为什么这个while循环在第一次迭代后退出？

efetch尝试在 while 循环中使用特定工具（来自 NCBI E-utilities 套件）时，我遇到了一个非常奇怪的情况。这是我的输入文件，一个字符串列表，每行一个：

$ cat transcripts.list 
NR_169596.1
NR_169595.1
NR_169594.1

我想efetch使用这些字符串中的每一个作为参数来运行命令，所以我这样做：

$ while read -r line; do echo "Line: $line"; esearch -db nucleotide -query "$line"; done <  transcripts.list 
Line: NR_169596.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb689d20b59b3e2e2d405d</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>

这是一个结果，而不是三个，正如您从echo运行的单个结果中看到的那样。但是，如果我使用错误的练习 for循环，同样的事情也有效：

$ for line in $(cat transcripts.list); do echo "Line: $line"; esearch -db nucleotide -query "$line"; done
Line: NR_169596.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cabbe98560233344a7</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>
Line: NR_169595.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cad05f5825d75e3ace</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>
Line: NR_169594.1
<ENTREZ_DIRECT>
  <Db>nucleotide</Db>
  <WebEnv>MCID_61bb68cb6bdec5435b5a41cb</WebEnv>
  <QueryKey>1</QueryKey>
  <Count>1</Count>
  <Step>1</Step>
</ENTREZ_DIRECT>

问：这怎么可能？即使特定程序中存在某种错误esearch，也不应该影响循环，那么为什么shell在第一次迭代后退出？for工作和while失败怎么可能？他们在这里有什么不同？

更多细节。

1. 在 esearch 命令前添加一个echo使循环按预期运行，因此这必须与特定esearch命令相关（但如何打破 shell 循环？）：

   $ while read -r line; do echo esearch -db nucleotide -query "$line"; done <  transcripts.list 
   esearch -db nucleotide -query NR_169596.1
   esearch -db nucleotide -query NR_169595.1
   esearch -db nucleotide -query NR_169594.1
   

2. 列表本身没有什么奇怪的，我可以用不同的列表重现它，并且没有隐藏字符：

   $ od -c transcripts.list 
   0000000   N   R   _   1   6   9   5   9   6   .   1  \n   N   R   _   1
   0000020   6   9   5   9   5   .   1  \n   N   R   _   1   6   9   5   9
   0000040   4   .   1  \n
   0000044
   

3. 我在 bash 和 dash 中得到了相同的行为，因此它与 PIPEFAIL 或类似的东西无关。在任何情况下，命令的退出状态都是 0：

    while read -r line; do esearch -db nucleotide -query "$line"; echo "EXIT: $?"; done <  transcripts.list 
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb69e71191d1185543b24a</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   

4. 这发生在运行 Ubuntu、bash、版本 4.4.20(1)-release 的系统上。如果您想尝试一下，可以使用 安装该efetch工具。sudo apt install ncbi-entrez-direct

5. 使用不同的语言在循环中按预期工作。例如，在perl：

   $ perl -ne 'chomp;system("esearch -db nucleotide -query \"$_\"")' transcripts.list 
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c68d8f66e4bb03f00e8</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c69947ca95fce4d4f0f</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>
   <ENTREZ_DIRECT>
     <Db>nucleotide</Db>
     <WebEnv>MCID_61bb6c6a85c14642940393f9</WebEnv>
     <QueryKey>1</QueryKey>
     <Count>1</Count>
     <Step>1</Step>
   </ENTREZ_DIRECT>