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Josh
Asked: 2018-08-03 13:19:34 +0800 CST

使用 awk 比较文件并合并两个文件的输出？

  • 772

我正在尝试使用比较两个文件，awk并且我想将两个文件中的数据打印为输出。我比较的文件如下。

文件1：

gene             feature id            fc         
a                gene                 MSTRG.1.1           
b                gene                 MSTRG.1.2   
c                gene                 MSTRG.2.1 
d                gene                 MSTRG.3.1

文件2：

MSTRG.1.1       ALLMI        
MSTRG.3.1       COTJA   
MSTRG.4.1       SORCY

我一直在使用以下命令：

$ awk -F '\t' 'BEGIN{OFS=FS} NR==FNR {a[$1]=$1; next} $3 in a {print $1}' File2 File1

我希望输出为：

a ALLMI
c COTJA
d SORCY,

但是，目前我只得到以下输出：

a    
c    
d

这两个文件都是制表符分隔的，所以我不确定为什么我的命令不起作用？

awk text-processing

3 个回答

  1. Best Answer

    awk 解决方案

    这个怎么样。没有给出您提供的确切输出，但我不确定为什么d SORCY, 会按原样打印d，MSTRG3.1即COTJA.

    不管怎样，就到这里吧。十人制首发。在 GNU Awk v4.0.2 上运行良好。

    $ awk 'NR==FNR{a[$1]=$2}NR!=FNR&&FNR>1&&a[$3]{print $1,a[$3]}' file2 file1
a ALLMI
d COTJA
$

    如果 NR 与 FNR 相同，则我们在第一个文件上，因此填充数组。

    如果 NR 与 FNR 不同，我们在第二个文件，所以一旦我们超过了这个文件的第一条记录（标题），并且如果字段 3 存在于数组中，则打印它。

    “打高尔夫球” awk 解决方案

    可读性较差，但代码较短。

    awk 'NR==FNR{a[$1]=$2}a[$3]{print$1,a[$3]}' file{2,1}

    加入解决方案

    或者，如果您不特别需要使用 实现它awk，只需使用join.

    $ join -1 3 -2 1 -o "1.1 2.2" file1 file2
a ALLMI
d COTJA
$

    使用文件 1 ( -1 3) 中的字段 3 和文件 2 ( ) 中的字段 1连接文件-2 1。然后从file1打印field 1，从file2打印field2。答对了。

    • 9

  2. 尝试这个，

     awk  'BEGIN{OFS=FS} NR==FNR {a[$1]=$1; next} $3 in a {print $1"\t"$3}'  file2 file1
    • 我们不需要\t作为分隔符。
    • 我们需要根据您的要求打印第一个和第三个字段。
    • 3

  3. 你的代码，

    awk -F '\t' 'BEGIN{OFS=FS} NR==FNR {a[$1]=$1; next} $3 in a {print $1}' File2 File1

    永远不能输出两列，因为print最后只输出第一列File1。

    不过你快到了。您需要做一个微小的调整，即实际输出缺失的字段：

    awk -F '\t' 'BEGIN{OFS=FS} NR==FNR {a[$1]=$1; next} $3 in a {print $3, $1}' File2 File1
                                                                   ^^^
                                                                 add this

    在您的数据上运行它应该会产生

    MSTRG.1.1 a
MSTRG.3.1 d

    对于大型数据集，请参阅steve 的内存效率更高的解决方案。

    • 3

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