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Age87
Asked: 2020-03-06 18:55:43 +0800 CST

for循环简化

  • 772

我想了解下面的 for 循环，也许可以简化它。例如，我想连接目录中每个样本的 rem 文件。

文件：

file1.1.fq
file1.rem.1.fq
file1.2.fq
file1.rem.2.fq
file2.1.fq
file2.rem.1.fq
file2.2.fq
file2.rem.2.fq

for循环：

list=`for i in *rem*.1.fq; do echo $i | cut -f 1 -d \.; done`
for i in $list; do cat $i.rem.1.fq $i.rem.2.fq > $i.rem.b.fq; done

我可以在不列出清单的情况下这样做吗？做什么的cut -f 1 -d？如果文件名的一部分在列表中的两者之间，为什么会cat $i.rem.1.fq起作用但不起作用？这是否意味着它捕获了之前的所有内容（例如file1）？cat $i.1.fqrem**rem*

files for

1 个回答

  1. Best Answer

    尝试：

    for i in *.rem.1.fq; do
    cat -- "$i" "${i%.1.fq}.2.fq" > "${i%.1.fq}.b.fq"
done

    也许添加检查文件是否存在：

    for i in *.rem.1.fq; do
    if [ -e "${i%.1.fq}.2.fq" ] && [ ! -e "${i%.1.fq}.b.fq" ]; then
        cat -- "$i" "${i%.1.fq}.2.fq" > "${i%.1.fq}.b.fq"
    fi
done

    问题中提出的方法容易出错——如果文件包含空格，则第二个for循环可能无法正常运行。

    cut -f 1 -d.将一个字符串切割成字段（在这种情况下由 分隔.），并输出请求的字段（在这种情况下，只是第一个）。如果给定字符串file 1.whatever，它将输出file 1。同样，这很容易出错，因为 glob 模式*rem*.1.fq可以返回文件名anyremthing.1.fq-*通配符匹配任何内容（包括nothing）。

    更好的选择是执行单个循环并使用参数扩展，在循环内使用某种形式的替换来匹配具有相关名称的其他文件。

    • 上面使用了 glob 模式*.rem.1.fq——您可能希望进一步缩小范围——例如。file[0-9].rem.1.fq.
    • ${param%string}在循环中用于删除后缀.1.fq. 许多 shell 还支持其他形式的参数扩展替换——例如。${param/string/repl}.

    "$param"此外，引用 all或替换通常是一个好主意"$(command)"- 否则大多数 shell 将应用字段拆分和文件名生成，您可能最终会尝试cat file 1而不是cat 'file 1'.

    如果您不能--保证文件名不会以-.

    • 3

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