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Rea Kalampaliki
Asked: 2022-02-11 15:02:21 +0800 CST

在一个两列文件中写入两个变量（制表符分隔）

  • 772

你好 GNU/Linux 新手。

我想在一个两列制表符分隔的文件中写入两个变量。在我的代码中，变量是$sample_name和$file。

我使用命令：

  • touch创建文件和
  • echo -e $sample_name $file | column -t >> $output_file写每一行。虽然这会产生一个单列文件。

有任何想法吗？

简化脚本：

touch $output_file
for file in $path/*.g.vcf; do
        sample_name=`echo $file | grep -P 'HG(\d+)(?=.g)' -o`
        echo -e $sample_name $file | column -t >> $output_file
done

预期输出（查看输出文件）：

HG00321        ./.../HG00321/HG00321.g.vcf
HG00322        ./.../HG00322/HG00322.g.vcf
# and so on
bash echo

2 个回答

  1. Best Answer

    您不需要使用column -t（事实上，这将用空格扩展您的选项卡，以便列正确对齐，无论宽度如何）。只需使用printf. 并记住双引号你的变量。例如

    for file in "$path/"*.g.vcf; do
  sample_name=$(echo "$file" | grep -P 'HG(\d+)(?=.g)' -o)
  printf "%s\t%s\n" "$sample_name" "$file" >> "$output_file"
done

    顺便说一句，不需要touch文件来创建它。 >>如果文件不存在，重定向将创建一个文件。

    此外，您可以使用<<<而不是echo与grep行。例如

      sample_name=$(grep -oP 'HG(\d+)(?=.g)' <<< "$file")

    这会将变量的内容（值）重定向$file到 grep 命令中。无论哪种方式，实际上都没有任何显着的好处（除非变量包含改变echo行为的值，例如-n, -e,-E或一些反斜杠转义字符，例如\n, \t, \0nnn,\xHH等 - 请参见help echobash。顺便说一句，这是为什么printf在这些天被推荐echo），但您可能会发现它更容易阅读。

    • 2

  2. 看起来你想做的事情就像

    for pathname in "$dirpath"/*.g.vcf; do
    printf '%s\t%s\n' "$(basename "$pathname" .g.vcf)" "$pathname"
done >"$output_file"

    这会遍历与您的通配模式匹配的路径名。对于每个路径名，使用提取路径名的文件名部分basename（这也可以删除已知文件名后缀.g.vcf），并与完整路径名一起打印。

    循环的输出被重定向到输出文件，如果它不存在，shell 将创建它，如果它确实存在，则截断（清空）。

    我更改了您使用的变量的名称，因为该名称与外壳path中同名的特殊（数组）变量发生冲突。zsh我还在所有扩展中添加了双引号，以确保我们可以处理所有可能的文件名。如果扩展名不加引号，您会遇到包含空格或通配符的文件名的问题。

    也可以看看：

    在不使用该basename实用程序的情况下，使用参数替换来修剪路径名中不需要的位。此代码不使用任何外部实用程序：

    for pathname in "$dirpath"/*.g.vcf; do
    name=${pathname##*/}
    printf '%s\t%s\n' "${name%.g.vcf}" "$pathname"
done >"$output_file"
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