我有 4000 个文件，命名为 1 到 4000，包括 1 和 4000。
我写了下面的命令，我想运行我为从 1 到 4000 的所有文件写了 4000 次的脚本，所以我写了：
for i in {1..4000}; do pymol -c script.pml; done
问题是，脚本中的数字本身每次都需要更改，我的脚本如下：
load 1.pdb
remove resname GRM
color green, resname G8LE
load 0.pdb
color grey40, resname GRM
rotate x, -45
show spheres
save 1.png
我需要替换数字 1（在加载后的第一行和保存后的最后一行）替换为从 1 到 4000 的所有数字。这样每次加载和处理下一个文件然后保存它合适的号码等等。
你能指导我在我的脚本和/或我的终端中改变什么来实现这一点吗？
谢谢， 穆罕默德
我有一个名为 nvt.gro 的文本文件。我想在最后一列的所有行上添加 0.5 (+0.5)：
我的文件如下：
真空中的 GRM
192700
1GRM C1 1 17.188 0.311 13.994 -0.5971 0.0204 -0.0724
1GRM C2 2 0.094 0.383 0.005 0.4831 -0.8709 -0.2204
1GRM C3 3 0.091 0.524 0.008 -0.7098 0.3449 -0.3952
1GRM C4 4 17.185 0.596 0.007 -0.4066 -0.4079 0.1701
2GRM C1 5 17.187 0.738 0.016 0.1844 -0.5441 -0.4893
2GRM C2 6 0.090 0.815 0.011 1.1631 -0.2289 -0.8340
2GRM C3 7 0.091 0.957 0.014 -0.4473 -0.2423 -0.3223
2GRM C4 8 17.184 1.028 0.009 -0.4822 0.0086 -0.4791
3GRM C1 9 17.189 1.171 0.004 -0.0345 -0.8207 -0.6602
3GRM C2 10 0.095 1.243 0.001 0.1033 0.4238 -0.8983
3GRM C3 11 0.093 1.384 13.990 -0.0426 -0.1083 -0.8554
3GRM C4 12 17.182 1.447 13.983 -0.2814 -0.0363 -0.9146
4GRM C1 13 17.187 1.590 13.974 0.7722 0.4317 -0.4379
4GRM C2 14 0.092 1.664 13.974 -0.5701 0.2915 -0.3098
4GRM C3 15 0.095 1.806 13.967 0.4572 0.1368 0.1921
4GRM C4 16 17.184 1.871 13.967 -0.0747 -0.5492 -0.1254
5GRM C1 17 17.181 2.013 13.968 0.3071 0.9864 -0.8679
我已经尝试过 αғsнιη 建议的解决方案，命令是：
awk -F'( )' '{ $NF+=0.5 }1' infile > temp_file && mv temp_file infile
原始文件如下：
1GRM C1 1 0.061 0.071 0.001 0.1992 0.0527 0.1652
1GRM C2 2 0.184 0.142 0.000 0.0664 0.2913 0.0420
1GRM C3 3 0.184 0.284 13.999 -0.2570 0.2834 -0.1888
1GRM C4 4 0.061 0.355 13.997 -0.3396 0.1473 -0.2525
2GRM C1 5 0.061 0.497 13.992 0.2583 0.1408 -0.0812
2GRM C2 6 0.184 0.568 13.988 0.2013 0.2697 -0.6402
2GRM C3 7 0.184 0.710 13.982 -0.1735 0.2672 -0.1291
2GRM C4 8 0.061 0.781 13.986 -0.0882 0.4033 -0.3202
3GRM C1 9 0.061 0.923 13.990 -0.5866 0.4135 0.1416
3GRM C2 10 0.184 0.994 13.991 -0.3780 0.0186 0.0961
输出如下：
1GRM C1 1 0.061 0.071 0.001 0.1992 0.0527 0.6652
1GRM C2 2 0.184 0.142 0.000 0.0664 0.2913 0.542
1GRM C3 3 0.184 0.284 13.999 -0.2570 0.2834 0.3112
1GRM C4 4 0.061 0.355 13.997 -0.3396 0.1473 0.2475
2GRM C1 5 0.061 0.497 13.992 0.2583 0.1408 0.4188
2GRM C2 6 0.184 0.568 13.988 0.2013 0.2697 -0.1402
2GRM C3 7 0.184 0.710 13.982 -0.1735 0.2672 0.3709
2GRM C4 8 0.061 0.781 13.986 -0.0882 0.4033 0.1798
3GRM C1 9 0.061 0.923 13.990 -0.5866 0.4135 0.6416
