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Syed M. Ijlal Haider
Asked: 2018-03-10 08:31:17 +0800 CST

从文件中提取列和行[关闭]

  • 772

我有一些 164 个 SNP 的列表，我需要将它们与数据库中的一个非常大的 .txt 文件进行匹配，然后从该文本文件中提取与这些 SNP 匹配的一些列和行，并将其打印到一个新的文本文件中。

grep bioinformatics

1 个回答

  1. Best Answer

    有关数据格式的一些详细信息会有所帮助。完全没有细节，我们将不得不做出一些假设：

    • SNP 在某些文件中每行列出一个
    • 您的数据行以空格分隔
    • 出现在行中任意位置的 SNP 符合该行的匹配条件
    • 我们想要每个匹配行的第 1、2 和 3 列

    在这种情况下，试试这个：

    grep -f list_of_SNPs.txt very_large.txt | cut -f 1,2,3 > new_file.txt

    • 1

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