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user3138373
Asked: 2018-09-14 11:35:04 +0800 CST

使用 AWK 进行列操作

  • 772

我有一个包含 200 多列的文件。例如，我在这里使用列数较少的文件（9）。下面是输入文件（几行）

chr10   181243  225933  1   1   1   10  0   36
chr10   181500  225933  1   1   1   106 0   35
chr10   226069  255828  1   1   1   57  0   37
chr10   243946  255828  1   1   1   4   0   27
chr10   255989  267134  1   1   1   87  0   32
chr10   255989  282777  1   1   1   61  0   34
chr10   267297  282777  1   1   1   61  0   37
chr10   282856  283524  1   1   1   92  0   35
chr10   282856  285377  1   1   1   1   0   15
chr10   283618  285377  1   1   1   72  0   33

我想重新排列文件，使我的最后一列（这里是第 9 列）是输出文件中的第 4 列，然后打印其他所有内容。所以我正在寻找的输出是

chr10   181243  225933  36  1   1   1   10  0
chr10   181500  225933  35  1   1   1   106 0
chr10   226069  255828  37  1   1   1   57  0
chr10   243946  255828  27  1   1   1   4   0
chr10   255989  267134  32  1   1   1   87  0
chr10   255989  282777  34  1   1   1   61  0
chr10   267297  282777  37  1   1   1   61  0
chr10   282856  283524  35  1   1   1   92  0
chr10   282856  285377  15  1   1   1   1   0
chr10   283618  285377  33  1   1   1   72  0

在列数较少的文件上，我可以使用类似的方法来实现上述输出：

awk -v OFS="\t" '{print $1,$2,$3,$9,$4,$5,$6,$7,$8}'

如果现在我有一个包含大量列的文件，如何将文件的最后一列作为第 4 列并按原样打印？

awk

2 个回答

  1. Best Answer

    Perl 对此非常简洁：将每一行拆分为单词，弹出最后一个单词并将其插入到索引 3（从 0 开始）

    $ perl -lane 'splice @F, 3, 0, pop(@F); print "@F"' file | column -t
chr10  181243  225933  36  1  1  1  10   0
chr10  181500  225933  35  1  1  1  106  0
...
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  2. 用最后一个字段替换第四个字段：

    awk -v OFS="\t" '{ $4 = $NF; $NF=""; print }

    要在第四个字段之前插入最后一个字段，我们必须有点创意：

    awk -v OFS="\t" '{temp=$NF; for( i=NF;i>4;i-- ) {$i=$(i-1)}; $4=temp  ; print}'

    这将保留最后一个字段，快速浏览所有字段并将每个字段向后移动到第四个向前的字段，然后将所需的第四个字段放置到位：

    $ echo {1..10} | awk -v OFS="\t" '{temp=$NF; for( i=NF;i>4;i-- ) {$i=$(i-1)}; $4=temp  ; print}'
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