在 awk 中使用 bash 数组并引用变量：语法冲突问题

我有一个脚本，其目的是：

• 对于文件列表，获取每个文件的特定编号（具体来说，这是测序数据）并将这些存储到 array1
• 使用array1，找到最小的数是array1
• 根据 array1 中最小的数字，将它除以 array1 中的所有数字，得到 array2。

我的脚本如下所示：

#!/usr/bin/bash



USAGE() { echo "Usage: bash $0 [-b <in-bam-files-dir>] [-o <out-dir>] [-c <chromlen>]" 1>&2; exit 1; }

if (($# == 0))
then
    USAGE
fi



while getopts ":b:o:c:h" opt
do
    case $opt in
        b ) BAMFILES=$OPTARG
        ;;
        o ) OUTDIR=$OPTARG
        ;;
        c ) CHROMLEN=$OPTARG
        ;;
        h ) USAGE
        ;;
        \? ) echo "Invalid option: -$OPTARG exiting" >&2
        exit
        ;;
        : ) echo "Option -$OPTARG requires an argument" >&2
        exit
        ;;
    esac
done



if [ ! -d ${OUTDIR} ]
then
    mkdir ${OUTDIR}
fi

if [ ! -d ${OUTDIR}/temp ]
then
    mkdir ${OUTDIR}/temp
fi

if [ -d ${BAMFILES} ]
then
    echo -e "\nProcessing BAM files from following directory: ${BAMFILES} \n "
fi



module purge
module load samtools
module load bedtools
module load ucsctools
echo -e "Modules are loaded\n"



FIRSTBAM=$(ls $BAMFILES/*bam | head -1)
MIN=$(samtools view -c -F 260 ${FIRSTBAM} )
echo -e "Minimum number of reads is currently set to $MIN from $FIRSTBAM (first bam in directory)\n"



declare -A BAMREADS
echo "BAMREADS array is initialized"

for i in $(ls $BAMFILES/*bam)
do
    echo "Counting reads in $i "
    BAMREADS[$i]=$(samtools view -c -F 260 $i)
done



for i in ${BAMREADS[@]}
do
    if [[ $i -lt $MIN ]]
    then
        MIN=$i
    fi
done

echo -e "Minimum number of reads that will be used for scaling is $MIN \n"



declare -A BAMFRACS
echo -e "BAMFRACS array is initialized"

for i in ${!BAMREADS[@]}
do
    BAMFRACS[$i]=$(awk -v var1=${MIN} -v var2=${BAMREADS[$i]} 'BEGIN { x= var1 / var2; printf "%.8f", x }')
done



for i in $(ls $BAMFILES/*bam)
do

    SAMPLE=`basename $i`
    SAMPLE=${SAMPLE%.bam}
    echo $SAMPLE

    if [[ ${BAMREADS[$i]} -eq $MIN ]]
    then

        echo "Sample $i does not need scaling"

        command="cp $i ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.scaled.bam;
        genomeCoverageBed -bg -split -ibam ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.scaled.bam > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.bedgraph;
        sed -e 's/^/chr/g;s/MT/M/g' ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.bedgraph > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.modified.bedgraph;
        sort -k1,1 -k2,2n ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.modified.bedgraph > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.sorted.bedgraph;
        bedGraphToBigWig ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.sorted.bedgraph $CHROMLEN ${OUTDIR}/${SAMPLE}.bw"
        #rm ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.*

    else

        command="samtools view -s ${BAMFRACS[$i]} -b $i > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.scaled.bam;
        genomeCoverageBed -bg -split -ibam ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.scaled.bam > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.bedgraph;
        sed -e 's/^/chr/g;s/MT/M/g' ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.bedgraph > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.modified.bedgraph;
        sort -k1,1 -k2,2n ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.modified.bedgraph > ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.sorted.bedgraph;
        bedGraphToBigWig ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.sorted.bedgraph $CHROMLEN ${OUTDIR}/${SAMPLE}.bw"
        #rm ${OUTDIR}/temp/${SAMPLE}.*

    fi

    echo $command | qsub -V -cwd -o $OUTDIR -e $OUTDIR -l tmem=10G -l h_vmem=10G -l h_rt=3600 -N bigwig_${SAMPLE}

 done

 echo "Task completed: conversion jobs submitted to cluster"

我有两个问题：

• 据我了解，bash 不太擅长算术运算：即进行涉及浮点数的任何类型的运算（加法、除法等）。但是，鉴于 var1 和 var2 在我的脚本中始终是整数（请参阅 $MIN 和所有 array1 值），我们是否同意这不是问题？即我的操作结果是浮点数，但它使用整数，所以这不是问题，对吗？

• 在 StackExchange 中不是很清楚，因为这里没有突出显示语法，但我注意到我脚本的 var2=${BAMREADS[$i]} 部分不太正确。我在我的终端中使用 nano，而不是像其他变量（如 ${MIN}）一样将所有的 ${BAMREADS[$i]} 都设为红色，而只有脚本的 ${BAMREADS[$i] 部分是以红色出现，即结尾]}不是红色。该脚本的行为似乎与我预期的一样，一切似乎都在工作。所以我不太明白为什么它不是全部都是红色的。

这就是我的脚本在 nano 中的样子（请注意 awk 命令中 ${BAMREADS[$i]} 中的 ]} 以及稍后在第二个 $command 中的 ]} 不是红色的，因为它应该是红色的）：

但是，如果您将此代码粘贴到https://www.shellcheck.net/中，就脚本的这一部分的突出显示而言，您不会遇到任何问题。那么 nano 和 shellcheck 怎么没有告诉我同样的事情呢？我已经使用了这个脚本，它似乎对我有用，但我担心这个突出显示的问题..

谢谢