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aaaaa
Asked: 2017-12-03 02:47:23 +0800 CST

通过 shell 脚本运行 R 脚本。意外标记 `(' 附近的语法错误

  • 772

我目前正在尝试通过 shell 脚本运行 R 脚本。

这里是 R 脚本：

test = rnorm(1:100, 1000)
write.csv(test, 'test.csv')

这里是调用 R 的 bash 脚本：

#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH [email protected]
#SBATCH --time=00:10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --tasks-per-node=12
#SBATCH --account=myaccount
module purge
module load R
${HOME}/test.R

我想我做的一切都正确，但输出返回以下错误：

/mydirectory/test.R: line 3: syntax error near unexpected token `('
/mydirectory/test.R: line 3: `test = rnorm(1:100, 1000)'

为什么我会收到此错误？

bash shell-script

1 个回答

  1. Best Answer

    问题是 shell 试图${HOME}/test.R用一个bash解释器运行你，它没有试图理解第 3 行的语法。R明确地使用你想要test.R运行的解释器。

    Rscript将您的解释器设置test.R为

    #!/usr/bin/env Rscript

module purge
module load R 
test = rnorm(1:100, 1000)
write.csv(test, 'test.csv')

    通过这种方式使用解释器集，您现在可以从 shell 脚本运行它

    Rscript ${HOME}/test.R

    请记住，登录Rshell 并在其上运行命令，并在 shell 脚本中尝试它是不一样的，Rshell 与 shell 不同bash。R您需要使用这种方式来运行命令，而无需直接从命令行登录，并在 shell 脚本中使用相同的方法。

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