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user977828
Asked: 2019-04-15 22:34:09 +0800 CST

在 bash 中创建文件列表失败

  • 772

我有一个包含以下文件内容的文件夹：

ls bams-lab/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam
bams-lab/OZBenth2_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam  
...
bams-lab/OZBenth7_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam

我尝试使用以下 bash 脚本创建文件列表

#!/bin/bash
# usage: sh merge_sam_pbs.sh /path/to/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam 
output=$(dirname $1)
samlist=$(for sam in $1; do echo "I=$sam "; done)
cat << EOF  |cat #qsub
#!/bin/bash -l
#PBS -N merge
#PBS -l walltime=150:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=70G
#PBS -l ncpus=2
#PBS -M [email protected]

cd \$PBS_O_WORKDIR

conda activate picard
echo $samlist

picard -Xmx10g  MergeSamFiles \
      $samlist \
      O=${output}/merged.sorted.dedup.bam

EOF

但它只拾取一个文件

> sh merge_sam_pbs.sh bams-lab/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam 
#!/bin/bash -l
#PBS -N merge
#PBS -l walltime=150:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=70G
#PBS -l ncpus=2
#PBS -M [email protected]

cd $PBS_O_WORKDIR

conda activate picard
echo I=bams-lab/OZBenth2_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam 

picard -Xmx10g  MergeSamFiles       I=bams-lab/OZBenth2_.fastp.fq.gz.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam        O=bams-lab/merged.sorted.dedup.bam

我错过了什么？

bash

2 个回答

  1. Best Answer

    它只拾取一个文件，因为$1 只是一个文件。

    当*你调用你的脚本时会被解释，所以你的调用

    sh merge_sam_pbs.sh bams-lab/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam

    发行为

    sh merge_sam_pbs.sh "bams-lab/1.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam" "bams-lab/2.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam" "bams-lab/3.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam"

    与$1然后是"bams-lab/1.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam"。

    您想"$@"在for循环中使用：

    samlist=$(for sam in "$@"; do echo "I=$sam "; done)

    或者更好地将 for 循环替换为printf：

    samlist=$(printf 'I=%s\n' "$@")

    甚至更适合您的用例，添加引号和空格而不是换行符：

    samlist=$(printf 'I="%s" ' "$@")
    • 1

  2. 您已将该脚本声明为 bash shell 脚本，因此我假设您打算使用该脚本。（但不要使用 运行它sh script；请改用它bash script。它们可以是不同的外壳。）

    您可以将samlist字符串替换为文件元素数组

    #!/bin/bash
# usage: sh merge_sam_pbs.sh /path/to/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam 
output=$(dirname $1)
samlist=$(for sam in $1; do echo "I=$sam "; done)

    变成

    #!/bin/bash
# usage: bash merge_sam_pbs.sh /path/to/*.name-sorted.fixmate.sorted.dedup.sam

# Create output directory based on first filename passed to the script
output="${1%/*}"

# For all the filenames passed to the script, prefix with 'I=', and add to array
samlist=()
for sam in "$@"
do
    samlist+=("I=$sam")
done

    现在您可以使用您创建的数组了。所以代替这个

    picard -Xmx10g  MergeSamFiles \
      $samlist \
      O=${output}/merged.sorted.dedup.bam

    你可以用这个

    picard -Xmx10g  MergeSamFiles "${samlist[@]}" O="$output/merged.sorted.dedup.bam"

    请注意，当我使用它们时，我已经引用了所有变量。这会阻止 shell 尝试处理单个空格分隔的项目。此外，如果不"{samlist[@]}"包含任何元素，它就会消失。请查看为什么我的 shell 脚本会因空格或其他特殊字符而窒息以了解更多详细信息。

    • 0

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