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Paulo Sergio Schlogl
Asked: 2019-11-08 06:52:22 +0800 CST

我有这个 bash 脚本，但是如何改进才能完成退出？

  • 772

嗨，我是 bash 脚本的新手，我有下面的代码，它运行时没有任何错误或完成退出。我想在标准输出中添加一行失败或退出的消息，以确保它成功与否。你们中的任何一个都会帮助我。谢谢 PS-如果可能的话，帮助获得更通用的。

#!/usr/bin/env bash
fastq-dump --split-files SRR531199
head -n 2000000 SRR531199_1.fastq > SRR531199_1.500k.fastq
head -n 2000000 SRR531199_2.fastq > SRR531199_2.500k.fastq
for dataset in SRR497965 SRR497966 SRR497967 SRR497968 ERR1716491
do
 fastq-dump -M 1000 --table SEQUENCE $dataset
done

我在网站末尾的应用程序中从本教程中获得的代码：http:
//evomics.org/learning/assembly-and-alignment/2018-assembly-kmer-lab/

shell-script

2 个回答

  1. 有几种方法可以对命令或脚本的退出代码采取行动。在您的情况下，由于您正在循环多个命令，因此最好收集每个命令的退出代码，类似于以下内容：

    failures=0

fastq-dump --split-files SRR531199
head -n 2000000 SRR531199_1.fastq > SRR531199_1.500k.fastq
head -n 2000000 SRR531199_2.fastq > SRR531199_2.500k.fastq
for dataset in SRR497965 SRR497966 SRR497967 SRR497968 ERR1716491
do
    fastq-dump -M 1000 --table SEQUENCE "$dataset" || ((failures++))
done

if ((failures>=1)); then
    echo "Script had $failures failures"
    exit $failures
else
    exit 0
fi

    failures这将为循环中退出非零的每个命令的变量添加 1 。然后它将回显它计数的失败次数并以该数字退出。

    • 3
  2. Best Answer

    这取决于你想要什么：

    • 如果您想分别检查所有fastq-dump和- 命令：在这些行的末尾head添加。&& echo THIS_COMMAND worked || echo THIS_COMMAND failed（替换THIS_COMMAND为您测试的命令）。您不能将其用于for,但这do并done没有多大意义（这些不是命令，而是生成 for 循环的东西）。

    • 如果您想检查整个脚本是否有效，并且一旦出现故障就立即停止运行，那么我会这样做：

      1. 放在|| exit每一行的末尾（同样，除了for,do和done）
      2. 将该行echo everything worked放在脚本的末尾

    也可能，但不那么琐碎，是一种组合：

    #!/usr/bin/env bash
fastq-dump --split-files SRR531199 ; if [ $? -ne 0 ] ; then echo splitting failed ; exit ; fi
head -n 2000000 SRR531199_1.fastq > SRR531199_1.500k.fastq ; if [ $? -ne 0 ] ; then echo first head failed ; exit ; fi
head -n 2000000 SRR531199_2.fastq > SRR531199_2.500k.fastq  ; if [ $? -ne 0 ] ; then echo 2nd head failed ; exit ; fi
for dataset in SRR497965 SRR497966 SRR497967 SRR497968 ERR1716491
do
 fastq-dump -M 1000 --table SEQUENCE $dataset ; if [ $? -ne 0 ] ; then echo working with $dataset failed ; exit ; fi
done
echo everything worked

    这会在出现故障时立即停止脚本并告诉您发生了什么故障。如果一切正常，它也会提到这一点。

    警告：每种方法都依赖于这样一个事实，即工作命令以返回码 0 退出，而失败的命令则不退出。Linux 系统上的大多数命令都是这种情况（当然对于head，但我不能肯定地说同样的话fastq-dump）

    • 1

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