最后一列的对齐有问题，请问如何解决？
我将文件 1 中的第 7,8 列和第 9 列复制到文件 2 中的第 7,8 列和第 9 列中，生成了一个新文件 3。生成的文件（文件 3）未与原始文件对齐，如何编辑它以保留结盟 ？
我使用了命令：
awk '(getline line < "file 1") > -1 {split(line,a); $7 = a[7]; $8 = a[8]; $9= a[9]} 1' file 2 > file 3
文件 1：
真空中的 GRM
192700
1GRM C1 1 17.188 0.311 13.994 -0.5971 0.0204 -0.0724
1GRM C2 2 0.094 0.383 0.005 0.4831 -0.8709 -0.2204
1GRM C3 3 0.091 0.524 0.008 -0.7098 0.3449 -0.3952
1GRM C4 4 17.185 0.596 0.007 -0.4066 -0.4079 0.1701
2GRM C1 5 17.187 0.738 0.016 0.1844 -0.5441 -0.4893
2GRM C2 6 0.090 0.815 0.011 1.1631 -0.2289 -0.8340
2GRM C3 7 0.091 0.957 0.014 -0.4473 -0.2423 -0.3223
2GRM C4 8 17.184 1.028 0.009 -0.4822 0.0086 -0.4791
3GRM C1 9 17.189 1.171 0.004 -0.0345 -0.8207 -0.6602
文件 2：
真空中的 GRM
192760
1GRM C1 1 0.061 0.071 14.000
1GRM C2 2 0.184 0.142 14.000
1GRM C3 3 0.184 0.284 0.000
1GRM C4 4 0.061 0.355 0.000
2GRM C1 5 0.061 0.497 14.000
2GRM C2 6 0.184 0.568 0.000
2GRM C3 7 0.184 0.710 0.000
2GRM C4 8 0.061 0.781 0.000
3GRM C1 9 0.061 0.923 0.000
3GRM C2 10 0.184 0.994 14.000
3GRM C3 11 0.184 1.136 14.000
3GRM C4 12 0.061 1.207 14.000
4GRM C1 13 0.061 1.349 14.000
4GRM C2 14 0.184 1.420 14.000
4GRM C3 15 0.184 1.562 0.000
4GRM C4 16 0.061 1.633 14.000
5GRM C1 17 0.061 1.775 0.000
5GRM C2 18 0.184 1.846 0.002
5GRM C3 19 0.184 1.988 0.001
5GRM C4 20 0.061 2.059 0.000
文件 3：
真空中的 GRM
192760
1GRM C1 1 0.061 0.071 14.000 -0.5971 0.0204 -0.0724
1GRM C2 2 0.184 0.142 14.000 0.4831 -0.8709 -0.2204
1GRM C3 3 0.184 0.284 0.000 -0.7098 0.3449 -0.3952
1GRM C4 4 0.061 0.355 0.000 -0.4066 -0.4079 0.1701
2GRM C1 5 0.061 0.497 14.000 0.1844 -0.5441 -0.4893
2GRM C2 6 0.184 0.568 0.000 1.1631 -0.2289 -0.8340
2GRM C3 7 0.184 0.710 0.000 -0.4473 -0.2423 -0.3223
2GRM C4 8 0.061 0.781 0.000 -0.4822 0.0086 -0.4791
3GRM C1 9 0.061 0.923 0.000 -0.0345 -0.8207 -0.6602
3GRM C2 10 0.184 0.994 14.000 0.1033 0.4238 -0.8983
3GRM C3 11 0.184 1.136 14.000 -0.0426 -0.1083 -0.8554
3GRM C4 12 0.061 1.207 14.000 -0.2814 -0.0363 -0.9146
4GRM C1 13 0.061 1.349 14.000 0.7722 0.4317 -0.4379
4GRM C2 14 0.184 1.420 14.000 -0.5701 0.2915 -0.3098
4GRM C3 15 0.184 1.562 0.000 0.4572 0.1368 0.1921
4GRM C4 16 0.061 1.633 14.000 -0.0747 -0.5492 -0.1254
5GRM C1 17 0.061 1.775 0.000 0.3071 0.9864 -0.8679
5GRM C2 18 0.184 1.846 0.002 -0.7815 -0.8144 -0.0069
5GRM C3 19 0.184 1.988 0.001 -0.0089 0.1174 0.2548
5GRM C4 20 0.061 2.059 0.000 0.7953 0.1404 -1.1225
6GRM C1 21 0.061 2.201 14.000 -0.0370 0.1705 -0.3342
