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stollenm
Asked: 2021-09-18 01:10:59 +0800 CST

在 .sh 脚本中将参数传递给注释

  • 772

我是使用 .sh 脚本的初学者，所以请原谅我的无知。这是我的问题：

要将我的作业提交到我们的集群，相应的提交文件必须包含一个“slurm header”，并且看起来像这样。

#!/bin/sh 
#
########## Begin Slurm header ##########
#
#SBATCH --job-name=blabla
#
########### End Slurm header ##########

# Load module
module load math/matlab/R2020a

# Start a Matlab program
matlab -nodesktop -r "program $1 $2"

exit

请注意，我将两个参数传递给这个 .sh 文件，然后将它们传递给 matlab 程序。如何根据输入参数使 Slurm 标头中的作业名称动态化？

简单地按预期写作#SBATCH --job-name=blabla$1$2是行不通的。

slurm block-comment

2 个回答

  1. Best Answer

    我不认为你可以。所有以开头的行都#被 shell 忽略，$1and$2是 shell 的东西。许多作业管理器，包括 slurm，都有一些写为 shell 注释的命令，因此被 shell 忽略，但由作业管理器读取。这就是你的SBATCH线：

    #SBATCH --job-name=blabla

    因此，无法在同一脚本中动态执行此操作。但是，您可以制作一个执行此操作的包装脚本。例如：

    #!/bin/sh
cat <<EoF
#!/bin/sh 
#
########## Begin Slurm header ##########
#
#SBATCH --job-name=blabla$1$2
#
########### End Slurm header ##########

# Load module
module load math/matlab/R2020a

# Start a Matlab program
matlab -nodesktop -r "program $1 $2"

exit
EoF

    如果您现在使用两个参数运行此脚本，它将打印出您真正想要的脚本：

    $ foo.sh param1 param2
#!/bin/sh 
#
########## Begin Slurm header ##########
#
#SBATCH --job-name=blablaparam1param2
#
########### End Slurm header ##########

# Load module
module load math/matlab/R2020a

# Start a Matlab program
matlab -nodesktop -r "program param1 param2"

exit

    所以你可以这样做：

    foo.sh param1 param2 > slurm_script.sh
    • 3

  2. 编写如下所示的 sbatch 作业脚本，仅包含您希望在作业中运行的命令：

    #!/bin/sh 

# you can include #SBATCH comments here if you like, but any that are
# specified on the command line or in SBATCH_* environment variables
# will override whatever is defined in the comments.  You **can't**
# use positional parameters like $1 or $2 in a comment - they won't
# do anything.

# Load module
module load math/matlab/R2020a

# Start a Matlab program
# give it five arguments, -nodesktop, -r, program, and two
# more that you pass in as arguments to THIS script.
matlab -nodesktop -r "program" "$1" "$2"

# alternatively (since I don't know how matlab runs "program",
# or how it handles args or how it passes them on to a matlab
# script), maybe just three args:
# matlab -nodesktop -r "program $1 $2"

exit

    将其保存为您喜欢的任何内容 - 例如./mymatlabjob.sh- 并使其可执行chmod +x mymatlabjob.sh

    然后在命令行上像这样运行它：

    sbatch --job-name "whatever job name you want" ./mymatlabjob.sh arg1 arg2

    wherearg1和arg2是您想要传递给 matlab 作业的参数。

    或者在这样的嵌套循环中：

    #!/bin/sh

for i in 1 2 3; do
  for j in 3 2 1; do
    sbatch --job-name "blablah$i$j" ./mymatlabjob.sh "$i" "$j"
  done
done

    运行它将使用 sbatch 运行 9 个不同的作业，每个作业都有不同的作业名称——$i 和 $j 的每次迭代都有一个。

    • 3

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