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问题[mpi](ubuntu)

Martin Hope
0xF2
Asked: 2020-06-13 13:36:19 +0800 CST
  • 2

我在 eBay 上看到数量惊人的低成本 100 美元至强融核“板载集群”PCI 卡。可以从 Ubuntu Server 主机使用这些来分派数值计算任务，还是需要 CentOS/RHEL/Windows？

任何指向在 Ubuntu 上使用 Xeon Phi 的教程的指针都表示赞赏。

可以从同一个主机系统管理多个 Phi 板吗？

是否可以像传统上通过主机名通过 MPI 完成的那样处理单个内​​核，还是需要 OpenCL？我想我要问的是......你能通过 SSH 连接到各个核心吗？

server opencl mpi
Martin Hope
Tejas Shetty
Asked: 2020-03-02 03:29:25 +0800 CST
  • 2

我试图在 ubuntu 上安装 openpi。我有一个 Ubuntu 18.04.4 LTS（64 位）桌面。我使用安装了openmpi

sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-common openmpi-doc libopenmpi2 libopenmpi-dev openssh-client openssh-server

然后，在 .bashrc 中，我添加了以下两行：

echo export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> /home/$USER/.bashrc

回声导出 LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" >> /home/$USER/.bashrc

之后我用dartmouth hello world mpi 写了一个小程序，编译运行，通过输入检查openmpi安装是否OKgfortran ubuntu.f90

这导致以下错误

ubuntu.f90:2：错误：无法打开包含的文件“mpif.h”

ubuntu.f90 中的代码：

program hello
include 'mpif.h'
integer rank, size, ierror, tag, status(MPI_STATUS_SIZE)

call MPI_INIT(ierror)
call MPI_COMM_SIZE(MPI_COMM_WORLD, size, ierror)
call MPI_COMM_RANK(MPI_COMM_WORLD, rank, ierror)
print*, 'node', rank, ': Hello world'
call MPI_FINALIZE(ierror)
end

我已尝试按照此问题的答案安装 libblacs-mpi-dev。这个问题似乎无关紧要。

mpi fortran
Martin Hope
Alish
Asked: 2020-01-26 02:34:42 +0800 CST
  • 1

我想在 ubuntu 台式计算机上开始一个大型模拟。我可以物理（非远程）访问这台 PC。此模拟可能需要数周时间。启动进程的命令是：

mpirun -np 100 icoFoam -parallel | tee log

icoFoam可执行文件在哪里，-parallel需要作为它的选项。
此命令在终端中打印数据。有时终端关闭或操作系统在长时间模拟期间随机注销，因此，进程终止。我试图通过几个替代命令来解决这个问题：

nohup mpirun -np 100 icoFoam -parallel > log  & 
nohup mpirun -np 100 icoFoam -parallel > log  & disown & 
nohup mpirun -np 100 icoFoam -parallel | tee log & disown & 
nohup mpirun -np 100 icoFoam -parallel | tee log & disown & > /dev/null 2>& 1 & nohup mpirun -np 100 icoFoam -parallel > /dev/null 2>& 1  &
systemd-run --scope --user mpirun -np 100 icoFoam -parallel | tee log &
systemd-run --scope --user mpirun -np 100 icoFoam -parallel | tee log & disown &
systemd-run --scope --user nohup mpirun -np 100 icoFoam -parallel | tee log & disown &
tmux

结果
除了 form tmux，使用这些命令中的任何一个，当我关闭终端时，进程都会终止。
tmux当我从我的用户帐户注销时也会终止。

我的发现

  1. 作为最简单的解决方法，我混合了nohup和disown（从这里）。
  2. 我猜想包括 , 在内的命令由于关闭终端（从这里）而tee被终止。因此，我使用重定向到日志文件或（从这里），这两者也都通过关闭终端而终止。 SIGPIPE/dev/null
  3. 我也检查了systemd-run。但它也可以通过关闭终端来终止。

  4. 为了查看程序是否安装了自己的处理程序，我执行了这个：

    nohup mpirun -np 100 icoFoam -parallel > log  &
grep Sig /proc/$!/status

    哪个返回

    SigIgn: 0000000000000000

    因此，我猜是这种情况，即mpirun安装了自己的处理程序来覆盖nohup（从这里）的保护。

  5. 我不知道是否可以发送自定义处理程序以mpirun不覆盖nohup.