6GRM C2 22 0.184 2.272 14.000 -0.2619 0.4221 -0.6572
6GRM C3 23 0.184 2.414 14.000 -0.4540 -0.3948 -0.6204
6GRM C4 24 0.061 2.485 14.000 -0.1499 -0.2942 -0.5181
我想要的格式与文件 1 和 2 的格式相同（列之间的空格）
我按照 schrodigerscatcuriosity 和 steeldriver 的建议尝试了以下命令，但是从第 10002 行到最后我仍然有问题，请检查下面我尝试的命令和输出：
awk '(getline line < "file_1") > -1 {split(line,a); $7 = a[7]; $8 = a[8]; $9= a[9]} 1' file_2 | rev | column -t | rev > file_3
awk 'BEGIN{fmt="%8s%7s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f"} (getline line < "file 1") > -1 {n = split(line,a)} n > 6 {$0 = sprintf(fmt,$1,$2,$3,$4,$5,$6,a[7],a[8],a[9])} 1' "file 2" > file 3
他们都给了我以下信息：
2499GRM C2 9994 15.433 7.810 0.001 0.2740 -0.1307 0.2597
2499GRM C3 9995 15.433 7.952 0.000 -0.0604 -0.1317 0.2130
2499GRM C4 9996 15.310 8.023 0.001 -0.0362 -0.0640 -0.3092
2500GRM C1 9997 15.310 8.165 0.001 -0.0183 -0.0765 -0.0458
2500GRM C2 9998 15.433 8.236 0.000 -0.2414 0.3310 0.3241
2500GRM C3 9999 15.433 8.378 0.000 -0.2669 0.3179 0.8367
2500GRMC410000 15 8.449 0.000 0.000 0.5860 0.8426 0.0000 #(This line is 10002)
2501GRMC110001 15 8.591 0.000 0.000 0.5939 -0.1623 0.0000
2501GRMC210002 15 8.662 0.000 0.000 0.4561 -0.1660 0.0000
我试图增加空间使用
awk 'BEGIN{fmt="%10s%9s%7d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f"} (getline line < "file 1") > -1 {n = split(line,a)} n > 6 {$0 = sprintf(fmt,$1,$2,$3,$4,$5,$6,a[7],a[8],a[9])} 1' "file 2" > file 3
按照 的建议，我得到了以下输出：
2499GRM C3 9995 15.433 7.952 0.000 -0.0604 -0.1317 0.2130
2499GRM C4 9996 15.310 8.023 0.001 -0.0362 -0.0640 -0.3092
2500GRM C1 9997 15.310 8.165 0.001 -0.0183 -0.0765 -0.0458
2500GRM C2 9998 15.433 8.236 0.000 -0.2414 0.3310 0.3241
2500GRM C3 9999 15.433 8.378 0.000 -0.2669 0.3179 0.8367
2500GRM C410000 15 8.449 0.000 0.000 0.5860 0.8426 0.0000 # (This line is 10002)
2501GRM C110001 15 8.591 0.000 0.000 0.5939 -0.1623 0.0000
2501GRM C210002 15 8.662 0.000 0.000 0.4561 -0.1660 0.0000
2501GRM C310003 15 8.804 0.000 0.000 0.4524 -0.1486 0.0000
2501GRM C410004 15 8.875 0.000 0.000 -0.2143 0.4926 0.0000
2502GRM C110005 15 9.017 0.000 0.000 -0.2203 0.2975 0.0000
2502GRM C210006 15 9.088 0.000 0.000 -0.2375 -0.0458 0.0000
2502GRM C310007 15 9.230 14.000 0.000 -0.2338 -0.4862 0.0000
2502GRM C410008 15 9.301 14.000 0.000 -0.1438 -0.0725 0.0000
原始文件在同一部分（第 10002 行）如下所示：
文件 1：
2499GRM C3 9995 15.167 8.231 13.994 -0.0604 -0.1317 0.2130
2499GRM C4 9996 15.045 8.304 13.996 -0.0362 -0.0640 -0.3092
