Eu posso entender porque você precisa digitar sua senha para um sudo apt install daSoftwareou até mesmo sudo apt upgrade: você está modificando o código que será executado em sua máquina.
Mas por que apt update? Você está apenas atualizando a lista de softwares disponíveis. Por que seria um problema não pedir o privilégio extra concedido pelo modo superusuário para realizar uma atualização?