我的问题
我想执行以下命令，以便只要终端未关闭，它就会在终端中打印输出，并且不会通过关闭终端或从用户帐户注销来终止该过程。

mpirun -np 100 icoFoam -parallel

操作系统：Ubuntu 18.04
可执行文件：OpenFOAM
mpirun（Open MPI）：2.1.1

更新
通过注销，我的意思是按注销按钮（图像），而不是锁定屏幕（super+L） 在此处输入图像描述

先感谢您。

gnome-terminal logout signal 18.04 mpi
Martin Hope
fizsics
Asked: 2019-12-26 18:16:25 +0800 CST
  • 0

使用environment-modules，我正在尝试使用 intel 编译器和 openmpi 设置自定义环境模块以安装软件。我不熟悉创建自定义模块文件的方法，但我在互联网上提供的少量资源的帮助下构建了两个，尽​​管我似乎无法让它工作。我正在使用运行 ubuntu 18.04 LTS 的 HPC，这是我的 intel 模块文件（../bin 包含“compilervars.csh compilervars.sh”，../lib 包含“ia32 ia32_lin intel64 intel64_lin”）：

#%Module1.0#####################################################################
##")
## intel modulefile
##
proc ModulesHelp { } {
    puts stderr "\tAdds Intel compilers to your environment variables,"

}

module-whatis "adds Intel compilers to your environment variables"

setenv(     "INTELPATH",        "/opt/intel/bin")
prepend_path(   "PATH",         "/opt/intel/bin")
prepend_path(   "LD_LIBRARY_PATH",  "/opt/intel/lib")

接下来对于openmpi，这是我的尝试：

#%Module1.0#####################################################################
##")
## openmpi modulefile
##
proc ModulesHelp { } {
    puts stderr "\tAdds openmpi to your environment variables,"

}

module-whatis "adds openmpi to your environment variables"

setenv(     "INTELPATH",        "/usr/bin")
prepend_path(   "PATH",         "/usr/bin")
prepend_path(   "LD_LIBRARY_PATH",  "/usr/lib/x86_64-linux-gnu/openmpi/lib")

这给出了以下错误（对于英特尔编译器）：

Loading intel
   Module Error: extra characters after close-quote
   In '/usr/local/Modules/modulefiles/intel'
   Please contact <root@localhost>

但是，我不确定我是否正确设置。我找不到 openmpi 的 bin 文件夹，但在 /usr/bin 中找到了 mpicc.openmpi 和 mpirun.openmpi。我也不确定lib。请指导我正确设置环境模块并修复我的两个模块文件。这让我很困惑，因为我对这行工作并不熟悉，因为我在计算科学方面的工作更多。我希望我能尽快让它工作。谢谢！

desktop-environments environment-variables intel mpi environment
Martin Hope
kotozna
Asked: 2018-07-02 17:28:58 +0800 CST
  • 1

我在 16.04。当我

sudo apt-get install mpich

并检查 lib 目录

/usr/lib/mpich

它包含预期的包含目录，但其中包含 lib 目录：

/usr/lib/mpich/lib

是一个符号链接：

/usr/lib/x86_64-linux-gnu

据我所知，没有 lib 文件，我无法编译代码，因为它找不到 mpich 库。

/usr/lib/mpich$ 读取链接 -f lib

回报：

/usr/lib/x86_64-linux-gnu

以下是编译和链接命令：

ifort -warn none -O2 -I/usr/include/mpich/ -c 边界.F90 -o 边界.o

ifort -o 边界.o -lmpi

错误是：

边界.F90:(.text+0xaa): 未定义对 `mpi_sendrecv_' 的引用

并且链接目录是

/usr/include/mpich/lib

apt mpi