Por que diferentes editores hexadecimais mostram diferentes binários para um arquivo?

Estes são arquivos diferentes.

De quando o System32 não é o System32? [grifo meu]:

No Windows de 32 bits, há apenas uma System32pasta que contém muitos binários nativos (ou hard links) e não há como executar o código de 64 bits no Windows de 32 bits.

Com o Windows de 64 bits, no entanto, temos "Windows On Windows 64" (WOW64) que permite que processos de 32 bits sejam executados por meio de um wrapper, e há algumas coisas a serem consideradas nesse cenário:

1. Somente DLLs de 32 bits podem ser carregadas em processos de 32 bits e apenas DLLs de 64 bits podem ser carregadas em processos de 64 bits.
   […]

2. Os processos de 32 bits esperam funcionar perfeitamente no Windows de 64 bits, portanto, devido a (1), precisamos ter versões de 32 bits e 64 bits de alguns binários.
   […]

3. Para facilitar (2), mas não interromper o comportamento dos processos nativos (x64), os processos de 32 bits obtêm certas E/S redirecionadas sem seu conhecimento.
   […]

[…]

Para processos de 32 bits em execução no Windows x64:
- %systemroot%\System32é redirecionado para%systemroot%\SysWOW64
[…]

Meu palpite é que alguns editores hexadecimais são de 32 bits e são redirecionados para SysWOW64, alguns são de 64 bits e veem o arquivo System32. Diferentes editores percebem diferentes System32, portanto diferentes notepad.exe.

Se você copiar notepad.exepara uma pasta que não foi afetada e analisar a cópia, todos os editores mostrarão o mesmo conteúdo. Qual arquivo você verá? Isso depende se a ferramenta de cópia é de 32 ou 64 bits.