > sample1.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$6,$4}' > sample2.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$7,$4}' > sample3.txt
awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9":"$10,$8,$4}' > sample4.txt

我可以为几列执行此操作，但我有一个包含许多列的大文件。如何以循环方式执行此操作，这样我就不必单独键入每个 awk 语句

shell awk

1 个回答

  1. Best Answer

    使用 for 循环 ( ksh93, bash, zsh)：

    for ((i=5;i<=8;i++)); do
  awk -v i="$i" -v OFS="\t" 'NR==1{fname=$i".txt"}{print $1,$2,$3,$9":"$10,$i,$4 > fname}' infile
done

    开始和结束字段在for-loop 中给出。输出文件名是从带有附加后缀的标题行中提取的，.txt并且重定向在awk.

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