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geneteics_diva
Asked: 2022-07-07 22:14:43 +0800 CST

创建一个脚本来运行一个程序，该程序使用多个具有相同基本名称的输入文件，但一个输入文件除外

  • 772

我是脚本新手，所以我需要帮助。

我正在运行一个基于四个独立测试（--max-maf）的程序，该测试需要输入文件名和输出文件名。下面只是对该程序的一般描述。文件名是我在下一个代码块中详细描述的输入。

epacts group --groupf filename.grp --vcf filename.vcf.gz --ped filename.ped --max-maf 0.05 --kin filename --test emmaxCMC --out BcA/filename-CMC-0.05
epacts group --groupf filename.grp --vcf filename.vcf.gz --ped filename.ped --max-maf 0.03 --kin filename --test emmaxCMC --out BcA/filename-CMC-0.03
epacts group --groupf filename.grp --vcf filename.vcf.gz --ped filename.ped --max-maf 0.02 --kin filename --test emmaxCMC --out BcA/filename-CMC-0.02
epacts group --groupf filename.grp --vcf filename.vcf.gz --ped filename.ped --max-maf 0.01 --kin filename --test emmaxCMC --out BcA/filename-CMC-0.01

我在同一个目录中有几个具有相同基本名称的输入文件，但一个文件 (CDES_MyopV1.ped) 具有相同的基本名称，但后面有一个唯一标识符。该文件将在 --ped 命令之后执行 (--ped CDES_MyopV1.ped)

CDES-genes.grp 
CDES.vcf.gz 
CDES_MyopV1.ped 
CDES.kinf

我尝试通过根据基本名称“CDES”查找上面列出的输入文件来创建一个执行程序的脚本，但是我意识到我需要 .ped 文件来包含基本名称和其后的唯一标识符（CDES_MyopV1）此外，对于每个输出文件，我希望将 CDES_MyopV1 连接到输出文件名。

这是我迄今为止尝试过的：

declare -a files=("CDES")

for element in ${files[@]}
do
   epacts group --groupf $element-genes.grp --vcf $element.vcf.gz --ped $element.ped --max-maf 0.05 --kin $element.kinf  --test emmaxCMC --out BcA/$element-CMC-0.05
   epacts group --groupf $element-genes.grp --vcf $element.vcf.gz --ped $element.ped --max-maf 0.03 --kin $element.kinf  --test emmaxCMC --out BcA/$element-CMC-0.01 
   epacts group --groupf $element-genes.grp --vcf $element.vcf.gz --ped $element.ped --max-maf 0.02 --kin $element.kinf --test emmaxCMC --out BcA/$element-CMC-0.05 
   epacts group --groupf $element-genes.grp --vcf $element.vcf.gz --ped $element.ped --max-maf 0.01 --kin $element.kinf --test emmaxCMC --out BcA/$element-CMC-0.01
done

理想情况下，这就是我希望脚本执行的操作。

epacts group --groupf CDES-genes.grp --vcf CDES.vcf.gz --ped CDES_MyopV1.ped --max-maf 0.05 --kin CDES.kinf  --test emmaxCMC --out BcA/CDES_MyopV1-CMC-0.05
       epacts group --groupf CDES-genes.grp --vcf CDES.vcf.gz --ped CDES_MyopV1.ped --max-maf 0.03 --kin CDES.kinf  --test emmaxCMC --out BcA/CDES_MyopV1-CMC-0.03 
       epacts group --groupf CDES-genes.grp --vcf CDES.vcf.gz --ped CDES_MyopV1.ped --max-maf 0.02 --kin CDES.kinf --test emmaxCMC --out BcA/CDES_MyopV1-CMC-0.02 
       epacts group --groupf CDES-genes.grp --vcf CDES.vcf.gz --ped CDES_MyopV1.ped --max-maf 0.01 --kin CDES.kinf --test emmaxCMC --out BcA/CDES_MyopV1-CMC-0.01
shell-script bioinformatics

1 个回答

  1. Best Answer

    我建议你从.ped文件的全名开始，然后通过shell参数扩展机制提取需要的部分，像这样：

    #!/bin/bash

declare -a files=("CDES_MyopV1.ped")
declare -a mafs=("0.05" "0.03" "0.02" "0.01")

for file in ${files[@]}
do
   uniquename=$(basename "${file}")
   element="${uniquename%%_*}"
   for maf in ${mafs[@]}
   do
      epacts group --groupf "${element}-genes.grp" --vcf "${element}.vcf.gz" --ped "${file}" --max-maf "$maf" --kin "${element}.kinf" --test emmaxCMC --out "BcA/${uniquename}-CMC-${maf}"
   done
done

    变量uniquename将是基本名称“CDES”和唯一后缀“_MyopV1”的组合，而变量element将是单独的基本名称。

    如果这样做，您可以轻松地将硬编码数组替换为files目录中实际.ped文件的列表，如下所示：

    for file in *.ped
do
   ...
done

    或者使用您作为参数传递给脚本的文件列表，如下所示：

    for file in "${@}"
do
   ...
done

    然后您可以通过通配符扩展将其提供给您的脚本。

    请注意，我已系统地将变量名称括在大括号中，建议这样做以避免可能的语法歧义。我还用双引号将所有文件名括起来，以避免文件名包含空格字符时出现问题。

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