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Matteo
Asked: 2023-10-23 19:48:52 +0800 CST

wget — 通过集群上的多个节点下载多个文件

  • 772

您好，我正在尝试一次下载大量文件；准确地说是279。每个都是大 BAM (~90GB)。我正在工作的集群有多个节点，幸运的是我可以一次分配多个实例。

鉴于这种情况，我想知道是否可以使用wget批处理文件（参见下面的示例）将每个下载分配到单独的节点以独立执行。

批处理文件.txt

<https_link_1> -O DNK07.bam
<https_link_2> -O mixe0007.bam
<https_link_3> -O IHW9118.bam
.
.

原则上，这不仅会加快速度，还会防止运行失败，因为此执行的挂机时间为 24 小时，并且不足以在一台计算机上连续下载所有这些文件。

我的 BASH 脚本如下所示：

#!/bin/bash
#
#SBATCH --nodes=279 --ntasks=1 --cpus-per-task=1
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --mem=10gb
#
#SBATCH --job-name=download
#SBATCH --output=sgdp.out
##SBATCH --array=[1-279]%279
#
#SBATCH --partition=<partition_name>
#SBATCH --qos=<qos_type>
#
#SBATCH --account=<user_account>

#NAMES=$1
#d=$(sed -n "$SLURM_ARRAY_TASK_ID"p $NAMES)

wget -i sgdp-download-list.txt

正如你所看到的，我正在考虑使用 an array job（不确定是否有效）；或者，我考虑分配 279 个节点，希望 SLURM 能够足够聪明地将每个下载发送到一个单独的节点（不确定......）。如果您知道一种有效的方法，欢迎提出任何建议。提前致谢！

bash

3 个回答

  1. Best Answer

    将命令展开为多个wget命令，以便您可以将它们作为列表发送到 SLURM：

    while IFS= read -r url; do 
  printf 'wget "%s"\n' "$url"
done < sgdp-download-list.txt > wget.sh

    或者，如果您sgdp-download-list.txt只是一个开头wget缺少命令的列表（这就是您的示例所建议的），只需使用：wget

    sed 's/^/wget /' sgdp-download-list.txt > wget.sh

    然后，将其wget.sh作为作业提交。

    • 0

  2. 框架挑战

    您说的是 25 TB 的下载量。我想您会发现获取节点是您最不担心的事情。如果它们来自同一远程站点，则远程站点也可能存在 CPU 问题。更重要的是，网络带宽是一个问题。如果您尝试通过一个管道拉取此下载，那么拉动多少个节点实际上并不重要 - 管道将是限制。

    话虽如此，wget 并不是特别占用 CPU 资源。就 CPU 而言，在一个节点上并行运行 10 个程序应该不是问题。

    如果这是一项常规活动，我建议您查看是否可以下载增量。

    选择

    Usenet 有一个老笑话。有人问每天从洛杉矶发送大量数据到旧金山的最佳方式是什么。答案：UPS。网络速度提高了，但音量也提高了。亚马逊牢记这一点：他们可以向您运送一个盒子来将数据加载到其中，然后运回以将其放入他们的云中。

    • 0

  3. 嗨@terdon 和@David G.，

    这么晚才回复很抱歉。最后，集群上的技术支持向我推荐了一种使用数据移动器节点的临时方法，通过该方法我可以连续下载直到链接过期。

    然后，我只需重新生成它们并重新开始该过程。这不是总体上最快的过程（大约花了一周），但考虑到下载的大量数据也不算太糟糕！

    • 0

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