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Josh
Asked: 2018-02-13 12:10:46 +0800 CST

删除两列前 4 个字符之间包含重复字符串的行

  • 772

我有一个包含 4 列和 7,000 行的大文件。我需要删除第二列的开头与第四列的开头相同的行。

输入：

Gator_locus75   AATTCCATGTACG   Gator_locus23   CTAGAGGAAGT
Gator_locus18   AATTCCATTATGG   Gator_locus14   AATTCAAAAAAT
Gator_locus13   CTAGAACCCACC    Gator_locus72   CTAGAATGTATG
Gator_locus16   AATTCATCCTCT    Gator_locus15   CTAGATTGCCAA
Gator_locus24   CTAGAGCTGCTG    Gator_locus12   AATTCAGTCCAC

输出：

Gator_locus75   AATTCCATGTACG   Gator_locus23   CTAGAGGAAGT
Gator_locus16   AATTCATCCTCT    Gator_locus15   CTAGATTGCCAA
Gator_locus24   CTAGAGCTGCTG    Gator_locus12   AATTCAGTCCAC

我需要删除第二列的字符串以“AATT”开头的行和同一行第四列中的字符串以“AATT”开头的行。当第二列中的字符串以“CTAG”开头并且第四列中的字符串以“CTAG”开头时，我还需要做同样的事情。

text-processing bioinformatics

2 个回答

  1. Best Answer

    要打印第 2 列的前 4 个字符不等于第 4 列的前 4 个字符的行：

    awk 'substr($2, 1, 4) != substr($4, 1, 4)' < input

    这使用主代码作为“测试”来查看是否应打印一行；没有明确的操作部分，因为默认打印操作是我们想要的。主要代码只是从每一列中提取前四个字符并进行比较。

    • 2

  2. 要删除第二个字段以 开头AATT 且第四个字段以 开头的行AATT，与 相同CATG：

    awk '($2 !~ /^AATT/ && $4 !~ /^AATT/) && ($2 !~ /^CTAG/ && $4 !~ /^CTAG/) {print}' /path/to/file

    作为更通用的解决方案：

    awk 'substr($2,1,4) != substr($4,1,4) {print}' /path/to/file
    • 0

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