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Mohamed Abdelaal
Asked: 2020-05-30 15:55:41 +0800 CST

如何按顺序为从 1 到 4000 的文件名运行脚本 4000 次？

  • 772

我有 4000 个文件，命名为 1 到 4000，包括 1 和 4000。

我写了下面的命令，我想运行我为从 1 到 4000 的所有文件写了 4000 次的脚本，所以我写了：

    for i in {1..4000}; do pymol -c script.pml; done

问题是，脚本中的数字本身每次都需要更改，我的脚本如下：

    load 1.pdb 

    remove resname GRM

    color green, resname G8LE

    load 0.pdb 

    color grey40, resname GRM

    rotate x, -45

    show spheres

    save 1.png

我需要替换数字 1（在加载后的第一行和保存后的最后一行）替换为从 1 到 4000 的所有数字。这样每次加载和处理下一个文件然后保存它合适的号码等等。

你能指导我在我的脚本和/或我的终端中改变什么来实现这一点吗？

谢谢， 穆罕默德

scripts command-line automation bash

1 个回答

  1. Best Answer

    如果可能的话，最好有一个 argv。我不知道是否可以从终端为 pml 脚本提供参数。否则，您可以使用此 hack 从 bash/terminal 或运行它的 .sh 脚本更改 pml 脚本。在您运行它之前，它将相应地更改 pml 脚本。

    for i in {1..40000}
do
    echo Evaluating for i = $i

    # change the script 
    sed -i "s/.*load.*/load $i.pdb;/g" test.pml # Change the text inside the file
    sed -i "s/.*save.*/save $i.png;/g" test.pml # Change the text inside the file

    # <code to run the pml file>

done

    让我知道这是否有帮助:)

    评论后编辑：

    在 pml 脚本的第一行中区分加载命令 put 和额外空间并使用它。

    sed -i "s/.*load  .*/load  $i.pdb;/g" test.pml # Change the text inside the file
    • 1

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