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Paolo Lorenzini
Asked: 2019-07-24 08:00:37 +0800 CST

将每一行文件保存到不同的变量中，并在命令行输入和输出中一个一个地使用每个变量

  • 772

我是 shell 脚本的新手，如果之前有人问过这个问题，我深表歉意。

我有一个像这样的文件坐标.txt：

765442
866447
755343
097754

我想将文件每一行的每个值传递给一个变量，并将这些值一个一个地用作命令行中的输入，并将该数字保存在文件名的一部分中。我写了以下代码，但不确定这是否是正确的方法......

cat coordinates.txt | while read LINE; do
    var="$(echo $LINE)"
    /home/users/scripts/TreeView/TreeView.sh -o $NAME_ALL.chr1.new_estimate.trees.$var --bp_of_interest $var
done

所以在输出中 -o 每个值都附加到文件名，每个值也用作--bp_of_interest，一次一个

任何建议高度赞赏。谢谢

shell-script shell

1 个回答

  1. Best Answer

    你的循环最好写成

    PATH=/home/users/scripts/TreeView:$PATH

while IFS= read -r line; do
    TreeView.sh -o "$name_all.chr1.new_estimate.trees.$line" --bp_of_interest "$line"
done <coordinates.txt

    这会改变以下内容：

    • 我/home/users/scripts/TreeView在前面加了$PATH。这允许我们在TreeView.sh没有附加绝对路径的情况下进行调用。
    • 我删除了var变量，因为它与从输入文件中读取的值相同。
    • 我之所以使用IFS= read -r line“理解”IFS= read -r line“ ”。
    • 我使用小写变量名是因为“ Shell 脚本中的变量有命名约定吗？ ”。
    • 我通过重定向将文件中的数据传递到循环中，因为cat在这种情况下不需要使用。

    做同样事情的另一种方法：

    PATH=/home/users/scripts/TreeView:$PATH

xargs -I {} TreeView.sh -o "$name_all.chr1.new_estimate.trees.{}" --bp_of_interest "{}" <coordinates.txt

    这用于xargs将从 的每一行读取的数据插入脚本coordinates.txt的参数中由 表示的位置。TreeView.sh{}

    您甚至可以添加-P n到xargs命令行（例如 before -I {}，其中n是某个数字）以一次运行脚本的多个并行实例，每个实例都将适当的数据从coordinates.txt.

    • 2

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