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user3138373
Asked: 2019-09-17 11:31:59 +0800 CST

删除每列中包含 NA 的行

  • 772

我有一个制表符分隔的文件，如下所示：

gene    v1  v2  v3  v4
g1  NA  NA  NA  NA
g2  NA  NA  2   3
g3  NA  NA  NA  NA
g4  1   2   3   2

每行中的字段数是固定且相同的。我想从上面的文件中删除那些行，其中从第 2 列到最后一行的每一行的所有字段都是 NA。然后输出应如下所示：

gene    v1  v2  v3  v4
g2  NA  NA  2   3
g4  1   2   3   2
text-processing

5 个回答

  1. Best Answer

    与awk：

    awk '{ for (i=2;i<=NF;i++) if ($i!="NA"){ print; break } }' file

    循环遍历从第二个字段开始的字段，如果NA找到不包含的字段，则打印该行。然后打破循环。

    • 16

  2. 使用 GNU sed

    sed -e '/g[0-9]\+\(\s*NA\s*\)\+$/d' filename

    简短说明：

    g[0-9]\+\(\s*NA\s*\)\+$是一个正则表达式匹配g，后跟至少一个数字，然后是任意数量的NAs，其间有可选空格，直到行尾。

    sed -e '/<regex>/d'删除所有匹配的行<regex>

    具有相同含义的更标准的正则表达式是：

    sed -Ee '/g[0-9]+([[:space:]]*NA[[:space:]]*)+$/d' filename
    • 10

  3. 使用allPerl List::Util 模块：

    $ perl -MList::Util=all -alne 'shift @F; print unless all { $_ eq "NA" } @F' file
gene  v1  v2  v3  v4
g2    NA  NA  2   3
g4    1   2   3   2
    • 9

  4. 与grep：

    egrep -v -x 'g[0-9]+([[:blank:]]+NA)*[[:blank:]]*' filename

    这会导致 grep不显示-v整行 ( -x) 匹配的 ( ) 行：

    • 第一列中的小写 g，后跟一个或多个数字
    • 任意数量的空白实例，后跟 NA
    • 可选的尾随空格
    • 9

  5. 你可以试试：

    $ grep -P '\t(?!NA(\t|$))' file

$ sed -e 'h;s/\tNA//g;/\t/!d;g' file

$ perl -MList::MoreUtils=any -F'\t' -lane 'print if any { ! /^NA$/ } @F[1..$#F]' file
    • 2

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