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Molly_K
Asked: 2019-03-27 13:19:47 +0800 CST

here-document 基本名称冲突？

  • 772

我正在使用 EOF 生成运行 Rscripts 的 bash 脚本。basename在我用来指定输出文件名的 Rscript中。

当我EOF用来生成 bash 脚本列表时，我无法开始basename工作。错误消息如下所示。我仍然能够生成 bash 脚本，但是${AF}在它出现的两个地方都变成了空白。很奇怪！

我已经测试了 bash 脚本并且它正在工作，所以我知道问题出在EOF和之间basename。

我该如何basename使用EOF？或者有什么替代方法吗？谢谢你。

for letter in {A..Z}
      do cat <<- EOF > batch_${letter}.sh
    #!/bin/bash
    module load R/3.5.1
    R_func="/home/dir/R_func"
    TREAT="/home/dir/POP"
    BASE="/home/dir/base"
    OUTPUT="/home/dir/tmp"

    for AF in ${BASE}/${letter}*.txt_step3; do
    Rscript ${R_func}P_tools.R \
    --ptool ${R_func}/P_tools_linux \
    --group ${AF} \
    --treat ${TREAT}/pop_exclude24dup \
    --out ${OUTPUT}/OUT_$(basename ${AF%%_txt_step3})_noregress \
    --binary-target F; done

    EOF
       done

这是错误信息

基本名称：缺少操作数 尝试使用“基本名称 --help”获取更多信息。

bash scripting

2 个回答

  1. Best Answer

    $(basename ...)如果分隔符没有被引用，像你的和变量这样的命令替换也会在 here-documents 中展开。您应该逃避$from$(basename ...)以及其中的任何$内容。

    您的脚本的更正版本：

    for letter in {A..Z}
        do cat <<- EOF > batch_${letter}.sh
                #!/bin/bash
                module load R/3.5.1
                R_func="/home/dir/R_func"
                TREAT="/home/dir/POP"
                BASE="/home/dir/base"
                OUTPUT="/home/dir/tmp"

                for letter in {A..Z} do {
                for AF in \${BASE}/${letter}*.txt_step3; do
                Rscript \${R_func}P_tools.R \
                --ptool \${R_func}/P_tools_linux \
                --group \${AF} \
                --treat \${TREAT}/pop_exclude24dup \
                --out \${OUTPUT}/OUT_\$(basename \${AF%%_txt_step3})_noregress \
                --binary-target F; done
                }
        EOF
done

    这实际上是由制表符缩进的；这个愚蠢的 Web 界面正在将制表符变成空格，这可能会破坏<<-任何 POSIX shell 中的制表符，而不是 EOF 分隔符之前的空格和 here-document 中的行。

    • 3

  2. << EOF...构造EOF称为 here-document，您可以将任何您喜欢的字符串作为分隔符，但EOF很常见。

    您面临的问题是 here-document 就像一个双引号字符串，因此其中的变量和命令替换在cat运行时会被扩展，它们不会按原样存储在结果文件中。这可能不是您想要的，因为您设置了，例如R_func在batch_x.sh您正在编写的内容中，但${R_func}会扩展到R_func生成脚本中的任何值。

    您可以通过引用 here-doc 分隔符来防止这种情况，即cat << 'EOF'改用。但是，这会阻止所有变量的扩展，因此如果不按部分创建文件或使用不带引号的分隔符并转义除一个变量以外的所有变量，就不能扩展一个变量，而其他变量则不能扩展，如比利叔叔的回答。

    现在，如果我正确理解了您的想法，您希望创建 26 个脚本，其中每个字母都硬编码在其中一个中。您创建的第一个脚本 ( batch_A.sh) 如下所示：

    module load R/3.5.1
R_func="/home/dir/R_func"
....
for AF in ${BASE}/A*.txt_step3; do
   Rscript ${R_func}P_tools.R \
   ...
done

    相反，您可以只创建一个脚本，如下所示，并将字母作为命令行参数传递给它。第一个命令行参数可用作"$1"：

    #!/bin/bash
module load R/3.5.1
R_func="/home/dir/R_func"
TREAT="/home/dir/POP"
BASE="/home/dir/base"
OUTPUT="/home/dir/tmp"
letter=$1

for AF in ${BASE}/${letter}*.txt_step3; do
    Rscript "${R_func}P_tools.R" \
    --ptool "${R_func}/P_tools_linux" \
    --group "${AF}" \
    --treat "${TREAT}/pop_exclude24dup" \
    --out "${OUTPUT}/OUT_$(basename "${AF%%_txt_step3}")_noregress" \
    --binary-target F;
done

    该变量letter现在将从命令行获取，因此您可以运行batch.sh A以处理A文件等。

    • 3

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