主页 / unix / 问题 / 441381
Accepted
Anna1364
Asked: 2018-05-03 10:55:56 +0800 CST

如何将部分文件名粘贴到文件内容中？

  • 772

我有一个包含 1000 个文件的文件夹；前面的所有字符都是mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp指个人 ID（例如 NA21117,NA21119,NA21126,..）

NA21117.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
NA21119.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
NA21126.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20121211.bam_dp
NA21127.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
NA21137.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20120522.bam_dp
NA21142.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
NA21143.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp

每个文件只有一行：

cat NA21143.mapped.ILLUMINA.bwa.GIH.low_coverage.20130415.bam_dp
1   115258827   10

对于这些文件中的每一个，我想将单个 ID 粘贴到文件的内容中并得到如下输出：

1   115258827   10 NA21143

有什么办法吗？

text-processing

4 个回答

  1. 普通的 bash

    for file in *.bam_dp; do 
    contents=$(< "$file")
    echo "$contents ${file%%.*}" > "$file"
done

    对于多行文件，仍然可以用普通 bash 完成

    for file in *.bam_dp; do 
    mapfile -t contents < "$file"
    printf "%s\n" "${contents[@]/%/ ${file%%.*}}" > "$file"
done

    笔记：

    • 该mapfile命令将文件读入行数组。
    • 参数扩展对${var/pattern/string}变量值进行搜索和替换。（记录在手册中）
      • 如果模式以模式开头，%则该模式锚定在字符串的末尾。在这里，我匹配字符串末尾的空模式。
      • 变量可以是数组扩展，在这种情况下，每个数组元素都会发生替换。

    坦率地说，这种方法太聪明了，我会选择更明显的东西。

    • 4
  2. Best Answer

    使用循环：

    #!/bin/bash

shopt -s nullglob
for file in ???????.mapped.*bam_dp; do
  [[ -f "$file" ]] || continue
  id=${file%%.*}              # grab the ID from file name
  sed -i "s/$/ $id/" "$file"  # modify the file in-place
done
    • 2

  3. 从 $ARGV 中删除 .* 然后将 \t $ARGV 附加到文件中：

    perl -i -pe '$ARGV=~s/\..*//; s/$/\t$ARGV/;' NA*

    Glenn 的解决方案很可能运行得更快：

    perl -i -lpe '$_ .= " " . substr($ARGV,0,index($ARGV,"."))' NA*

    虽然如果每个文件只有一行，大部分时间将在驱动器上寻找。

    • 2

  4. awk

    此方法与 GNU (Linux) 和 BSD (Mac) 版本兼容awk。

    awk '{ id=FILENAME ; sub(/\..*/,"",id) ; print $0 "\t" id }' *.bam_dp
    • id=FILENAME ; sub(/\..*/,"",id)
      将每个文件名的第一部分*.bam_dp（第一个之前的所有内容.）存储为id.
    • print $0 "\t" id
      打印每个文件的内容，然后是制表符，然后是记录的id.

    这将打印一个包含行的列表，如您的示例所示：

    1   115258827   10 NA21143

    原始文件不会被修改。> file.txt例如，您可以通过添加到命令末尾来保存此输出。

    • 1

相关问题