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R-MASHup
Asked: 2018-03-26 03:14:32 +0800 CST

从 txt 文件中计算矩阵，grep -c 用于制表符分隔的文件？[关闭]

  • 772

我有一个文本文件，下面head是它：

1   TACCCTGTAGAACCGAATTTGT  miRNA   mmu-mir-10b PM
2   GCATTGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCT    tRNA    Mus_musculus_tRNA-Gly-GCC-4-1   PM
3   TACCCTGTAGATCCGAATTTGT  miRNA   mmu-mir-10a PM
4   GCATTGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCT tRNA    Mus_musculus_tRNA-Gly-GCC-2-2   IM
5   ACCCTGTAGAACCGAATTTGT   other   other   NA
6   TACCCTGTAGAACCGAATTTG   other   other   NA
7   GCATTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCT   tRNA    Mus_musculus_tRNA-Gly-GCC-2-7   IM
8   GCATTTGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCT    tRNA    Mus_musculus_tRNA-Gly-GCC-4-1   IM
9   TACCCTGTAGAACCGAATTTGTG miRNA   mmu-mir-10b PM
10  GGTGAATATAGTTTACAAAAAACATTAGACTGTGAATC  tRNA    tRNA-His    IM

我想要一个基于每行中第 4 个值的计数矩阵，这样我就有类似的东西

mmu-mir-10b 2
grep text-formatting

1 个回答

  1. Best Answer

    您可以使用awk, 以防您想要在位置 #4 中获取所有重复项（假设数据由空格分隔）：

    $ awk '{seen[$4]++} END{for(x in seen) print x, seen[x]}' infile
other 2
Mus_musculus_tRNA-Gly-GCC-2-2 1
Mus_musculus_tRNA-Gly-GCC-2-7 1
mmu-mir-10a 1
mmu-mir-10b 2
tRNA-His 1
Mus_musculus_tRNA-Gly-GCC-4-1 2

    第一个字段是数据，第二个字段是相应的副本。

    • 2

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