2500GRM C1 9997 15.046 8.446 0.001 -0.0183 -0.0765 -0.0458
2500GRM C2 9998 15.170 8.516 13.999 -0.2414 0.3310 0.3241
2500GRM C3 9999 15.172 8.658 0.003 -0.2669 0.3179 0.8367
2500GRM C410000 15.049 8.727 0.006 -0.1138 0.5860 0.8426 #(line 10002)
2501GRM C110001 15.048 8.869 0.006 -0.0660 0.5939 -0.1623
2501GRM C210002 15.171 8.940 0.006 0.0179 0.4561 -0.1660
2501GRM C310003 15.173 9.082 0.005 0.3025 0.4524 -0.1486
文件 2：
2499GRM C3 9995 15.433 7.952 0.000
2499GRM C4 9996 15.310 8.023 0.001
2500GRM C1 9997 15.310 8.165 0.001
2500GRM C2 9998 15.433 8.236 0.000
2500GRM C3 9999 15.433 8.378 0.000
2500GRM C410000 15.310 8.449 0.000 #(This line is 10002)
2501GRM C110001 15.310 8.591 0.000
2501GRM C210002 15.433 8.662 0.000
2501GRM C310003 15.433 8.804 0.000
2501GRM C410004 15.310 8.875 0.000
值得一提的是，问题发生在第 10002 行
下面是我的文件的一部分，名为 nvt.gro 我只想删除最后一列中的减号“-”。我曾尝试选择完整的列，然后尝试对其进行修改，但没有成功。谁能告诉我如何在我的情况下的最后一列中删除特定字符，该字符在我的情况下是减号。我正在使用 ubuntu 文本编辑器。我尝试使用 Alt+Ctrl+Shift+End 选择完整的列，然后使用 Ctrl + Shift + right，以便我可以修改整个列，但我不能。
谢谢
真空中的 GRM
192700
2794GRM C311175 17.065 14.579 0.041 0.9776 -0.3700 -0.3156
2794GRM C411176 16.942 14.650 0.044 -0.2129 0.6799 -0.0069
2795GRM C111177 16.942 14.792 0.039 -0.1699 -0.1038 -0.0750
2795GRM C211178 17.065 14.863 0.037 0.4158 -0.0119 -0.4087
2795GRM C311179 17.069 15.003 0.029 -0.1180 -0.0134 -0.3801
2795GRM C411180 16.945 15.073 0.020 -1.1317 0.8381 -0.4420
2796GRM C111181 16.946 15.215 0.009 -0.6160 0.7328 0.3329
2796GRM C211182 17.069 15.286 0.004 0.4990 -0.4661 0.0473
2796GRM C311183 17.068 15.428 13.995 1.1753 0.1069 0.4126
2796GRM C411184 16.942 15.497 13.995 0.1072 -0.1759 1.0031
2797GRM C111185 16.942 15.640 13.989 0.0772 -0.7484 0.6072
2797GRM C211186 17.065 15.709 13.987 0.3197 0.7923 0.7660
2797GRM C311187 17.064 15.851 13.987 0.6508 0.1744 0.8011
2797GRM C411188 16.941 15.922 13.988 -0.0779 -0.5235 0.4419
2798GRM C111189 16.940 16.064 13.993 -0.4092 -0.2008 0.0229
2798GRM C211190 17.064 16.135 13.995 -0.0923 -0.0063 -0.2445
2798GRM C311191 17.060 16.277 13.996 -0.6767 -0.0982 0.1754
2798GRM C411192 16.938 16.350 13.991 -0.3535 0.5098 -0.5576
2799GRM C111193 16.941 16.492 13.990 -1.1218 -0.1434 -0.7878
2799GRM C211194 17.062 16.566 13.986 0.4727 -0.4516 -0.1352
2799GRM C311195 17.066 16.708 13.976 0.2361 0.1619 0.0749
2799GRM C411196 16.944 16.779 13.973 0.0201 -0.3561 -0.0658
2800GRM C111197 16.944 16.922 13.973 -0.6244 -0.2583 1.1019
