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The69Er
Asked: 2019-07-26 09:51:39 +0800 CST

将文件列表的文本文件中的行传递给或作为参数[重复]

  • 772

我有一个文件，每行有两个文件名，如下所示：

file1.fastq.gz file2.fastq.gz
...
file9fastq.ga file10fastq.gz

如何将这两个名称作为脚本的参数传递？

shell-script scripting

2 个回答

  1. Best Answer

    使用while read循环：

    while read -r file1 file2 trash; do
  something with "$file1" and "$file2"
done < /path/to/input_file

    这将逐行读取您的输入文件，分别设置第一列file1和file2第二列。 trash可能是不必要的，但我喜欢包含它来处理您可能遇到的事情，例如：

    file1.fastq.gz file2.fastq.gz foo

    如果您的文件包含与上述类似的行并且您没有包含trash变量（或类似变量），则您的file2变量将设置为：file2.fastq.gz foo

    • 8

  2. xargs是另一种方式，如果您的文件格式与您所说的完全相同：每行两个空格分隔的字段（注意...省略号）。

    < input xargs -n2 ./script-here

    input... 将逐行读取名为的文件并将两个参数传递给./script-here.

    您可以重新排列重定向：

    xargs -n2 ./script-here < input

    ...如果它对您来说更直观。

    • 4

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