2800GRM C211198 17.065 16.998 13.977 -0.3723 -0.3714 0.1573
2800GRM C311199 17.063 0.099 13.979 -0.0548 -0.1926 -0.0981
2800GRM C411200 16.942 0.172 13.971 -0.0881 0.1676 -0.0564
2801G8LE C6011201 5.831 0.116 10.796 -0.2284 0.5235 -0.4732
2801G8LE C5711202 5.835 0.256 10.802 0.3394 0.2015 -0.6239
2801G8LE C5011203 5.941 0.316 10.877 0.2831 -0.4177 -0.4594
2801G8LE C4011204 5.987 0.424 10.807 -0.0715 -0.4403 0.0066
2801G8LE C3011205 6.118 0.463 10.803 0.1128 0.6914 0.2241
2801G8LE C2011206 6.182 0.514 10.694 -0.1651 0.0946 -0.2201
2801G8LE C1111207 6.315 0.466 10.687 -0.0770 0.3137 -0.3695
2801G8LE C511208 6.368 0.422 10.571 0.4080 0.4664 0.8689
2801G8LE C211209 6.443 0.305 10.562 0.0527 -0.6675 -0.2050
2801G8LE C111210 6.411 0.245 10.447 0.0286 -0.0604 -0.1501
2801G8LE C311211 6.405 0.108 10.435 -0.4744 -0.0151 -0.6526
2801G8LE C711212 6.303 0.052 10.359 0.0532 0.0121 -0.2123
2801G8LE C1411213 6.207 0.134 10.300 -0.0620 -0.3235 -0.2260
2801G8LE C911214 6.219 0.271 10.295 -0.1192 -0.3422 -0.4145
2801G8LE C411215 6.317 0.322 10.379 0.1036 -0.1823 0.1164
我已经写了 2 个脚本，感谢大家在这方面的帮助。
现在我想编写一个脚本以 1:4 的比例随机运行这两个脚本。我的文件名为 1.sh 和 2.sh。
我想生成一个从 1 到 4 的数字，然后使用 if 条件，如果生成的数字是 1，则运行 1.sh，否则运行 2.sh。我写了下面的脚本但它不起作用，我认为 if 条件行有问题，请你帮我解决这个问题。
va1=$((1 + RANDOM % 4))
if va1= 1 ; then bash 1.sh; else bash 2.sh; fi
最后我想运行这个脚本 4500 次。所以我将这个脚本保存为 random.sh
然后我会在终端上写：
for i in {1..4500}; do bash random.sh; done
请帮助我编写 random.sh 脚本，因为我的 if 条件行中缺少某些内容，因此它不起作用。我写的运行脚本 4500 次的行是否正确？最后是否可以运行一个脚本，该脚本又将运行 2 个脚本，它们都在同一个目录中。
我想计算文件中 G8LE 单词的数量，所以我打开了一个终端并使用了：
grep -o -i G8LE C60_TAPC_GRM_box.gro | wc -l
它奏效了。
我尝试编写一个由许多步骤组成的脚本，这是我的第一步。所以我创建了一个 .sh 文件并编写了相同的命令，但使用
va1=$(grep -o -i G8LE C60_TAPC_GRM_box.gro | wc -l)
然后我尝试使用 bash trial5.sh 运行该文件，但没有发生任何事情并且它不起作用。请告诉我出了什么问题。
谢谢
大家好，请帮我写一个脚本来执行以下操作：
GRM in vacuum 127240 1GRM C1 1 0.061 0.071 0.000 1GRM C2 2 0.184 0.142 0.000
我想要做什么：（在步骤号 1 - 2800 中提取的数字）/60 = 结果
; Include forcefield parameters include "/home/abdelaal/Desktop/GROMACS/C60:TAPC/C60_GRM/41/gromos54a7.ff/forcefield.itp" ; Include topology for GRM include "/home/abdelaal/Desktop/GROMACS/C60:TAPC/C60_GRM/41/GRM.itp" ifdef POSRES include "/home/abdelaal/Desktop/GROMACS/C60:TAPC/C60_GRM/41/posrestr.itp" endif ; Include topology for C60 include "/home/abdelaal/Desktop/GROMACS/C60:TAPC/C60_GRM/41/C60.itp" [ system ] ; Name GRM in vacuum [ molecules ] ; Compound #mols GRM 1 G8LE strong text 3000
如果我可以在不打开完美文件的情况下完成上述所有操作，我不需要在步骤 1 和 3 中打开文件。
非常感谢